`add-elem-info`（PDB の元素欄の修復）¶

add-elem-info サブコマンドは、PDB ファイルの ATOM・HETATM レコードの元素記号（77–78 列）を補ったり直したりします。

主な用途¶

元素欄を補い、入力と同じ場所に書き出します。

pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb

端末に [OK] Wrote: 1abc_add_elem.pdb と、total atoms・assigned/updated・kept existing の件数が出ます。[WARN] の行が無ければ、すべての原子に元素が入っています。

pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

入力ファイルそのものを置き換えます。

pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

レコードの読み込み: すべての行を読み、MODEL ブロックを追いながら、ATOM・HETATM レコードだけを対象にします。
有効な記号の保持: 元素欄にすでに有効な記号（水の仮想サイトでは EP）があれば、そのまま残します。空欄や認識できない記号の欄を修復し、--overwrite-elem ではすべての欄を推定し直します。
元素の推定: 4 文字の原子名（13–16 列）と残基名から元素を決めます。イオンの残基はそのイオンの元素、アミノ酸・核酸・水は通常の命名に従います。そのほかのリガンドは原子名が始まる列で判定し、14 列から始まる NA は N、13 列からなら Na です。14 列から始まる CL1 などの LEaP のハロゲンや HG11 などの水素の名前も扱います。
書き出しと要約: 修復したレコードの 77–78 列だけを変えて書き出し、端末に要約を表示します。

修復した PDB: デフォルトは <input>_add_elem.pdb。-o を指定するとそのパス、-o なしで --overwrite を指定すると入力ファイルそのものです。
端末の要約: total atoms、assigned/updated（元素欄が変わった原子の数）、kept existing、assignment breakdown（元素ごとの件数）。割り当てられなかった原子は変更せず、[WARN] Could not confidently assign N atoms; left unchanged. の後に最大 50 件を表示します。列挙された原子は、77–78 列に元素記号を右詰めで手で書き込んでください。--overwrite-elem も同じ規則で推定するので、これらは割り当てられません。

オプション	引数の型	デフォルト	説明
`-i, --input`	パス	（必須）	入力 PDB ファイル
`-o, --output`	パス	`None`	出力 PDB ファイル。省略時は `<input>_add_elem.pdb`
`--overwrite/--no-overwrite`	フラグ	`False`	`-o` を省略したときに入力ファイルを上書き
`--overwrite-elem/--no-overwrite-elem`	フラグ	`False`	有効な記号が入っている元素欄も推定し直す

変わる部分: 修復する ATOM・HETATM レコードの 77–78 列だけです。HEADER・REMARK・CONECT・ANISOU と電荷の欄（79–80 列）を含め、ほかの行はそのまま書き出します。
特殊な名前: 重水素は H に、セレン（SE*）は Se になり、ハロゲンも自動で認識します。
2 つの別のフラグ: --overwrite-elem はどの元素欄を推定し直すかを、--overwrite はファイルの書き出し先だけを決めます。
入力と同じパスへの書き出し: -o が入力ファイルを指すとき（シンボリックリンク経由を含む）は --overwrite が必要で、無いとエラーで止まります。
終了コード: 終了コードを参照してください。