energy-diagram

概要

energy-diagram は、数値のみからエネルギーダイアグラムを描画します。

• 構造ファイルは不要

• エネルギー計算は実行しない

• --thermo / --dft は使用しない

-i/--input は次のいずれかで指定できます。

• 数値を複数引数で渡す

• リスト形式の数値文字列を1引数で渡す

使用法

pdb2reaction energy-diagram -i VALUES... [-o OUTPUT] [--label-x ...] [--label-y ...]

例

# 数値を複数引数で指定
pdb2reaction energy-diagram -i 0 12.5 4.3 -o energy.png

# リスト文字列で指定
pdb2reaction energy-diagram -i "[-205.1, -190.4, -198.7]" -o energy.png

# X/Yラベルを指定
pdb2reaction energy-diagram -i 0 12.5 4.3 --label-x R TS P --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

CLI オプション

オプション	説明	デフォルト
-i, --input TEXT ...	数値入力（複数引数またはリスト形式文字列）	必須
-o, --output PATH	出力画像パス（.png/.jpg/.jpeg/.svg/.pdf）	energy_diagram.png
--label-x TEXT ...	X軸状態ラベル（入力値と同じ個数が必要）	S1, S2, ...
--label-y TEXT	Y軸ラベル	ΔE (kcal/mol)

注意事項

• 入力順がそのまま描画順になります。

• 入力値は最低2点必要です。