クイックスタート: `pdb2reaction tsopt`¶

目的¶

TS 候補を最適化し、一次鞍点（first-order saddle point）であることを確認します。

事前に必要なもの¶

TS 候補構造: .pdb
対象状態に対応した電荷（-q/--charge または -l/--ligand-charge）・多重度（-m）

最小コマンド¶

pdb2reaction tsopt -i ts_guess.pdb -q 0 -m 1 --out-dir ./result_tsopt

tsopt は最適化の最後に自動でヘシアン行列（Hessian）の計算と虚振動数の確認を実行します。ターミナル出力で以下のような行を確認してください。

[Imaginary modes] n=1  ([-593.1])

（任意）個別の振動解析¶

全振動モードの一覧や熱化学補正（零点エネルギー (ZPE)、ギブズ自由エネルギーなど; all コマンドの --thermo に相当）が必要な場合は、別途 freq を実行してください。虚振動数の確認だけであれば、上記の tsopt の出力で十分です。

pdb2reaction freq -i ./result_tsopt/final_geometry.pdb -q 0 -m 1 --out-dir ./result_freq

期待される出力¶

result_tsopt/
├── final_geometry.xyz     # 最適化済み TS
├── final_geometry.pdb     # PDB 形式（入力が PDB の場合）
└── vib/
    ├── imag_-593.10cm-1.pdb       # 虚振動モードアニメーション
    └── imag_-593.10cm-1_trj.xyz

確認ポイント:

ターミナル出力: n=1 かつ |振動数| >= 100 cm⁻¹ で化学的に有効な一次鞍点（注: tsopt の内部虚振動検出は |ν| >= 5 cm⁻¹ で数えるため、100 cm⁻¹ は TS 品質の判定基準であり検出閾値ではありません。詳細は典型エラー別レシピを参照）
vib/imag_*.pdb — PyMOL でアニメーション; 期待される結合の切断/形成に対応する振動であること
n=0（虚振動なし）: 極小に収束。別の初期構造を試す
n>1（複数の虚振動）: --flatten で余分なモードの平坦化を試行（反復回数の上限は --config で YAML を渡し、hessian_dimer.flatten_max_iter を指定 — Dimer と RS-I-RFO の両モードともこのキーを参照します）

補足¶

VRAM に余裕がある場合は --hessian-calc-mode Analytical を使用してください（デフォルトは FiniteDifference）。
全オプションは pdb2reaction tsopt --help-advanced と pdb2reaction freq --help-advanced を参照してください。

次の導線¶

反応経路追跡は irc、一括実行は all を参照してください。

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