クイックスタート: pdb2reaction all

目的

2 つの完全系 PDB（反応物 R と生成物 P）から、end-to-end のワークフローを 1 回実行します。

前提条件

  • pdb2reaction がインストール済みであること（インストール を参照）

  • 水素原子が追加済みの 2 つの PDB ファイル（反応物 R と生成物 P）

  • すべての入力 PDB で同じ原子が同じ順序で含まれていること

ファイル名について: 例の 1.R.pdb と 3.P.pdb は GPP C6-メチル基転移酵素 BezA のサンプルディレクトリ（examples/）に同梱された反応物/生成物 PDB に対応します（1.R.pdb = 反応物状態、3.P.pdb = 生成物状態、多段階向けに 2.*.pdb の中間状態も利用可能）。ご自身の反応では、2 つ以上の全系 PDB に置き換えてください。

最小コマンド

pdb2reaction all -i 1.R.pdb 3.P.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' \
 --out-dir ./result_all

（オプション）同一実行で後処理まで行う

pdb2reaction all -i 1.R.pdb 3.P.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir ./result_all

VRAM 注意: --dft は抽出されたクラスターモデルに対して GPU4PySCF の一点計算を走らせます。~200 原子を超える系では VRAM が 24 GB 未満の GPU で容易に OOM に至ります。CUDA out of memory になった場合は、--dft を外して基底を縮小または原子数を削減した上で別途 pdb2reaction dft を実行するか、より大容量の GPU ノードへ移してください。事前に [dft] extra のインストールも必要です（インストール 手順 7 を参照）。

期待される出力

成功時のディレクトリ構造:

result_all/
├── summary.log                    # テキストサマリ
├── summary.json                   # 機械可読な結果
├── path_search/
│   ├── mep.pdb                    # MEP 軌跡
│   ├── energy_diagram_UMA_all.png # エネルギープロファイル
│   ├── summary.json               # path-search の結果
│   └── post_seg_01/               # 後処理（--tsopt 時）
│       ├── ts/final_geometry.pdb
│       ├── irc/finished_irc_trj.xyz
│       └── freq/
└── seg_01/                        # IRC 最適化 R/TS/P 構造
    ├── reactant.pdb
    ├── ts.pdb
    └── product.pdb

確認ポイント:

  1. summary.log — status: success と障壁高さ (kcal/mol)

  2. seg_01/*.pdb — PyMOL で R/TS/P 構造を確認

  3. energy_diagram_*.png — 明確な障壁があるエネルギープロファイル

成功時のターミナル出力例:

[all] Elapsed for Whole Pipeline: 00:05:06.123

--tsopt が有効な場合:

[Imaginary modes] n=1  ([-425.9])

|振動数| >= 100 cm⁻¹ の虚振動 1 つが有効な TS を示します。5 cm⁻¹ 検出閾値と 100 cm⁻¹ 品質ゲートの違いは用語集 虚振動数の閾値: 5 cm⁻¹ と 100 cm⁻¹ を参照。

補足

  • pdb2reaction all --help は主要オプション、pdb2reaction all --help-advanced は全オプションを表示します。

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