trj2fig

概要

trj2fig はXYZ軌跡から整形済みのエネルギープロファイルを生成します。デフォルトでは、各フレームのコメント行に含まれる Hartree エネルギーを読み取り、kcal/mol または Hartree に変換し、必要に応じて基準フレームに対する相対値に変換し、静的/インタラクティブな図と CSV を出力します。基準は最初のフレーム（init）、--reverse-x 使用時の最後のフレーム、または任意の明示インデックスを指定できます。-q/--charge と -m/--multiplicity を与えると、コメント行ではなく uma_pysis によって各フレームのエネルギーを再計算します。

使用法

pdb2reaction trj2fig -i TRAJECTORY.xyz [-o OUTPUTS...] [-q CHARGE] [-m MULT] [options]

例

# デフォルトPNG、最初のフレームを基準としたΔE
pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz

# CSV + SVG、フレーム5を基準、Hartree表記
pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz -o energy.csv energy.svg -r 5 --unit hartree

# 複数形式 + x軸を反転（基準は最後のフレーム）
pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz --reverse-x True -o energy.png energy.html energy.pdf

# UMAで全フレームのエネルギーを再計算
pdb2reaction trj2fig -i traj.xyz -q 0 -m 1 -o energy.png

ワークフロー

1. XYZ軌跡を解析し、各フレームのコメント行から最初の浮動小数点数を読み取ります（1.5e-3 などの科学表記に対応）。-q/-m がある場合は uma_pysis で再計算した Hartree エネルギーを使用します。エネルギーが取得できない場合は実行を中断します。

2. 参照指定を正規化:

   • init → フレーム 0（--reverse-x が有効な場合は最後のフレーム）

   • None/none/null → 絶対エネルギー（参照なし）

   • 整数リテラル → 0始まりのフレーム番号

3. エネルギーを kcal/mol または Hartree に変換し、参照指定がある場合は参照値を差し引いて ΔE を作成します。

4. Plotly 図を作成（強調ティック、スプライン補間、マーカー、タイトルなし）し、指定された拡張子へ書き出します。

5. 必要に応じて frame, energy_hartree と、指定単位での ΔE/E 列を含むCSVを出力します。

CLI オプション

オプション	説明	デフォルト
-i, --input PATH	コメント行にエネルギーを含むXYZ軌跡	必須
-o, --out PATH	複数指定可能な出力ファイル名（.png/.jpg/.jpeg/.html/.svg/.pdf/.csv）	energy.png
extra arguments	オプション後に続く位置引数（-o リストにマージ）	None
--unit {kcal,hartree}	出力単位	kcal
-r, --reference TEXT	参照指定（init、None、または0始まり整数）	init
-q, --charge INT	総電荷。指定時は uma_pysis で再計算	None
-m, --multiplicity INT	スピン多重度（2S+1）。指定時は uma_pysis で再計算	None
--reverse-x {True|False}	x軸を反転し、init の参照を最後のフレームに変更	False

出力

<output>.[png|jpg|jpeg|html|svg|pdf]  # 指定された拡張子すべてを出力（デフォルト: energy.png）
<output>.csv                          # CSV指定時のみ

• -o や位置引数が無い場合は energy.png をカレントディレクトリに書き出します。

• CSV には frame, energy_hartree と、参照がある場合は delta_kcal/delta_hartree、参照がない場合は energy_kcal/energy_hartree が含まれます。

• パース失敗や未対応拡張子がある場合、コンソールに診断メッセージが出力されます。

注意事項

• エネルギーはコメント行内の最初の小数点数から取得されます。不正なコメント行はエラーになります。

• 未対応拡張子がある場合は実行が中断されます。.png は Plotly の scale=2 で高解像度出力されます。

• --reverse-x は軸の向きと -r init の解釈の両方に影響します。

• 旧 --output-peak オプションは削除されています。