`add-elem-info`¶

概要¶

add-elem-info は、PDB ファイルの ATOM/HETATM レコードにある元素記号カラム（77–78）を修復します。

出力の挙動¶

-o/--out が省略され、--overwrite が True でない場合、出力は <input>_add_elem.pdb に書き込まれます（末尾の .pdb を _add_elem.pdb に置換）。
--overwrite かつ -o/--out が省略されている場合、入力ファイルをその場で上書きします。-o/--out が指定された場合、--overwrite は無視されます。

使用法¶

pdb2reaction add-elem-info -i INPUT.pdb [-o OUTPUT.pdb] [--overwrite/--no-overwrite]

例¶

# 元素カラムを補完して "<input>_add_elem.pdb" に出力
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb

# 出力ファイルを指定
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

# 入力ファイルをその場で上書き
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

ワークフロー¶

Bio.PDB.PDBParser で入力を解析し、extract.py で使用される残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）と同じ定義を使用して分類する。
各原子について、原子名・残基名・HETATMフラグを組み合わせて元素を推定:

ION 辞書に登録された単原子イオン残基は対応する元素を使用
タンパク質/核酸/水はH/DやSeの特例を扱い、C/N/O/P/Sは先頭文字で判定（炭素側鎖ラベルはC）
その他のリガンドは原子名の接頭辞で判定し、ハロゲン認識や重水素→水素の正規化にフォールバック

PDBIO で書き出し:

デフォルト出力: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）
-o/--out: 指定パスへ書き込み（この場合 --overwrite は無視）
--overwrite（-o/--out なし）: 入力パスを上書き

割り当て/再割り当て数、元素別合計、未解決原子のリスト（最大50件）を要約表示。

CLI オプション¶

オプション	説明	デフォルト
`-i, --input PATH`	入力 PDB ファイル	必須
`-o, --out PATH`	出力パス。指定した場合 `--overwrite` は無視される	None → `<input>_add_elem.pdb`
`--overwrite/--no-overwrite`	`-o/--out` が省略された場合に入力を上書き	`False`

出力¶

元素記号が補完/修正されたPDB ファイル:
デフォルト: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）
-o/--out 指定時: OUTPUT.pdb（--overwrite の値に関わらず）
--overwrite を -o/--out なしで指定: INPUT.pdb をその場で上書き
コンソールに、処理/割り当て原子数、元素別カウント、未解決原子（最大50件）を出力

注意事項¶

変更されるのは列 77–78 のみ。座標、占有率、B因子、電荷、altloc、挿入コード、レコード順序は保持されます。
すべてのモデル/チェーン/残基にわたる ATOM/HETATM レコードを処理します。
重水素は水素に正規化され、セレン（SE*）やハロゲンは自動認識されます。

`all` ワークフローとの統合¶

pdb2reaction all を実行すると、add-elem-info は すべての PDB 入力に対してプリフライトステップとして自動的に呼び出されます（その後 fix-altloc、続いて活性部位モデルの抽出が行われます）。これにより、結合検出や電荷割り当てが実行される前に元素記号が確実に補完されます。そのため pdb2reaction all の前に add-elem-info を手動で実行する必要はありません。手動実行が必要となるのは、元素カラムが欠落した PDB に対して extract や opt などの個別サブコマンドを直接使用する場合だけです。詳細は all のプリフライトの説明を参照してください。

add-elem-info¶

概要¶