energy-diagram

概要

要約: 数値エネルギーだけを入力として状態エネルギーダイアグラムを描画します（構造ファイル不要、量子/熱力学計算なし）。

クイックリファレンス

  • 入力: -i/--input で与える数値列（複数トークンまたはリスト形式文字列）。

  • 出力: 画像ファイル 1 つ（.png / .jpg / .jpeg / .svg / .pdf）。

  • デフォルト出力: energy_diagram.png。

  • 状態ラベル: --label-x で任意指定。省略時は S1, S2,…。

  • 用途: 既にエネルギー値があり、図だけ作成したいとき。

pdb2reaction energy-diagram は与えた数値を可視化するのみで、構造ファイルの読み込みや --thermo / --dft のような計算は行いません。

使用法

pdb2reaction energy-diagram -i VALUES... [-o OUTPUT] [--label-x...] [--label-y...]

例

# 数値を複数引数で指定
pdb2reaction energy-diagram -i 0 12.5 4.3 -o energy.png

# リスト文字列で指定
pdb2reaction energy-diagram -i "[-205.1, -190.4, -198.7]" -o energy.png

# X/Yラベルを指定
pdb2reaction energy-diagram -i 0 12.5 4.3 --label-x R TS P --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

ワークフロー

  1. -i/--input から値を収集します（繰り返し指定、1 フラグ後の複数値、リスト文字列に対応）。

  2. 全値を float として解釈し、2 点未満なら早期にエラーを返します。

  3. 任意の --label-x を解釈します。未指定時は S1, S2,… を自動生成します。

  4. --label-x の個数と値の個数の一致を検証し、図を描画します。

  5. -o/--output に画像を保存し、保存先パスを表示します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input TEXT...

数値入力（複数引数またはリスト形式文字列）

必須

-o, --output PATH

出力画像パス（.png/.jpg/.jpeg/.svg/.pdf）

energy_diagram.png

--label-x TEXT...

X軸状態ラベル（入力値と同じ個数が必要）

S1, S2,...

--label-y TEXT

Y軸ラベル

ΔE (kcal/mol)

--out-json/--no-out-json

出力画像の隣に機械可読な result.json を書き出す。スキーマは JSON 出力スキーマ を参照。

False

出力

OUTPUT.(png|jpg|jpeg|svg|pdf)

  • -o/--output を省略した場合、カレントディレクトリに energy_diagram.png を出力します。

  • 出力拡張子がない場合は .png が自動で補完されます。

  • 必要なら親ディレクトリを自動作成します。

注意事項

  • 入力順がそのまま描画順になります。

  • 入力値は最低2点必要です。

  • 構造ファイルの読み込みやエネルギー計算は行いません。

関連項目