クイックスタート: `pdb2reaction all --tsopt`（TS-only モード）¶

目的¶

既に手元にある TS 候補構造に対して、tsopt → irc → freq →（任意で dft） の検証・熱力学計算の一連の処理だけを pdb2reaction all で一括実行します。上流の extract / path-opt はスキップされます。

事前に必要なもの¶

pdb2reaction がインストール済み（インストールを参照）
TS 候補構造 1 つ: .pdb（残基／電荷情報を持つため推奨）または .xyz
電荷指定（次のいずれか ひとつを必ず指定）:
- -q INT — 全電荷を整数で直接指定
- -l 'RES:Q,...' — 残基ごとのリガンド電荷（タンパク質–リガンド複合体 PDB の場合）
- .gjf ヘッダから自動取得（Gaussian 入力を渡した場合のみ）
-m/--multiplicity — デフォルトは 1（一重項）。ラジカル種では明示が必要です
.xyz 入力では -q と -m が必須です。-l 形式で電荷を渡したい場合は --ref-pdb cluster.pdb を併用してください
TS のみモードに入る条件は 3 つすべて成立: (1) -i 入力がちょうど 1 つ、(2) --scan-lists が無い、(3) --tsopt（または --tsopt True）が指定されている。そうでない場合 CLI は入力ゲートで BadParameter を送出します（Provide at least two structures with -i/--input in reaction order, or use a single structure with --scan-lists, or a single structure with --tsopt True.）。

最小コマンド¶

pdb2reaction all -i ts_candidate.pdb -l 'SAM:1,GPP:-3' \
    --tsopt --thermo -o ./result_ts_only

XYZ 入力では -q と -m を明示します:

pdb2reaction all -i ts_candidate.xyz -q -1 -m 1 -b uma \
    --tsopt --thermo -o ./result_ts_only

--tsopt で検証チェーンを起動し、--thermo で freq から ZPE / Gibbs 補正を追加します。両ステージとも同一バックエンド（デフォルト UMA）で実行されます。

（任意）DFT 一点計算を追加¶

pdb2reaction all -i ts_candidate.pdb -l 'SAM:1,GPP:-3' \
    --tsopt --thermo --dft --dft-func-basis 'wb97m-v/def2-tzvpd' \
    -o ./result_ts_only

VRAM 注意: --dft は GPU4PySCF で一点計算を実行します。クラスター > 200 原子 / VRAM < 24 GB では CUDA out of memory の可能性あり。OOM 時は --dft を外して pdb2reaction dft を小さい基底または縮小クラスターで単独実行するか、VRAM の大きいノードに移してください。[dft] extra のインストールも必要です（インストールを参照）。

期待される出力¶

成功時の出力ツリー:

result_ts_only/
├── summary.log                                # 人間可読サマリー
├── summary.json                               # status: success | partial | failed
└── segments/
    └── seg_01/                                # TS のみモードの成果物
        ├── reactant.pdb                       # 正準 R/TS/P は seg_01/ 直下（TS のみモード）
        ├── ts.pdb
        ├── product.pdb
        ├── ts/
        │   ├── final_geometry.{xyz,pdb}
        │   └── vib/imag_*_trj.xyz             # 虚振動モードアニメーション
        ├── irc/
        │   └── {forward,backward,finished}_irc_trj.xyz
        ├── freq/{R,TS,P}/
        │   ├── frequencies_cm-1.txt
        │   └── thermoanalysis.yaml
        └── dft/{R,TS,P}/                      # --dft 時のみ
            ├── result.yaml                    # 常に出力（--dft 時）
            └── result.json                    # --out-json で opt-in

確認ポイント（実行順）:

summary.json の status が "success" であること。segments[0].barrier_kcal と segments[0].delta_kcal も確認。
post_segments[0].ts_imag.n_imag == 1 — 一次鞍点の必要条件。
segments/seg_01/irc/{forward,backward}_irc_trj.xyz を PyMOL で開き、R 端・P 端まで到達していることを確認。
segments[0].bond_changes が空でなく、想定どおりの結合切断・形成が記録されていること。
segments/seg_01/freq/{R,TS,P}/frequencies_cm-1.txt で R / P に虚振動が無く、TS で 1 つだけあること。

トラブルシュート:

症状	原因	対処
`post_segments[0].ts_imag.n_imag == 0`	TS 候補が極小に落ちてしまう	TS 候補を取り直す（例: `path-search`）。TS のみモードでは失った鞍点を回復できません
`n_imag >= 2`	縮退した負モードあり	`--flatten` で余剰モードを除去。`hessian_dimer.flatten_max_iter` は tsopt を参照
`segments[0].bond_changes` が空（`""` または `(no covalent changes detected)`）、または IRC が想定と違う終点に到達	虚振動が反応座標方向と一致していない、または TS が同じ井戸同士を結んでいる（反応物側と生成物側が同一極小）	`segments/seg_01/ts/vib/imag_*_trj.xyz` を PyMOL で可視化し、虚振動が想定の反応方向か確認。違う場合は TS 候補を取り直す
`freq/{R,P}/frequencies_cm-1.txt` に虚振動が残る	IRC の終点が真の極小に達していない	収束をより厳しくする（`--thresh-post gau_tight` など; `baker` はデフォルト値なので指定しても変化なし）か YAML で IRC max cycles を伸ばす。freq を参照

補足¶

tsopt 単独でのパラメータ調整（--opt-mode、--max-cycles、Hessian オプション）は tsopt を参照。
VRAM に余裕がある場合は --hessian-calc-mode Analytical を推奨します（デフォルトは FiniteDifference）。
全オプションを確認するには pdb2reaction all --help-advanced。

次のステップ¶

複数構造からの MEP 経路: クイックスタート: pdb2reaction all
単一構造からのスキャン駆動: クイックスタート: pdb2reaction all --scan-lists
全オプションリファレンス: all / tsopt / irc / freq / dft

クイックスタート: pdb2reaction all --tsopt（TS-only モード）¶

目的¶