energy-diagram（状態エネルギー図）

energy-diagram サブコマンドは、与えた数値から状態エネルギー図を描きます。構造ファイルを読まず、計算も行いません。all や path-search が書き出す summary.json の energy_diagrams や論文の表など、すでに手元にあるエネルギーの作図に向いています。図は画像ファイルに保存します。

主な用途

  • 既知のエネルギーの作図: ワークフローや DFT で得た反応物（R）・遷移状態（TS）・中間体（IM）・生成物（P）のエネルギー

  • 論文やスライド用の図: SVG・PDF のベクター形式での出力

  • 手早い確認: 作図のコードを書かずに、少数の値を図にする

基本的な実行例

1. 値を 1 つのリストで渡す

すべての値を、引用符で囲んだ 1 つのリストとして渡します。

pdb2reaction energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" -o energy.png --out-json

端末に [energy-diagram] Saved -> energy.png が出て、画像と同じ場所の result.json に n_points: 3 があれば成功です。

2. 値ごとに -i を付ける

値の数だけ -i を繰り返します。

pdb2reaction energy-diagram -i 0 -i 12.5 -i 4.3 -o energy.png

3. 状態と軸のラベル

x 軸の状態に名前を付け、y 軸のラベルを指定します。

pdb2reaction energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" \
  --label-x "['R','TS','P']" --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

処理の仕組みと計算仕様

  1. 値の読み込み: -i から値を読みます。値ごとに -i を繰り返すか、"[0, 12.5, 4.3]" や "0, 12.5, 4.3" のようなリスト形式の文字列 1 つで渡します。

  2. ラベル: --label-x で状態ごとのラベルを、繰り返しかリスト形式の文字列 1 つで与えます。省略すると S1、S2、… になります。

  3. 作図: 各状態をそのエネルギーの高さの短い横棒で描き、隣り合う横棒を点線で結び、最初の状態のエネルギーの高さに薄い灰色の点線を引きます。

  4. 保存: -o の拡張子で形式が決まります。拡張子の無いパスには .png を付け、親ディレクトリが無ければ作ります。

主な出力ファイル

energy_diagram.png   # 状態エネルギー図（デフォルト名。-o で指定）
result.json          # execution_status、scientific_status、n_points、files（--out-json 指定時）
summary.json         # result.json と同じ内容（--out-json 指定時）

result.json と summary.json は画像と同じディレクトリに書き出します。記録するのは点の数と画像のパスで、値とラベルは含みません。

主な CLI オプション

オプション

引数の型

デフォルト

説明

-i, --input

文字列

（必須）

エネルギーの値。値ごとに -i を繰り返すか、リスト形式の文字列 1 つで指定

-o, --output

パス

energy_diagram.png

出力画像（.png, .jpg, .jpeg, .svg, .pdf）

--label-x

文字列

S1, S2, …

x 軸の状態ラベル。状態ごとに繰り返すか、リスト形式の文字列 1 つで指定

--label-y

文字列

ΔE (kcal/mol)

y 軸のラベル

--out-json/--no-out-json

フラグ

False

画像の隣に result.json と summary.json を出力

全オプションは 自動生成のオプションの一覧（英語のみ） を参照してください。

使用上の注意点

  • 値は 2 つ以上: 1 つ以下では Provide at least two numeric values with -i/--input. で止まります。

  • 1 つの -i の後に複数の値: -i 0 12.5 4.3 は受け付けません。-i を繰り返すか、リストを引用符で囲んでください。

  • ラベルの数: --label-x のラベルの数は値の数と同じにしてください。

  • 順序: 入力の順がそのまま x 軸の順になります。

  • 単位: 値はそのまま描くので、単位は --label-y に書いてください。

  • 終了コード: 終了コードを参照してください。

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