add-elem-info

PDB ファイルの ATOM/HETATM レコードの元素記号カラム（77–78）を修復します。Bio.PDB.PDBParser で再パースし、各原子の元素を原子名と残基の情報から推定して、Bio.PDB.PDBIO で再シリアライズします（修復対象は元素記号カラム 77–78）。PDB の元素カラム（77–78）が欠落・誤記で、extract / opt / tsopt などの下流サブコマンドが入力を受け付けないときに使用します。all は事前チェックで add-elem-info を自動的に呼び出すため、手動実行は単独サブコマンドの前処理用です。

実行例

# 元素カラムを補完して "<input>_add_elem.pdb" に出力
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb

# 出力ファイルを指定
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

# 入力ファイルをその場で上書き
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

処理の流れ

  1. Bio.PDB.PDBParser で入力を解析し、extract.py で使用される残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）と同じ定義に従って分類する。

  2. 各原子について、原子名と残基名を組み合わせて元素を推定:

  • ION 辞書に登録された単原子イオン残基は対応する元素を使用

  • タンパク質/核酸/水は H/D や Se の特例を扱い、C/N/O/P/S は先頭文字で判定（炭素側鎖ラベルは C）

  • その他のリガンドは原子名の接頭辞で判定し、ハロゲン認識や重水素→水素の正規化にフォールバック

  1. PDBIO で書き出し:

  • デフォルト出力: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

  • -o/--out: 指定パスへ書き込み（この場合 --overwrite は無視）

  • --overwrite（-o/--out なし）: 入力パスを上書き

  1. 割り当て/再割り当て数、元素別合計、未解決原子のリスト（最大 50 件）を要約表示。

出力

  • 元素記号が補完/修正された PDB ファイル:

  • デフォルト: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

  • -o/--out 指定時: OUTPUT.pdb（--overwrite の値に関わらず）

  • --overwrite を -o/--out なしで指定: INPUT.pdb をその場で上書き

  • コンソールに、処理/割り当て原子数、元素別カウント、未解決原子（最大 50 件）を出力

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイル

必須

-o, --out PATH

出力パス。指定した場合 --overwrite は無視される

None → <input>_add_elem.pdb

--overwrite/--no-overwrite

-o/--out が省略された場合に入力を上書き

False

完全なフラグ一覧は生成された command reference を参照してください。

注記

  • 構造は Bio.PDB.PDBIO で再シリアライズされます（列のインプレース編集ではありません）。ATOM/HETATM の座標・占有率・B 因子・altloc・挿入コードはそのまま保持されますが、非 ATOM レコード（HEADER/REMARK/CONECT/ANISOU）とレガシーの電荷列（79–80）は保持されません。

  • すべてのモデル/チェーン/残基にわたる ATOM/HETATM レコードを処理します。

  • 重水素は水素に正規化され、セレン（SE*）やハロゲンは自動認識されます。

  • すでに有効な元素記号を持つ PDB に対して再実行しても no-op（原子はそのまま通過）です。pdb2reaction all を実行すると、add-elem-info は 元素記号が欠落している PDB 入力に対してのみ、プリフライトステップとして自動的に呼び出されます（その後 fix-altloc、続いて活性部位モデルの抽出が行われます）。元素記号がすでに補完されている入力はそのまま通過します。そのため pdb2reaction all の前に add-elem-info を手動で実行する必要はありません。手動実行が必要となるのは、元素カラムが欠落した PDB に対して extract や opt などの個別サブコマンドを直接使用する場合だけです。詳細は all を参照してください。

関連項目