energy-diagram

pdb2reaction energy-diagram は与えた数値エネルギーだけを入力として状態エネルギーダイアグラムを描画します。構造ファイルの読み込みや --thermo / --dft のような量子 / 熱力学 / MLIP 計算は一切行いません。状態エネルギーの数値（例: summary.json から取り出した値）が既にあり、整形済みダイアグラムだけが欲しいときに使います。出力は画像ファイル 1 つと、任意で機械可読なサイドカーです。

実行例

# コマンド形式
pdb2reaction energy-diagram -i VALUES... [-o OUTPUT] [--label-x...] [--label-y...]

# リスト文字列で指定（その場限りの作図に推奨）
pdb2reaction energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" -o energy.png

# フラグ繰り返しで指定（値ごとに -i を 1 つ）
pdb2reaction energy-diagram -i 0 -i 12.5 -i 4.3 -o energy.png

# X/Yラベルを指定（--label-x / --label-y 共通）
pdb2reaction energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" --label-x "['R','TS','P']" --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

処理の流れ

  1. -i/--input から値を収集します（繰り返し指定、またはリスト文字列に対応）。

  2. 全値を float として解釈し、2 点未満なら早期にエラーを返します。

  3. 任意の --label-x を解釈します。未指定時は S1, S2,… を自動生成します。

  4. --label-x の個数と値の個数の一致を検証し、図を描画します。

  5. -o/--output に画像を保存し、保存先パスを表示します。

出力

OUTPUT.(png|jpg|jpeg|svg|pdf)
result.json   # 任意のサイドカー（--out-json 指定時）。status / n_points / files。per-point の energies・labels は含まれない

  • -o/--output を省略した場合、カレントディレクトリに energy_diagram.png を出力します。

  • 出力拡張子がない場合は .png が自動で補完されます。

  • 必要なら親ディレクトリを自動作成します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input TEXT...

数値入力（複数引数またはリスト形式文字列）

必須

-o, --output PATH

出力画像パス（.png/.jpg/.jpeg/.svg/.pdf）

energy_diagram.png

--label-x TEXT...

X 軸状態ラベル（入力値と同じ個数が必要）

S1, S2,...

--label-y TEXT

Y 軸ラベル

ΔE (kcal/mol)

--out-json/--no-out-json

出力画像の隣に機械可読な result.json を書き出す。スキーマは JSON 出力スキーマ を参照

False

すべてのフラグ一覧は生成された コマンドリファレンス を参照してください。

注記

  • 入力順がそのまま描画順になります。

  • 入力値は最低 2 点必要です。

関連項目