`trj2fig`（軌跡のエネルギープロファイル）¶

trj2fig サブコマンドは、opt・scan・path-opt・path-search・irc などが書き出した XYZ 軌跡に沿ったエネルギーを図にします。各フレームのエネルギーはコメント行から読み、-q か -m を指定したときは MLIP（機械学習原子間ポテンシャル）で計算し直します。PNG・JPEG・SVG・PDF・インタラクティブな HTML の図と CSV の表を書き出せます。デフォルトでは、最初のフレームを基準にした ΔE を kcal/mol で描きます。

主な用途¶

経路のエネルギープロファイル: 最小エネルギー経路（MEP）・スキャン・固有反応座標（IRC）の軌跡の ΔE の図
最適化の確認: 最適化のサイクルごとにエネルギーがどう下がったか
自分の作図用のデータ: フレームごとのエネルギーの CSV

基本的な実行例¶

1. デフォルトの PNG¶

最初のフレームを基準にした ΔE を描き、energy.png に書き出します。

pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz --out-json

端末に [trj2fig] Saved figure -> energy.png が出て、result.json の n_frames に読み込んだフレーム数が入れば成功です。

2. CSV と SVG、フレーム 5 を基準に Hartree で¶

0 から数えたフレーム番号 5（6 番目のフレーム）を基準に、表と図を Hartree で書き出します。

pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz -o energy.csv energy.svg -r 5 --unit hartree

3. 複数の形式、x 軸を反転¶

最後のフレームを左端に置きます。このとき ΔE の基準も最後のフレームになります。

pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz --reverse-x -o energy.png energy.html energy.pdf

4. MLIP でエネルギーを計算し直す¶

コメント行を読む代わりに、中性の一重項としてデフォルトの UMA で全フレームを計算し直します。

pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz -q 0 -m 1 -o energy.png

処理の仕組みと計算仕様¶

エネルギーの読み込み: 各フレームのコメント行からエネルギーを読みます。optimization_trj.xyz（opt --dump）・scan_trj.xyz・mep_trj.xyz・finished_irc_trj.xyz など、pdb2reaction が書き出す軌跡はそのまま読めます。ほかのファイルでは E=<値> の形で書き、Ha・Eh・hartree・eV・kcal/mol の単位を付けられます。単位が無ければ Hartree ですが、コメントに Properties= か Lattice= がある拡張 XYZ の energy= だけは eV とします。-q か -m を指定したときは、代わりに MLIP バックエンドで全フレームを計算し直します。
基準の選択: -r init は左端のフレームで、通常は最初のフレーム、--reverse-x では最後のフレームです。整数は 0 始まりのフレーム番号、none は絶対エネルギーです。
単位の変換: エネルギーを kcal/mol（デフォルト）か Hartree に変換し、基準の値を引いて ΔE にします。y 軸は ΔE (kcal/mol)、絶対エネルギーでは E (…) になります。
書き出し: 出力ごとに拡張子で形式を決めます。.png・.jpg・.jpeg・.svg・.pdf・.html は図、.csv は表です。PNG は図の縦横 2 倍の画素数で書き出します。

主な出力ファイル¶

energy.png      # 図（出力の指定が無いときのデフォルト）
energy.csv      # エネルギーの表（.csv の出力を指定したとき）
result.json     # 要約（--out-json 指定時）
summary.json    # result.json と同じ内容（--out-json 指定時）

CSV の列: frame、energy_hartree、図に描いた値（--unit の単位）の 3 列です。3 列目の名前は、基準があるときは delta_kcal か delta_hartree、-r none では energy_kcal か energy_hartree です。
result.json は最初の出力と同じディレクトリに書き出します。n_frames・min_energy_hartree・max_energy_hartree・energy_source・output_files を持ち、mlip_* の欄はエネルギーを計算し直したときだけ値が入ります。JSON 出力の一覧を参照してください。

主な CLI オプション¶

オプション	引数の型	デフォルト	説明
`-i, --input`	パス	（必須）	XYZ 軌跡
`-o, --output`	パス	`energy.png`	出力ファイル（`.png`, `.jpg`, `.jpeg`, `.html`, `.svg`, `.pdf`, `.csv`）。`-o` を繰り返すか、その後にファイル名を続けて並べる（`-o energy.csv energy.svg`）
`--unit`	`kcal` / `hartree`	`kcal`	図と表の値の単位
`-r, --reference`	文字列	`init`	基準: `init`、`none`、または 0 始まりのフレーム番号
`-q, --charge`	整数	`None`	系全体の総電荷。指定すると MLIP でエネルギーを計算し直す
`-m, --multiplicity`	整数	`None`	スピン多重度（2S+1）。指定すると MLIP でエネルギーを計算し直す
`--reverse-x/--no-reverse-x`	フラグ	`False`	最後のフレームを左端に置く
`-b, --backend`	文字列	`uma`	計算し直しに使う MLIP（`uma`, `orb`, `mace`, `aimnet2`。MLIP バックエンド）
`--backend-model`	文字列	`None`	選んだバックエンドのモデル（例: `uma-s-1p2`）。省略時はそのバックエンドのデフォルトのモデル
`--precision`	`fp32` / `fp64`	バックエンドごと	計算し直しの精度（UMA は `fp32`、ORB と MACE は `fp64`）。AIMNet2 は `fp32` だけ
`--out-json/--no-out-json`	フラグ	`False`	`result.json` と `summary.json` を出力

全オプションは自動生成のオプションの一覧（英語のみ）を参照してください。

使用上の注意点¶

計算し直し: -q と -m の片方だけのときは、もう片方を電荷 0 または多重度 1 とします。
エネルギーを読めないコメント行は、そのフレームを示すエラーで止まります。整数だけの行や、数値が複数ある行がこれに当たります。
対応しない拡張子はエラーで止まります。
終了コード: 終了コードを参照してください。

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