add-elem-info

概要

add-elem-info は、PDB ファイルの ATOM/HETATM レコードにある元素記号カラム（77–78）を修復します。

出力の挙動

  • -o/--out が省略され、--overwrite が True でない場合、出力は <input>_add_elem.pdb に書き込まれます（末尾の .pdb を _add_elem.pdb に置換）。

  • --overwrite True かつ -o/--out が省略されている場合、入力ファイルをその場で上書きします。-o/--out が指定された場合、--overwrite は無視されます。

使用法

pdb2reaction add-elem-info -i INPUT.pdb [-o OUTPUT.pdb] [--overwrite {True\|False}]

例

# 元素カラムを補完して "<input>_add_elem.pdb" に出力
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb

# 出力ファイルを指定
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

# 入力ファイルをその場で上書き
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite True

ワークフロー

  1. Bio.PDB.PDBParser で入力を解析し、extract.py で使用される残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）と照合する。

  2. 各原子について、原子名・残基名・HETATMフラグを組み合わせて元素を推定:

    • ION 辞書に登録された単原子イオン残基は対応する元素を使用

    • タンパク質/核酸/水はH/DやSeの特例を扱い、C/N/O/P/Sは先頭文字で判定（炭素側鎖ラベルはC）

    • その他のリガンドは原子名の接頭辞で判定し、ハロゲン認識や重水素→水素の正規化にフォールバック

  3. PDBIO で書き出し:

    • デフォルト出力: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

    • -o/--out: 指定パスへ書き込み（この場合 --overwrite は無視）

    • --overwrite True（-o/--out なし）: 入力パスを上書き

  4. 割り当て/再割り当て数、元素別合計、未解決原子のリスト（最大50件）を要約表示。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイル

必須

-o, --out PATH

出力パス。指定した場合 --overwrite は無視される

None → <input>_add_elem.pdb

--overwrite {True|False}

-o/--out が省略された場合に入力を上書き

False

出力

  • 元素記号が補完/修正されたPDB ファイル:

    • デフォルト: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

    • -o/--out 指定時: OUTPUT.pdb（--overwrite の値に関わらず）

    • --overwrite True を -o/--out なしで指定: INPUT.pdb をその場で上書き

  • コンソールに、処理/割り当て原子数、元素別カウント、未解決原子（最大50件）を出力

注意事項

  • 変更されるのは列 77–78 のみ。座標、占有率、B因子、電荷、altloc、挿入コード、レコード順序は保持されます。

  • すべてのモデル/チェーン/残基にわたる ATOM/HETATM レコードを処理します。

  • 重水素は水素に正規化され、セレン（SE*）やハロゲンは自動認識されます。