JSON 出力リファレンス

pdb2reaction は、AI エージェント・スクリプト・下流ツールがプログラムから扱える機械可読の JSON 出力を提供します。

--out-json フラグ

MLIP を使用する主なサブコマンドとレポート系サブコマンド（opt、sp、 tsopt、freq、irc、scan 系、path-opt、dft、extract、 trj2fig、energy-diagram）は --out-json / --no-out-json（デフォルト: off）に対応しています。有効にすると、正規の result.json と、同一内容の 互換ミラー summary.json が通常の出力と同じ場所に生成されます。

pdb2reaction opt -i r.pdb -q -1 --out-json --out-dir result_opt
cat result_opt/result.json | python -m json.tool

all / path-search は、集約結果を書き込む段階まで到達すれば --out-json なしで summary.json を出力します。早期の CLI 引数または入力の検証で失敗した場合は、ファイルが 作られないことがあります。

summary.json ミラー

write_result_json はステージごとのペイロードを一度だけシリアライズし、 互換ミラー summary.json を先に、正規の result.json を最後にアトミックに公開 します。正常終了時は両ファイルのバイト列が同一です。I/O エラーによって公開が 中断された場合、書き込み処理はミラーの不一致を隠さず例外を送出します。 MCP の利用側は、割り当てられている場合には現在の run_id も検証してください。

共通エンベロープ

共通の書き込み処理が供給するフィールドを示します。「任意」と明記した行は、 生成側が対応するデータを渡した場合にだけ存在します。

フィールド

型

説明

schema_version

string

エンベロープのスキーマバージョン。現在値は pdb2reaction.core.utils.RESULT_JSON_SCHEMA_VERSION にあります（このドキュメント中のリテラルではなく、この定数を参照してください）。値が上がった場合は構造変更を意味します。

command

string

leaf envelope はサブコマンド名（例: "opt"）、aggregate all / path-search summary は完全な invocation string

pdb2reaction_version

string

パッケージバージョン

status

string

commandごとに異なります（下記参照）。converged / not_converged / stalled（opt, tsopt）、completed（irc, freq）、ok / partial / failed（bond-summary）、success / partial / failed（all）、success / partial（path-search）、失敗時の error などです

run_id

string

任意。現在の MCP 呼び出し UUID。プロダクト固有の実行環境が有効な場合のみ注入され、producer 側の値と衝突する場合は拒否されます。

elapsed_seconds

float

任意の実行時間（秒）。shared writerへ時間を渡さないproducerでは省略

environment

object

ハードウェア情報（下表参照）

mlip_backend

string | null

任意のMLIP backend識別子。plot-only commandがcalculatorを評価していない場合はnull

mlip_model

string | null

任意。backendと分離した正確なmodel/checkpoint名

mlip_model_label

string | null

任意。正確な識別子から導出した論文表記用のmodel名

mlip_task

string | null

任意。multi-domain modelで使用したbackend task。正確な識別子はmlip_modelに保持

mlip_precision

string | null

実効精度の共通token（fp32 / fp64）。dtypeをuser codeが管理するcustom calculatorではnull

各leaf schemaのbackend / modelも維持されますが、command横断の処理では mlip_backend / mlip_model / mlip_precisionを使用してください。

実行結果と科学的妥当性

複数段階のワークフローと scan の出力処理は、構成要素を評価できる場合に以下のフィールドを追加します。出力されるフィールドはコマンドによって異なり、各コマンド固有の status も互換性のため維持されます。結果を利用できるか判断する際は、scientific_status と各 outcome を確認してください。収束を確認できない個別結果は安全側に倒して扱われ、usable にはなりません。

フィールド

型

説明

execution_status

string

通常は completed または failed。必須の構成コマンドが実行されたかを示します。

scientific_status

string

success、partial、failed。得られた科学的結果が完全かつ利用可能かを示します。

scientific_status_reasons

string[]

利用できない、または欠落した個別結果の理由。正常終了時は省略されます。集約ワークフローの従来の status_reasons とは別です。

expected_item_ids / observed_item_ids

string[]

集約結果の欠落を検出するための、期待された項目と観測された項目の ID。

stage_outcomes

object[]

stage、item_id、required、executed、converged、usable、reason、artifacts を持つ段階別 outcome。

point_outcomes

object[]

point_id、executed、converged、energy_valid、artifact_written、seed_eligible、reason を持つ scan 点別 outcome。

run_id が存在する場合は、現在の呼び出しを識別します。all の集約 summary.json では、current_output_paths と key_output_files も、その 呼び出しが記録した成果物だけを示します。再利用した出力ディレクトリに残る 既存ファイルは現在の結果に含まれません。

Rigid projection provenance

freq、irc、tsoptのresultはrigid_projection objectを含み、optでは--flatten実行時に含みます。freq --dumpは同じobjectをthermoanalysis.yamlにも書きます。

フィールド

型

説明

treatment

string

固定の剛体モード処理: "constrained"

algorithm

string

射影kernelの識別子

effective_rank

int

active Hessian から除去した剛体方向の数

full_rigid_rank

int

凍結anchor拘束前の全系剛体basisのrank

frozen_constraint_rank

int

凍結anchor拘束によって除かれたrank

svd_rtol

float

rank 判定に用いる相対 SVD 許容値

active_atom_count / frozen_atom_count

int

active／frozen原子数

active_atoms / frozen_atoms

int[]

射影kernelが使用した0始まり原子index

hessian_space

string

入力 Hessian 空間: "full" / "active"

hessian_source / source

string

Hessian provenance。freq/ircはhessian_source、opt/tsoptはsourceを使用

hessian_shape / raw_hessian_shape

int[2]

入力 Hessian shape。freq/ircはhessian_shape、opt/tsoptはraw_hessian_shapeを使用

constrainedは凍結anchorを動かさない全系剛体運動だけを除去します。詳細は凍結原子を参照してください。

environment:

フィールド

型

例

device

string

"cuda" または "cpu"

gpu_name

string

"<gpu model>"

gpu_vram_gb

float

<vram in GB>

cuda_version

string

"<cuda version>"

cpu

string

"<cpu model>"

n_cpus

int

<int>

ram_gb

float

<ram in GB>

エラーエンベロープ（status == "error" のとき）

フィールド

型

説明

error

string

元の例外の str(exc)

error_type

string

例外クラス名

error_class_chain

list[string]

MRO 全体のクラス名。エージェントがテキストを解析せずに階層を照合できます

error_module

string

例外クラスが定義されたモジュール

error_label

string

高レベルの CLI ステージラベル

エラー処理

捕捉された実行時例外では、"status": "error" と "error_type" を含む result.json を可能な範囲で書き出します。使用法・入力検証による終了や出力先の 確定前に失敗した場合は JSON が作られないことがあるため、0 以外の終了コードや 期待した JSON の欠落も失敗のシグナルです。標準エラー出力またはジョブログを確認してください。

制御された非収束結果の writer まで到達した job は、"status": "not_converged" の result.json を書きます。optimizer family は該当する最終 force/step または cycle field を含みますが、DFT と Dimer は所有しない field を出力しません。再試行の判断前に command-specific schema を確認してください。

オプティマイザは "status": "stalled" を返すこともあります。これは、設定した force/step の収束基準を満たさないまま、設定ウィンドウにわたってエネルギーが減少しなくなった状態（エネルギープラトー）です。stalled は converged とは別の非収束アウトカムであり、converged として報告されることは決してありません。tsopt では、停滞した探索を繰り返さないよう flatten/再試行ループも停止します。opt --flatten の flatten ループは停止しません — このループは残った虚振動方向へ変位してプラトーから脱出するためのものだからです。存在する場合は stop_reason にエネルギー範囲・ウィンドウ・満たせなかった基準が記録されます。stalled は（例えば摂動した構造やより厳しいステップ制御で）再試行し得るものであり、max_cycles 枯渇や一般的な失敗のエイリアスではありません。

サブコマンド別スキーマ

sp

フィールド

型

説明

status

string

"ok"

stage

string

"sp"

input

string

準備後の公開入力path

backend / model

string / string | null

local MLIP provenance（共通のmlip_* fieldにもmirror）

custom_calculator

string | null

--calc-file時のfilename:factory。組み込みbackendではnull

charge / spin

int / int

総電荷とspin多重度

n_atoms

int

原子数

energy_au

float

一点energy (Hartree)

forces_path

string

forces.npy のpath

hessian_path

string | null

hessian.npy のpath。--hess 無指定時はnull

elapsed

string

人間可読の経過時間

opt

フィールド

型

説明

status

string

"converged" / "not_converged" / "stalled"（エネルギープラトー、上記参照）

stop_reason

string

非収束停止（stalled/stopped）時のみ出力。エネルギープラトーの範囲・ウィンドウと満たせなかった基準を記録

energy_hartree

float

最終エネルギー (Hartree)

n_opt_cycles

int

最適化サイクル数

opt_mode

string

"grad" / "hess" / "lbfgs" / "rfo"

backend

string

MLIP バックエンド ("uma", "orb", "mace", "aimnet2"、または --calc-file 時の "custom")

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

model

string

MLIP モデル名

n_atoms

int

原子数

n_freeze_atoms

int

凍結原子数

solvent

string

暗黙溶媒 or "none"

thresh

string

収束閾値プリセット名

max_cycles

int

最大サイクル数

input_file

string

入力ファイル名

final_max_force

float

最終 max gradient (Hartree/Bohr)

final_rms_force

float

最終 RMS gradient

final_max_step

float

最終 max 変位 (Bohr)

final_rms_step

float

最終 RMS 変位

convergence_thresholds

object

{max_force_thresh, rms_force_thresh, max_step_thresh, rms_step_thresh} (Hartree/Bohr)

files

object

出力ファイルマップ

rigid_projection

object

任意。--flatten実行時に含む。projection provenanceを参照

tsopt

opt と同じフィールドに加え:

フィールド

型

説明

optimization_status

string

数値optimizerの結果: "converged" / "not_converged" / "stalled"。鞍点次数とは独立

saddle_validation

string

終端exact PHVAによる "first_order" / "higher_order" / "no_imaginary" / "unavailable"

hessian_status

string

"completed" / "failed" / "skipped" / "unavailable"。失敗理由はhessian_error

reaction_mode_index

int|null

downstream IRCに使う負のexact-PHVA root。root 0 fallbackは明示され、反応identityを保証しない

n_imaginary_modes

int|null

虚振動の数。PHVA を実行しなかった場合は null

imaginary_frequencies_cm

float[]|null

虚振動数 (cm⁻¹, 負の値)。PHVA 未実行時は null

opt_mode

string

"rsprfo" (default) / "rsirfo" / "trim" / "dimer"

reference_mode_file

string|null

--ref-mode で渡した advanced path-mode ファイル。通常は all が生成して内部指定します

safeguards

object

exact saddle check、最終目的modeのindex/overlap、停止理由、および明示的に有効化した場合のmode-loss/recovery診断。これらの回復経路はデフォルト無効

rigid_projection

object

剛体モードとexact Hessian のprovenance。projection provenanceを参照

files には imaginary_mode_files（vib ファイルリスト）を含む場合があります。 終端PHVAは数値収束後だけ実行します。非収束またはstalledなら終端構造を保持して PHVAをskipします。PHVA計算が失敗した場合は構造を破棄したり振動数を捏造したりせず、 hessian_status: "failed" と理由を記録します。status / optimization_status は数値最適化、saddle_validation はexact PHVAの鞍点次数を表します。数値収束 済み高次停留点はoptimization_status: "converged"かつ saddle_validation: "higher_order"であり、一次TS認定ではありません。allは 有効な負rootがあれば警告付き診断IRCへ進むことがあります。数値非収束、虚振動 0本、PHVA未実施/失敗、または有効な負rootなしでは、TS成果物登録後にIRC前で 停止します。Dimerも同じ追加fieldを出力しますが、Hessian familyのcycleごとの force/step収束詳細とsafeguardsは省略します。

freq

フィールド

型

説明

status

string

"completed"

n_modes

int

基準振動モードの総数

n_imaginary

int

虚モード数

frequencies_cm

float[]

全振動数 (cm⁻¹)

imaginary_frequencies_cm

float[]

負の振動数のみ

thermochemistry

object|null

熱化学データ（下表参照）

backend

string

MLIP バックエンド

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

model

string

MLIP モデル名

n_atoms

int

原子数

n_freeze_atoms

int

凍結原子数

solvent

string

暗黙溶媒 or "none"

temperature_K

float

温度 (K)

pressure_atm

float

圧力 (atm)

input_file

string

入力ファイル名

files

object

{"frequencies_txt": "frequencies_cm-1.txt"}

rigid_projection

object

剛体モードと Hessian provenance。--dump時はthermoanalysis.yamlにも記録

thermochemistry (thermoanalysis 利用不可時は null):

フィールド

型

単位

point_group

string

自動判定した分子点群

point_group_source

string

"auto" または保守的なフォールバックを示す "auto-fallback"

symmetry_number

int

外部回転対称数

symmetry_number_source

string

"auto" / "auto-fallback" / "config" / "override"

electronic_energy_ha

float

Hartree

zpe_correction_ha

float

Hartree

thermal_correction_energy_ha

float

Hartree

thermal_correction_enthalpy_ha

float

Hartree

thermal_correction_free_energy_ha

float

Hartree

sum_EE_and_ZPE_ha

float

Hartree

sum_EE_and_thermal_energy_ha

float

Hartree

sum_EE_and_thermal_enthalpy_ha

float

Hartree

sum_EE_and_thermal_free_energy_ha

float

Hartree

E_thermal_cal_per_mol

float

cal/mol

Cv_cal_per_mol_K

float

cal/(mol K)

S_cal_per_mol_K

float

cal/(mol K)

irc

フィールド

型

説明

status

string

"completed"

n_frames_forward

int

前方 IRC フレーム数

n_frames_backward

int

後方 IRC フレーム数

n_frames_total

int

全フレーム数

energy_first_hartree

float

stitched path の最初の端点エネルギー。standalone IRC は化学的identityを割り当てない

energy_ts_hartree

float

TS エネルギー

energy_last_hartree

float

stitched path の最後の端点エネルギー。standalone IRC は化学的identityを割り当てない

endpoint_energy_orientation

string

"finished_first_to_finished_last"

energy_reactant_hartree / energy_product_hartree

float

first / last の旧alias。key名から化学的R/P identityを推定しないこと

forward_converged

bool | null

前方 IRC 収束? インテグレータがフラグを公開しない場合は null

backward_converged

bool | null

後方 IRC 収束? インテグレータがフラグを公開しない場合は null

forward_energy_increased

bool | null

前方の最終stepでirc.energy_increase_thresh（デフォルト0 Hartree、上昇はすべて対象）を超えてenergyが上昇したか

backward_energy_increased

bool | null

後方の最終stepでirc.energy_increase_thresh（デフォルト0 Hartree、上昇はすべて対象）を超えてenergyが上昇したか

backend

string

MLIP バックエンド

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

model

string

MLIP モデル名

never_stop

bool

opt-inの物理的端点停止bypass modeを有効にしたか

never_stop_energy_bypasses

int

実際にbypassしたenergy上昇／1 step energy変化量停止event数

n_freeze_atoms

int

凍結原子数

solvent

string

暗黙溶媒 or "none"

bond_changes

object

first→last 方向の {formed: [...], broken: [...]}。各リストは元素記号付き1始まりの原子ペア文字列（例 "C7-O12"）。比較が失敗または finished_first.xyz/finished_last.xyz が存在しない場合はキー自体が省略されます。

bond_changes_direction

string

bond_changes がある場合は "finished_first_to_finished_last"

step_length

float

IRC ステップ長 (Bohr)

max_cycles

int

最大 IRC ステップ数

input_file

string

入力ファイル名

files

object

軌跡ファイル（XYZと、利用可能なPDB/CIF companion）

rigid_projection

object

剛体モードと初期 Hessian のprovenance。projection provenanceを参照

scan

フィールド

型

説明

status

string

"completed"

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

backend

string

MLIPバックエンド

model

string

MLIPモデル名

solvent

string

暗黙溶媒または"none"

preopt

bool

事前最適化を実行したか

max_step_size_angstrom

float

1 ステップ当たりの最大結合長変位 (Å)

n_stages

int

スキャンステージ数

stages

object[]

ステージごとのデータ（下記参照）

files

object

出力ファイル

stages[]:

フィールド

型

説明

index

int

1-based ステージインデックス

n_steps

int

ステップ数

converged

bool

拘束最適化の収束?

pairs_1based

list

原子ペア (1-based)

initial_distances_angstrom

list

初期距離

target_distances_angstrom

list

目標距離

final_energy_hartree

float

最終エネルギー

energies_hartree

float[]

ステップごとのエネルギー

bond_changes

object

{"changed": bool | null, "summary": str}（has_bond_change の自由記述サマリ。比較が走らなかった場合は null/""）。

scan2d / scan3d

フィールド

型

説明

status

string

"completed"

charge

int | null

系の電荷。plot-onlyのscan3d --csvではnull

spin

int | null

スピン多重度。plot-onlyのscan3d --csvではnull

backend

string | null

MLIPバックエンド。plot-onlyのscan3d --csvではnull

model

string | null

MLIPモデル名。plot-onlyのscan3d --csvではnull

solvent

string | null

暗黙溶媒または"none"。importしたenergyにはcalculator provenanceがないため、plot-onlyのscan3d --csvではnull

max_step_size_angstrom

float

1 ステップ当たりの最大結合長変位 (Å, scan2d のみ)

n_grid_points

int

is_preopt=true を除くグリッド行数

execution_status

string

実行レベルの完了状態

n_points_attempted

int

fresh run の試行グリッド点数（事前最適化を除く）

n_points_usable

int

科学計算上再利用可能な fresh-run 点数

point_outcomes

object[]

各点の収束・energy・artifact・eligibility

grid_shape

int[]

グリッド次元 (scan3d --csv 再プロット時には省略)

pair1, pair2 (,pair3)

object

{i, j, low, high} (オプション: label_i, label_j)。scan3d で --csv 再プロット時は省略

min_energy_hartree

float

表面最小エネルギー

files

object

CSV + プロットファイル

outcome count は fresh scan で出力します。plot-only scan3d --csv は 試行数を出力せず、入力 CSV の provenance が不完全なら usable count も 省略する場合があります。

path-opt

フィールド

型

説明

status

string

"converged" / "not_converged" / "completed"

converged

bool

収束判定

mep_mode

string

"dmf" / "gsm"

backend

string

MLIP バックエンド

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

model

string

MLIP モデル名

solvent

string

暗黙溶媒 or "none"

preopt

bool

端点pre-optimizationを有効にしたか

reactant_energy_hartree

float

最初のimage energy (Hartree)

product_energy_hartree

float

最後のimage energy (Hartree)

image_energies_hartree

float[]

全イメージエネルギー

n_images

int

イメージ数

hei_index

int

最高エネルギーイメージのインデックス

hei_energy_hartree

float

HEI エネルギー

barrier_kcal

float

前方障壁 (kcal/mol)

delta_kcal

float

反応エネルギー (kcal/mol)

files

object

軌跡 + HEI ファイル

dft

注: dft は SCF 収束・非収束の両方で result.json と summary.json を書きます。非収束時は status: "not_converged"、 converged: false を記録して exit code 3 で終了します。未処理 exception では標準 error envelope を書きます。

フィールド

型

説明

status

string

"converged" または "not_converged"

converged

bool

SCF 収束?

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

n_atoms

int

原子数

grid_level

int

DFT グリッドレベル

conv_tol

float

SCF 収束閾値

max_cycle

int

最大 SCF サイクル数

input_file

string

入力ファイル名

energy_hartree

float

DFT エネルギー

energy_kcal_per_mol

float

DFT エネルギー (kcal/mol)

xc_functional

string

汎関数

basis_set

string

基底関数

engine

string

実効エンジンラベル ("gpu4pyscf(rks_lowmem)" / "gpu4pyscf" / "pyscf(cpu)")

used_gpu

bool

GPU 使用?

used_lowmem

bool

gpu4pyscf.dft.rks_lowmem.RKS を実際に使用したか? (open-shell, CPU, --no-lowmem, あるいは rks_lowmem 未搭載の旧 gpu4pyscf では False)

charges

object

{mulliken, lowdin, iao} 原子電荷配列

spin_densities

object

{mulliken, lowdin, iao} スピン密度配列

files

object

{"result_yaml": "result.yaml", "input_geometry_xyz": "input_geometry.xyz"}

extract

フィールド

型

説明

status

string

"ok"

n_atoms_raw

int

選択残基に含まれるbackbone/truncation filter前の原子数（入力全体ではない）

n_atoms_extracted

int

truncation後に保持した原子数（cap-H追加前）

total_charge

float

合計電荷

protein_charge

float

タンパク質電荷

ligand_total_charge

float

リガンド電荷合計

ion_total_charge

float

イオン電荷合計

ion_charges

list

[[名前, 電荷], ...]

unknown_residue_charges

object

{残基名: 電荷}

n_link_hydrogens

int

炭素原子側に残る切断結合へ追加されたキャップ水素数

exclude_backbone

bool

バックボーンを除外したか

include_h2o

bool

結晶水を含めたか

ligand_charge_input

string または null

ユーザー指定 --ligand-charge mapping。省略時は null

center

string

中心残基

radius

float

抽出半径 (angstrom)

input_files

string[]

入力 PDB / mmCIF パス

files

object

出力 PDB / クラスターファイル

trj2fig

フィールド

型

説明

status

string

"ok"

n_frames

int

軌跡フレーム数

min_energy_hartree

float

フレーム中の最小エネルギー

max_energy_hartree

float

フレーム中の最大エネルギー

energy_source

string

"trajectory_comment" または "mlip_recomputed"

energy_provenance

string[]

frame ごとの energy source provenance

energy_unit

string

保存 energy unit（hartree）

backend

string または null

フレームを再計算した場合のみ MLIP backend。comment energy mode では null

charge / multiplicity

int または null

再計算時の解決済み電子状態。それ以外は null

solvent / solvent_model

string または null

再計算 calculator の溶媒設定。それ以外は null

output_files

string[]

すべての出力パスを順序どおりに保持する正規フィールド。別ディレクトリに同名ファイルがあっても保持される

files

object

後方互換用のベース名からパスへの対応表。同じベース名が重複すると一方だけが残る

energy-diagram

フィールド

型

説明

status

string

"ok"

n_points

int

エネルギーデータ点数

files

object

出力ダイアグラムファイル

bond-summary

--json 有効時、bond-summary は JSON を標準出力に出力します（result.json ファイルは書き出しません。永続化したい場合は stdout をリダイレクトしてください）。上の MLIP 系サブコマンドが out_dir に result.json を書き出すのとは異なる挙動です:

フィールド

型

説明

status

string

"ok"（全ペアが正常に比較できた場合）、"partial"（一部のペアが失敗した場合）、"failed"（正常に比較できたペアが無い場合）

comparisons

object[]

ペアごとの比較（structure_a (string), structure_b (string), bonds_formed (int), bonds_broken (int)）

summary.json (path-search / all)

all / path-search は、より構造化された summary.json を出力します:

フィールド

型

説明

status

string

"success" / "partial" / "failed" (all); "success" / "partial" (path-search)

execution_status / scientific_status

string / string

実行の完了度と科学的な利用可能性。従来の status とは分けて評価します。

scientific_status_reasons

string[]

不完全または利用できない科学的結果の理由。正常終了時は省略されます。

expected_item_ids / observed_item_ids

string[]

期待された集約項目と観測された集約項目。

n_segments

int

セグメント数

segments

object[]

セグメントごとの index, tag, kind, barrier_kcal, delta_kcal, bond_changes

energy_diagrams

object[]

エネルギーダイアグラム（ラベル + kcal/mol）

mlip_backend

string

バックエンド名

mlip_model

string | null

バックエンドと分離して記録するモデル名

mlip_model_label

string | null

論文表記用のモデル名

mlip_task

string | null

multi-domain modelのbackend task

mlip_precision

string | null

実効fp32 / fp64 token。custom calculatorではnull

charge

int

系の電荷

spin

int

スピン多重度

environment

object

ハードウェア情報

references

object[]

解決済みworkflowで実際に使った手法の {method, citation, doi} record。同じreference setを summary.log と最終標準出力の末尾（elapsed time直前）にまとめて出力します。

all はさらに以下を含みます:

フィールド

型

説明

rate_limiting_step

object

互換性のため維持するキー。全 reactive segment を完全に覆う最高 method（DFT//MLIP_Gibbs > DFT > MLIP_Gibbs > MLIP > MEP）で、各段階の始状態を基準にした局所障壁の最大値。method と raw mep_barrier_kcal を明記する。microkinetics に基づく律速段階の判定ではない。

overall_reaction_energy_kcal

float

全体反応エネルギー

overall_reaction_energy_method

string

全体反応energyのmethod (MEP, MLIP, MLIP_Gibbs, DFT, DFT//MLIP_Gibbs)

post_segments

list

セグメントごとの TS/IRC/freq/DFT 結果

post_segments[].thermo_symmetry

object

子 freq が報告した状態別の点群・回転対称 provenance。有効な対称数 provenance を持つ R/TS/P 状態だけを含み、欠けた状態は省略する。どの状態にも有効な provenance が無い場合だけフィールド全体を省略する。

current_output_paths

string[]

--out-dir からの相対パスを並べたリスト。現在の呼び出しが記録した成果物だけを含みます。

key_output_files

object

現在の呼び出しの出力索引。ルートファイルはファイル名 → 説明、各 seg_NN は {description, files} で、files はそのセグメントディレクトリからの相対パスです。

使用例

Python

import json

with open("result_opt/result.json") as f:
    result = json.load(f)

status = result["status"]
if status == "error":
    raise RuntimeError(f"{result['error_type']}: {result['error']}")
elif status == "converged":
    print(f"Energy: {result['energy_hartree']:.6f} Hartree")
elif status in {"not_converged", "stalled"}:
    print(f"Not converged after {result['n_opt_cycles']} cycles")
    print(f"Max force: {result['final_max_force']:.6f}")
else:
    print(f"Status: {status}")

jq

# 収束確認
jq '.status' result.json

# 障壁エネルギー取得
jq '.barrier_kcal' result.json

# 虚振動数の確認
jq '.imaginary_frequencies_cm' result.json

# 自由エネルギー取得
jq '.thermochemistry.sum_EE_and_thermal_free_energy_ha' result.json

関連項目