add-elem-info

PDB の ATOM/HETATM record の元素記号列（77–78）を修復します。固定列の原子名と残基情報から元素を推定します。all の preflight が修復するのは空欄の元素列だけで、非空欄の値は化学的に検証せず保持します。誤った非空欄記号を直す場合、または空欄のある入力を単独 command へ渡す前に、この utility を明示実行してください。

実行例

# 元素列を補完して "<input>_add_elem.pdb" に出力
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb

# 出力ファイルを指定
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

# 入力ファイルをその場で上書き
pdb2reaction add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

処理の流れ

  1. PDB の生レコードを読み、extract.py で使用される残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）と同じ定義に従って分類する。

  2. 各原子について、原子名と残基名を組み合わせて元素を推定:

  • ION 辞書に登録された単原子イオン残基は対応する元素を使用

  • タンパク質/核酸/水は H/D や Se の特例を扱い、C/N/O/P/S は先頭文字で判定（炭素側鎖ラベルは C）

  • その他のリガンドは原子名の接頭辞で判定し、ハロゲン認識や重水素→水素の正規化にフォールバック

  1. ATOM/HETATM の列 77–78 だけを置換し、その他の列とレコードを変更せずに書き出し:

  • デフォルト出力: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

  • -o/--out: 指定パスへ書き込み（この場合 --overwrite は無視）

  • --overwrite（-o/--out なし）: 入力パスを上書き

  1. 割り当て/再割り当て数、元素別合計、未解決原子のリスト（最大 50 件）を要約表示。

出力

  • 元素記号が補完/修正された PDB ファイル:

  • デフォルト: <input>_add_elem.pdb（-o/--out 省略かつ --overwrite が True でない場合）

  • -o/--out 指定時: OUTPUT.pdb（--overwrite の値に関わらず）

  • --overwrite を -o/--out なしで指定: INPUT.pdb をその場で上書き

  • コンソールに、処理/割り当て原子数、元素別カウント、未解決原子（最大 50 件）を出力

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイル

必須

-o, --out PATH

出力パス。指定した場合 --overwrite は無視される

None → <input>_add_elem.pdb

--overwrite/--no-overwrite

-o/--out が省略された場合に入力を上書き

False

完全なフラグ一覧は生成された command reference を参照してください。

注記

  • 修復対象の ATOM/HETATM レコードの列 77–78 を除き、各入力行はそのまま保持されます。HEADER/REMARK/CONECT/ANISOU と従来形式の電荷列（79–80）も保持されます。

  • すべてのモデル/チェーン/残基にわたる ATOM/HETATM レコードを処理します。

  • 重水素は水素に正規化され、セレン（SE*）やハロゲンは自動認識されます。

  • inference では既存の非空欄元素記号を保持しますが、writer が record formatting を正規化する場合があります。all は元素記号が空欄の PDB input にだけ preflight を適用します。詳細は all を参照してください。

関連項目