JSON 出力の一覧

このページでは、--out-json で書き出す result.json と summary.json の欄（key）を、全コマンドに共通の欄とコマンドごとの欄に分けて示します。

--out-json フラグ

opt、sp、tsopt、freq、irc、scan、scan2d、scan3d、path-opt、dft、extract、trj2fig、energy-diagram は --out-json / --no-out-json（デフォルト: 無効）に対応しています。有効にすると、通常の出力と同じ場所に result.json と summary.json を書き出します。2 つのファイルの中身は同じなので、result.json を読みます。

pdb2reaction opt -i r.pdb -q -1 --out-json --out-dir result_opt
cat result_opt/result.json | python -m json.tool

result_opt/result.json を開き、まず execution_status と scientific_status を読みます。opt、tsopt、path-opt は optimization_status も記録します。all と path-search が --out-json を付けなくても書き出す summary.json は、これとは構造が違う別のファイルです。

共通の欄

どの結果ファイルにも下の欄があります。「任意」と書いた欄は、そのコマンドが対応するデータを持つときだけ出ます。

フィールド	型	説明
schema_version	string	ファイルのスキーマの版。版が上がると構造が変わったことを示します。
command	string	単体のコマンドはサブコマンド名（例: "opt"）、all / path-search の要約はコマンドライン全体を記録します
pdb2reaction_version	string	パッケージバージョン
execution_status	string	実行の完了状況: completed / failed。
scientific_status	string	結果の利用可否: success / partial / failed。
run_id	string	任意。現在の呼び出しの UUID。all の実行（各段を含む）で書かれます。
elapsed_seconds	float	任意。実行時間（秒）。時間を記録しないコマンドでは省きます
environment	object	ハードウェア情報（下表参照）
mlip_backend	string | null	任意。MLIP のバックエンドの識別子。描画だけのコマンドが calculator を評価しなかった場合は null
mlip_model	string | null	任意。バックエンドと分けて記録する、正確なモデル/チェックポイント名
mlip_model_label	string | null	任意。正確な識別子から導出した論文表記用のモデル名
mlip_task	string | null	任意。複数ドメインのモデルで使ったバックエンドのタスク。正確な識別子は mlip_model に保持
mlip_precision	string | null	実効精度の共通表記（fp32 / fp64）。dtype をユーザーのコードが管理する自作の calculator では null

environment:

フィールド	型	例
device	string	"cuda" または "cpu"
gpu_name	string	"<gpu model>"
gpu_vram_gb	float	<vram in GB>
cuda_version	string	"<cuda version>"
cpu	string	"<cpu model>"
n_cpus	int	<int>
ram_gb	float	<ram in GB>

実行の完了と指定した段の完了

すべての結果に execution_status と scientific_status を出します。複数段階の計算と scan は、各段の結果も下の欄に残します。

フィールド	型	説明
execution_status	string	completed または failed。all では、IRC の後の端点の最適化が収束しなくても completed のままで、エラーで止まると failed になります。
scientific_status	string	指定したすべての段階が収束すれば success、そうでなければ partial か failed。--tsopt を指定した all では、n_imag ≥ 2 の TS は partial になり、n_imag = 0 の TS では IRC の前で止まるので、success なら n_imag = 1 です。単体の tsopt は n_imag を見ないので、n_imaginary_modes を読んでください。
scientific_status_reasons	string[]	利用できない、または欠落した個別結果の理由。正常終了時は省略されます。
expected_item_ids / observed_item_ids	string[]	集約結果の欠落を検出するための、期待された項目と観測された項目の ID。
stage_outcomes	object[]	stage、item_id、required、executed、converged、usable、reason、artifacts を持つ段階別の結果。
point_outcomes	object[]	point_id、executed、converged、energy_valid、artifact_written、seed_eligible、reason を持つ scan の点ごとの結果。

エラー時の欄（コマンドが例外で停止した場合）

フィールド	型	説明
error	string	元の例外の str(exc)
error_type	string	例外クラス名
error_class_chain	list[string]	例外のクラスとそのすべての親クラスの名前。エージェントはテキストを解析せずに階層を照合できます
error_module	string	例外クラスが定義されたモジュール
error_label	string	CLI の段の名前

エラー処理

出力ディレクトリを用意した後に例外で実行が止まった場合は、--out-json が無くても "execution_status": "failed" と "error_type" を含む result.json と summary.json を書き出します。それより前の失敗は使用上の注意点を参照してください。

最適化が収束せずに終わった場合、result.json には "optimization_status": "not_converged" が記録されます。オプティマイザの結果には該当する最終の力/ステップやサイクルの欄が入り、DFT と Dimer は持たない欄を出しません。再実行の前に何を変えるかは、トラブルシューティングの計算 / 収束の問題 を参照してください。

オプティマイザは "optimization_status": "stalled" を返すこともあります。これは、力/ステップの収束基準を満たさないまま、設定ウィンドウにわたってエネルギーが減少しなくなった状態（エネルギープラトー）です。停滞は未収束の一種で、converged にはなりません。止まった理由は stop_reason に記録されます。

サブコマンド別スキーマ

sp

フィールド	型	説明
stage	string	"sp"
input	string	計算に使った入力のパス
backend / model	string / string | null	MLIP のバックエンドとモデル。共通の mlip_* 欄にも同じ値が入ります
custom_calculator	string | null	--calc-file 時の filename:factory。組み込みのバックエンドでは null
charge / spin	int / int	総電荷とスピン多重度
n_atoms	int	原子数
energy_au	float	一点エネルギー (Hartree)
forces_path	string	forces.npy のパス
hessian_path	string | null	hessian.npy のパス。--hess 無指定時は null
elapsed	string	読みやすい形の経過時間

opt

フィールド	型	説明
optimization_status	string	"converged" / "not_converged" / "stalled"（エネルギープラトー、上記参照）
stop_reason	string	オプティマイザが収束せずに早く止まったとき（stalled か not_converged）のみ出力。止まった理由（エネルギープラトーの範囲・ウィンドウと満たせなかった基準など）を記録
energy_hartree	float	最終エネルギー (Hartree)
n_opt_cycles	int	最適化サイクル数
opt_mode	string	"grad" / "hess" / "lbfgs" / "rfo"
backend	string	calculator のバックエンド（"uma", "orb", "mace", "aimnet2", "dft"、または --calc-file 時の "custom"）。dft では model が FUNCTIONAL/BASIS で、エンジンは別の欄に記録し、MLIP の精度は null です
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
model	string	MLIP モデル名。dft では FUNCTIONAL/BASIS
n_atoms	int	原子数
n_freeze_atoms	int	固定原子数
solvent	string	陰溶媒または "none"
thresh	string	収束閾値プリセット名
max_cycles	int	最大サイクル数
input_file	string	入力ファイル名
final_max_force	float	最終 max 勾配 (Hartree/Bohr)
final_rms_force	float	最終 RMS 勾配
final_max_step	float	最終 max 変位 (Bohr)
final_rms_step	float	最終 RMS 変位
convergence_thresholds	object	{max_force_thresh, rms_force_thresh, max_step_thresh, rms_step_thresh}。力/ステップの単位は Cartesian で Hartree/Bohr と Bohr、角度成分で Hartree/rad と rad。
files	object	出力ファイルマップ
rigid_projection	object	任意。--flatten 実行時に含む。剛体モードの射影の記録を参照

tsopt

opt と同じフィールドに加え:

フィールド	型	説明
optimization_status	string	数値オプティマイザの結果: "converged" / "not_converged" / "stalled"。鞍点次数とは独立
saddle_validation	string	終端の厳密な PHVA（部分 Hessian 振動解析）による "first_order" / "higher_order" / "no_imaginary" / "unavailable"
hessian_status	string	"completed" / "failed" / "skipped" / "unavailable"。失敗理由はhessian_error
reaction_mode_index	int|null	all が IRC でたどる虚振動の、PHVA の振動数の一覧での 0 始まりの番号。オプティマイザが追ったモードが虚振動ならそのモード、そうでなければ最も低い虚振動です。どちらかは reaction_mode_source（"mep-reference-overlap" / "lowest-imaginary"）に入ります。虚振動が無ければ null
n_imaginary_modes	int|null	虚振動の数。PHVA を実行しなかった場合は null
n_negative_modes	int|null	大きさを問わない負の振動数の数（閾値以内も含む）。n_imaginary_modes と並べて見る診断用の値で、PHVA を実行しなかった場合は null
imaginary_frequencies_cm	float[]|null	虚振動数 (cm⁻¹, 負の値)。PHVA 未実行時は null または []
frequency_zero_cutoff_cm	float	閾値（cm⁻¹、デフォルト 5.0）。デフォルトでは ν < −5.00 cm⁻¹ だけを虚振動として数えます
imaginary_mode_criterion	string	数え方の規則の名前。値は "frequency_cutoff_cm"
imaginary_frequency_threshold_cm	float	符号を負にした同じ閾値（デフォルト -5.0）
opt_mode	string	"rsprfo"（デフォルト） / "rsirfo" / "trim" / "dimer"
opt_mode_requested	string	CLI で要求したプリセット（grad / hess / 明示したアルゴリズム）
optimizer	string	実際に使用したオプティマイザのアルゴリズム
reference_mode_file	string|null	--ref-mode で渡した、経路から求めた反応モードのファイル（上級者向け）。通常は all が生成して内部指定します
safeguards	object	厳密な鞍点の確認、最後に追ったモードの番号と重なり、止まった理由と、指定したときだけ働くモードの消失・回復の処理の記録。これらの回復の処理はデフォルトでは無効
rigid_projection	object	剛体モードと厳密な Hessian の記録。剛体モードの射影の記録を参照

files には imaginary_mode_files（vib ファイルの一覧）と hessian_npy（--dump-hess のファイルの絶対パス）が入ることがあります。TS 最適化が成功すると、反応モードの虚振動が 1 つ出ます。このとき saddle_validation: "first_order"、n_imaginary_modes: 1 です。最後の PHVA は、オプティマイザが収束したときと、エネルギープラトーで止まったとき（stalled）に実行します。それ以外はスキップとして記録します。optimization_status と saddle_validation は独立なので、収束した実行が saddle_validation: "higher_order" で終わることがあり、これは一次の TS ではありません。all が IRC に進む条件は tsopt の TS の判定 を参照してください。Dimer の結果も同じ TS の欄を持ちますが、サイクルごとの力/ステップの詳細と safeguards はありません。

freq

フィールド	型	説明
n_modes	int	基準振動モードの総数
n_imaginary	int	虚振動の数（n_imag）。−freq.zero_cutoff_cm より小さい振動数の数
n_negative_modes	int	大きさを問わない負の振動数の数（閾値以内も含む）
frequencies_cm	float[]	全振動数 (cm⁻¹)
imaginary_frequencies_cm	float[]	n_imaginary に数えた振動数
thermochemistry	object|null	熱化学データ（下表参照）
backend	string	MLIP バックエンド
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
model	string	MLIP モデル名
n_atoms	int	原子数
n_freeze_atoms	int	固定原子数
solvent	string	陰溶媒または "none"
temperature_K	float	温度 (K)
pressure_atm	float	圧力 (atm)
input_file	string	入力ファイル名
files	object	{"frequencies_txt": "frequencies_cm-1.txt"}。--dump-hess で書いたときは hessian_npy（絶対パス）を含む
rigid_projection	object	剛体モードと Hessian の記録。--dump 時は thermoanalysis.yaml にも記録

thermochemistry:

フィールド	型	単位
point_group	string	自動判定した分子点群
point_group_source	string	"auto" または保守的なフォールバックを示す "auto-fallback"
symmetry_number	int	外部回転対称数
symmetry_number_source	string	"auto" / "auto-fallback" / "config" / "override"
electronic_energy_ha	float	Hartree
zpe_correction_ha	float	Hartree
thermal_correction_energy_ha	float	Hartree
thermal_correction_enthalpy_ha	float	Hartree
thermal_correction_free_energy_ha	float	Hartree
sum_EE_and_ZPE_ha	float	Hartree
sum_EE_and_thermal_energy_ha	float	Hartree
sum_EE_and_thermal_enthalpy_ha	float	Hartree
sum_EE_and_thermal_free_energy_ha	float	Hartree
E_thermal_cal_per_mol	float	cal/mol
Cv_cal_per_mol_K	float	cal/(mol K)
S_cal_per_mol_K	float	cal/(mol K)

irc

IRC は execution_status と scientific_status に加え、方向ごとの停止理由と軌跡を残します。all は、その後の端点最適化を endpoint_opt に記録します。つないだ経路は finished_first（前方の端）から TS を通って finished_last（後方の端）へ並びます。どちらが R でどちらが P かは並び順では決まりません。

フィールド	型	説明
n_frames_forward	int	前方 IRC フレーム数
forward_short_branch / backward_short_branch	bool	サイクル上限前に 3 フレーム以内で停止した分岐。診断用のみ
n_frames_backward	int	後方 IRC フレーム数
n_frames_total	int	全フレーム数
energy_first_hartree	float	finished_first のエネルギー
energy_ts_hartree	float	TS エネルギー
energy_last_hartree	float	finished_last のエネルギー
endpoint_energy_orientation	string	"finished_first_to_finished_last"
forward_requested / backward_requested	bool	各方向を要求したか
forward_integration_converged / backward_integration_converged	bool | null	RMS 勾配の停止条件を満たして止まったか。診断専用で、--never-stop はこの判定を迂回するため常に false。*_downhill_departure_valid と合わせて見ると、その分岐が TS からエネルギーの下がる向きに離れ、かつこの判定を満たしたかを確かめられる
forward_downhill_departure_valid / backward_downhill_departure_valid	bool | null	TS からエネルギーの下がる向きに離れたことを確認できたか
forward_integration_stop_reason / backward_integration_stop_reason	string | null	数値の積分が失敗したときだけ入る理由
forward_energy_increased	bool | null	前方の最終ステップで irc.energy_increase_thresh（デフォルト 0 Hartree、上昇はすべて対象）を超えてエネルギーが上昇したか
backward_energy_increased	bool | null	後方の最終ステップで irc.energy_increase_thresh（デフォルト 0 Hartree、上昇はすべて対象）を超えてエネルギーが上昇したか
backend	string	MLIP バックエンド
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
model	string	MLIP モデル名
never_stop	bool	端点での物理的な停止を迂回するモード（指定したときだけ有効）を使ったか
never_stop_energy_bypasses	int	エネルギーの上昇、または 1 ステップのエネルギー変化量による停止を、実際に迂回した回数
n_freeze_atoms	int	固定原子数
solvent	string	陰溶媒または "none"
bond_changes	object	first→last 方向の {formed: [...], broken: [...]}。各リストは元素記号付き 1 始まりの原子ペア文字列（例 "C7-O12"）。比較が失敗または finished_first.xyz/finished_last.xyz が存在しない場合はキー自体が省略されます。
bond_changes_direction	string	bond_changes がある場合は "finished_first_to_finished_last"
step_length	float	IRC ステップ長 (Bohr)
max_cycles	int	最大 IRC ステップ数
input_file	string	入力ファイル名
files	object	軌跡ファイル（XYZ と、あれば PDB/CIF 形式のファイル）
rigid_projection	object	剛体モードと初期 Hessian の記録。剛体モードの射影の記録を参照

scan

フィールド	型	説明
scan_opt_mode	string	拘束緩和に使用したオプティマイザのプリセット
scan_optimizer	string	実効のオプティマイザの種類（lbfgs / rfo）
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
backend	string	MLIP バックエンド
model	string	MLIP モデル名
solvent	string	陰溶媒または "none"
preopt	bool	事前最適化を実行したか
max_step_size_angstrom	float	1 ステップ当たりの最大結合長変位 (Å)
n_stages	int	スキャンステージ数
stages	object[]	ステージごとのデータ（下記参照）
files	object	出力ファイル

stages[]:

フィールド	型	説明
index	int	1 始まりのステージインデックス
n_steps	int	ステップ数
converged	bool	拘束最適化が収束したか
pairs_1based	list	原子ペア (1 始まり)
initial_distances_angstrom	list	初期距離
target_distances_angstrom	list	目標距離
final_energy_hartree	float	最終エネルギー
energies_hartree	float[]	ステップごとのエネルギー
bond_changes	object	{"changed": bool | null, "summary": str}（自由記述の要約。比較が走らなかった場合は null/""）。

scan2d / scan3d

フィールド	型	説明
charge	int | null	系の電荷。描画だけの scan3d --csv では null
spin	int | null	スピン多重度。描画だけの scan3d --csv では null
backend	string | null	MLIP バックエンド。描画だけの scan3d --csv では null
model	string | null	MLIP モデル名。描画だけの scan3d --csv では null
solvent	string | null	陰溶媒または "none"。読み込んだエネルギーには calculator の記録が無いため、描画だけの scan3d --csv では null
max_step_size_angstrom	float	1 ステップ当たりの最大結合長変位 (Å, scan2d のみ)
n_grid_points	int	is_preopt=true を除くグリッド行数
execution_status	string	実行レベルの完了状態
n_points_attempted	int	新規実行で試行したグリッド点数（事前最適化を除く）
n_points_usable	int	新規実行の点のうち、科学計算上再利用可能な点数
point_outcomes	object[]	各点の収束・エネルギー・成果物・再利用可否
grid_points	object[]	各格子点のインデックス、距離、エネルギー、収束、geometry_file の対応
current_output_paths	string[]	今回の実行が書いた CSV/HTML/PNG と格子点の構造。前の実行で残ったファイルは入りません
grid_shape	int[]	グリッド次元 (scan3d --csv 再プロット時には省略)
pair1, pair2 (,pair3)	object	{kind, atoms_1based, unit, low, high}（距離の軸では i, j も含む）と、任意の atom_labels。scan3d で --csv 再プロット時は省略
min_energy_hartree	float	エネルギー曲面上の最小エネルギー
files	object	CSV + プロットファイル

試行した点と使える点の数の欄は、新しく scan したときに出力します。描画だけの scan3d --csv は試行数を出力せず、入力 CSV の記録が不完全なら使える点の数も省略する場合があります。

path-opt

フィールド	型	説明
optimization_status	string	"converged" / "not_converged" / "completed"
converged	bool | null	収束判定: エンジン自身の収束シグナルによる true / false。読み取れない場合は null（optimization_status は "completed" となり、収束を主張しない）
mep_mode	string	"dmf" / "gsm"
backend	string	MLIP バックエンド
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
model	string	MLIP モデル名
solvent	string	陰溶媒または "none"
preopt	bool	端点の事前最適化を有効にしたか
reactant_energy_hartree	float	最初のイメージのエネルギー (Hartree)
product_energy_hartree	float	最後のイメージのエネルギー (Hartree)
image_energies_hartree	float[]	全イメージエネルギー
n_images	int	イメージ数
hei_index	int	最高エネルギーイメージのインデックス
hei_energy_hartree	float	HEI エネルギー
barrier_kcal	float	前方障壁 (kcal/mol)
delta_kcal	float	反応エネルギー (kcal/mol)
files	object	軌跡 + HEI ファイル

path-search

path-search には --out-json フラグがありません。summary.json を書き出し、その欄は summary.json (path-search / all) に示します。

dft

注: --out-json 指定時、dft は SCF 収束・非収束の両方で result.json と summary.json を書き、非収束時は scientific_status: "failed"、converged: false を記録します。SCF が収束しなかった実行は終了コード 1 で終わります。

フィールド	型	説明
converged	bool	SCF が収束したか
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
n_atoms	int	原子数
grid_level	int	DFT グリッドレベル
conv_tol	float	SCF 収束閾値
max_cycle	int	最大 SCF サイクル数
input_file	string	入力ファイル名
energy_hartree	float	DFT エネルギー
energy_kcal_per_mol	float	DFT エネルギー (kcal/mol)
xc_functional	string	汎関数
basis_set	string	基底関数
engine	string	実効エンジンラベル ("gpu4pyscf(rks_lowmem)" / "gpu4pyscf" / "pyscf(cpu)")
used_gpu	bool	GPU を使ったか
used_lowmem	bool	GPU4PySCF の低メモリのソルバーを実際に使ったか（開殻、CPU、--no-dft-low-memory では False）
lowmem_requested	bool	低メモリモードを要求したか
dft_settings / dft_resources	object	正規化した計算の設定と、実際に使ったホストの計算資源
effective_ecp	string/object | null	PySCF へ渡した実効 ECP
solvent / solvent_model	string	実効の組み込み陰溶媒の設定
charges	object	{mulliken, lowdin, iao} 原子電荷配列
spin_densities	object	{mulliken, lowdin, iao} スピン密度配列
files	object	{"result_yaml": "result.yaml", "input_geometry_xyz": "input_geometry.xyz"}

extract

フィールド	型	説明
n_atoms_raw	int	選択残基に含まれる、主鎖の除外と切断の前の原子数（入力全体ではない）
n_atoms_extracted	int	切断後に保持した原子数（キャップ水素の追加前）
total_charge	float	合計電荷
protein_charge	float	タンパク質電荷
ligand_total_charge	float	リガンド電荷合計
ion_total_charge	float	イオン電荷合計
ion_charges	list	[[名前, 電荷], ...]
unknown_residue_charges	object	{残基名: 電荷}
n_link_hydrogens	int	炭素原子側に残る切断結合へ追加されたキャップ水素数。モデルの原子数は n_atoms_extracted + n_link_hydrogens です
exclude_backbone	bool	主鎖を除外したか
include_h2o	bool	結晶水を含めたか
ligand_charge_input	string | null	ユーザーが指定した --ligand-charge の対応表。省略時は null
center	string	中心残基
radius	float	抽出半径 (angstrom)
input_files	string[]	入力 PDB / mmCIF パス
files	object	出力 PDB / クラスターファイル

trj2fig

フィールド	型	説明
n_frames	int	軌跡フレーム数
min_energy_hartree	float	フレーム中の最小エネルギー
max_energy_hartree	float	フレーム中の最大エネルギー
energy_source	string	"trajectory_comment" または "mlip_recomputed"
mlip_backend / mlip_model / mlip_model_label / mlip_task / mlip_precision	string | null	再計算の設定。軌跡コメントを読む場合はすべて null
energy_provenance	string[]	フレームごとのエネルギーの出どころ
energy_unit	string	保存したエネルギーの単位（hartree）
backend	string | null	フレームを再計算した場合のみ MLIP のバックエンド。軌跡コメントのエネルギーを読む場合は null
charge / multiplicity	int | null	エネルギーを再計算したときの電荷と多重度。それ以外は null
solvent / solvent_model	string | null	再計算 calculator の溶媒設定。それ以外は null
output_files	string[]	すべての出力パスを順序どおりに保持する正規フィールド。別ディレクトリに同名ファイルがあっても保持される
files	object	ベース名からパスへの対応表。同じベース名の出力が 2 つあると一方だけが残るため、output_files を使ってください

energy-diagram

フィールド	型	説明
n_points	int	エネルギーデータ点数
files	object	出力ダイアグラムファイル

bond-summary

--json 有効時、bond-summary は JSON を標準出力に出し、上のサブコマンドと違って result.json を書き出しません:

フィールド	型	説明
execution_status / scientific_status	string / string	すべての組を比較できれば completed / success。比較できない組があると execution_status は failed、scientific_status は partial か failed
comparisons	object[]	ペアごとの比較（structure_a (string), structure_b (string), bonds_formed (int), bonds_broken (int)）

剛体モードの射影の記録

freq、irc、tsopt の結果は rigid_projection object を含み、opt では --flatten 実行時に含みます。freq --dump は同じ object を thermoanalysis.yaml にも書きます。

フィールド	型	説明
treatment	string	固定の剛体モード処理: "constrained"
algorithm	string	射影の方法の名前
effective_rank	int	動ける原子の Hessian から除いた剛体方向の数
full_rigid_rank	int	固定原子を考える前の、系全体の剛体運動のランク
frozen_constraint_rank	int	固定原子を動かさない条件で除かれたランク
svd_rtol	float	ランクの判定に用いる相対 SVD 許容値
active_atom_count / frozen_atom_count	int	動ける原子と固定原子の数
active_atoms / frozen_atoms	int[]	動ける原子と固定原子の 0 始まりのインデックス
hessian_space	string	入力 Hessian 空間: "full" / "active"
hessian_source / source	string	Hessian の出どころ。freq/irc は hessian_source で、"file"（--read-hess）、"cache"（同じ実行の前の段）、"fresh"（新規計算）のいずれか。opt/tsopt は source を使用
hessian_shape / raw_hessian_shape	int[2]	入力 Hessian の形状。freq/irc は hessian_shape、opt/tsopt は raw_hessian_shape を使用
near_zero_mode_count / near_zero_frequencies_cm	int / float[]	±frequency_zero_cutoff_cm（デフォルト 5.00 cm⁻¹）以内のモードの数と値。これらのモードは全振動数の一覧にも入ります

constrained は、固定原子を動かさない系全体の剛体運動だけを除きます。詳しくは freq を参照してください。

summary.json (path-search / all)

all / path-search は、より構造化された summary.json を出力します:

フィールド	型	説明
execution_status / scientific_status	string / string	実行が完了したかと、指定した計算の段がすべて完了したか。
scientific_status_reasons	string[]	要求した結果の欠損・未収束などの理由。正常終了時は省略されます。
pipeline_stop	object | なし	早期停止時のみ存在。stage は post（reason は no_segments / no_reactive_segment）、before_irc（TSOPT の理由と segment・tsopt_result）、または endpoint_opt（endpoint_execution_failed と端点別 failures）。summary.log では Pipeline stop
expected_item_ids / observed_item_ids	string[]	期待された集約項目と観測された集約項目。
scan	object | なし	scanを初期経路に使うallの、前段scanの状態・各段階の結果・診断。
n_segments	int	セグメント数
search_max_depth	int	実効の再帰分割階層上限。0 は分割無効
path_optimizers	string[]	経路の準備・精密化で実際に使用した単一構造オプティマイザ（lbfgs, rfo）。all ではスキャン・アライメントの実行も含む。path-opt の result.json にも記録
preopt_requested / preopt_converged	bool / bool | null	端点事前最適化を実行したか、および全端点が収束したか。読み取れない端点があれば null。all では preopt_converged が scientific_status の判定に入ります。--tsopt で、すべての反応セグメントの TS と両端点の最適化が収束すると、判定から外れます
segments	object[]	セグメントごとの index（1 始まり。all はセグメント 1 を segments/seg_01/ に書きます）、tag（名前。番号は index と一致するとは限りません）、kind（反応セグメントは "seg"、共有結合が変わらない配座変化の区間（kink）は "kink"、ブリッジセグメントは "bridge"、TS-only モードは "tsopt"）、converged（そのセグメントを作った最適化がすべて収束したか。収束の信号を読めなければ null）、barrier_kcal、delta_kcal、bond_changes（{title: [entries]} dict のリスト。ブリッジセグメントは ""）。barrier_kcal は TS 最適化の前の MEP 上の障壁です（配座変化の区間では null）。TS-only モードでは TS − R で、R は IRC の両端のうちエネルギーが高いほうです（向きの名前で、化学的な反応の向きではありません。all の使用上の注意点を参照）。
energy_diagrams	object[]	エネルギーダイアグラム（ラベル + kcal/mol）
mlip_backend	string	バックエンド名
mlip_model	string | null	バックエンドと分離して記録するモデル名
mlip_model_label	string | null	論文表記用のモデル名
mlip_task	string | null	複数ドメインのモデルで使ったバックエンドのタスク
mlip_precision	string | null	実効の fp32 / fp64 表記。自作の calculator では null
charge	int	系の電荷
spin	int	スピン多重度
environment	object	ハードウェア情報
references	object[]	実行で実際に使った手法の {method, citation, doi} の記録。同じ文献の一覧を summary.log と最後の標準出力の末尾（経過時間の直前）にまとめて出力します。

all はさらに以下を含みます:

フィールド	型	説明
config	object	実効設定。mep_mode は GSM/DMF、ts_opt_mode / endpoint_opt_mode は設定した後処理のプリセットを示す。汎用の opt_mode* は実効の CLI の値を記録する。path_opt_mode は端点の事前最適化に使う単一構造オプティマイザであり（preopt を参照）、MEP の経路アルゴリズムではない。
rate_limiting_step	object	反応のあるすべてのセグメントで使える最上位の手法（DFT//MLIP_Gibbs > DFT > MLIP_Gibbs > MLIP > MEP）で求めた局所障壁の最大値。使った手法 method と、MEP から求めた障壁 mep_barrier_kcal も含みます。微視的速度論による律速段階の判定ではありません。
overall_reaction_energy_kcal	float	全体反応エネルギー
overall_reaction_energy_method	string	全体反応エネルギーを求めた手法（MEP、MLIP、MLIP_Gibbs、DFT、DFT//MLIP_Gibbs）
post_segments	list	セグメントごとの TS/IRC/freq/DFT 結果
post_segments[].tsopt.n_imaginary_modes / .imaginary_frequencies_cm	int / float[]	最適化した TS の n_imag と虚振動数 (cm⁻¹, 負の値)
post_segments[].mlip / .gibbs_mlip / .dft / .gibbs_dft_mlip	object	1 つのレベルでの R・TS・P のエネルギーと、barrier_kcal・delta_kcal・energies_kcal。順に MLIP の電子エネルギー（--tsopt）、MLIP の Gibbs エネルギー（--thermo）、DFT のエネルギー（--dft）、DFT//MLIP の Gibbs エネルギー（--thermo と --dft）です
post_segments[].tsopt.energy_valid / .structure_valid	bool	energy_valid：最終の TS のエネルギーが有限の値。structure_valid：最終の TS の構造ファイルがあり、座標が有限の値
post_segments[].tsopt.n_opt_cycles / .max_cycles	int / int|null	TS 最適化で実行したサイクル数と設定上限。通常の非収束時にも記録します。
post_segments[].irc / .endpoint_assignment / .endpoint_opt	object	順に IRC 停止診断、端点の向き付け、端点 OPT の収束記録。endpoint_opt.reactant / .product に optimization_status, n_opt_cycles, max_cycles, stop_reason（存在する場合）を記録します。IRC がどう止まったかと結合変化が合うかは scientific_status に入りません。最適化した端点が狙った R と P かは自分で確かめてください。
post_segments[].thermo_symmetry	object	freq が R・TS・P ごとに報告した点群と回転対称数とその出どころ。有効な対称数の出どころを持つ R/TS/P 状態だけを含み、欠けた状態は省略する。どの状態にも有効な出どころが無い場合だけフィールド全体を省略する。
current_output_paths	string[]	--out-dir からの相対パスを並べたリスト。現在の呼び出しが記録した成果物だけを含みます。
key_output_files	object	現在の呼び出しの出力索引。ルートファイルはファイル名 → 説明、各 seg_NN は {description, files} で、files はそのセグメントディレクトリからの相対パスです。

使用例

Python

opt --out-json が書き出す result_opt/result.json を読む例です。

import json

with open("result_opt/result.json") as f:
    result = json.load(f)

status = result.get("optimization_status")
if result["execution_status"] == "failed":
    raise RuntimeError(f"{result['error_type']}: {result['error']}")
elif status == "converged":
    print(f"Energy: {result['energy_hartree']:.6f} Hartree")
elif status in {"not_converged", "stalled"}:
    print(f"Not converged after {result['n_opt_cycles']} cycles")
    print(f"Max force: {result['final_max_force']:.6f}")
else:
    print(f"Status: {status}")

jq

# 収束確認
jq '{execution_status, scientific_status}' result.json

# path-opt の障壁
jq '.barrier_kcal' result.json

# tsopt の虚振動数
jq '.imaginary_frequencies_cm' result.json

# freq の自由エネルギー
jq '.thermochemistry.sum_EE_and_thermal_free_energy_ha' result.json

# all の各セグメントの障壁（--tsopt の後）
jq '.post_segments[] | {index, barrier_kcal: .mlip.barrier_kcal}' result_all/summary.json

使用上の注意点

• CLI のオプションや入力を確かめている段階（出力ディレクトリを用意する前）で失敗すると、JSON を書かずに止まることがあります。0 以外の終了コードは失敗として扱い、標準エラー出力かジョブログでメッセージを確認してください。

• all と path-search は要約の段に着いてから summary.json を書くため、早い段階の入力エラーではファイルが残りません。

• コマンドごとの節にも、それぞれの backend / model 欄があります。複数のコマンドの結果を読むスクリプトでは、どのコマンドでも同じ意味の mlip_backend / mlip_model / mlip_precision を使ってください。

• IRC がどう止まったかは scientific_status に入りません。単体の irc は、積分が終われば --max-cycles に達した場合も success で、all は TS と端点の最適化から判定します。

関連ドキュメント

• 終了コード — 終了コードの意味

• 出力ディレクトリのレイアウト — result.json と summary.json を書き出す場所

• トラブルシューティング — 失敗・未収束の後に何を変えるか

• YAML 設定の一覧 — これらのスキーマに現れる設定入力

• all, path-search — --out-json なしで summary.json を書き出すサブコマンド

• opt, sp, tsopt, freq, irc, scan, scan2d, scan3d, path-opt, dft, extract, trj2fig, energy-diagram — --out-json 指定時にのみ result.json を書き出すサブコマンド