fix-altloc

fix-altloc は、PDB ファイルから代替位置（altLoc）を解決します。 原子ごとではなく、残基ごとに一つの非空白 altLoc ラベルを選びます。 選択基準は、その残基内のラベル付き原子の平均 occupancy が最も高いこと、 同値の場合はファイル内で最初に現れることです。空白（共通）原子は残し、 非選択ラベルの原子は削除し、残したレコードの列 17 を空白にします。 構造workflowは同じ残基単位規則を共通input bridgeで自動適用します。この commandはcleaned PDB自体が必要な場合、directory batch処理、または計算前の conformer確認に使用します。

実行例

# コマンド形式
pdb2reaction fix-altloc -i INPUT.pdb [-o OUTPUT.pdb] [OPTIONS]

# 単一ファイルを処理（出力: INPUT_clean.pdb）
pdb2reaction fix-altloc -i 1abc.pdb

# 出力ファイルを指定
pdb2reaction fix-altloc -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

# ディレクトリを再帰的に処理
pdb2reaction fix-altloc -i ./structures -o ./cleaned --recursive

# 入力ファイルをその場で上書き（.bakバックアップを作成）
pdb2reaction fix-altloc -i ./structures --inplace --recursive

処理の流れ

  1. 入力ファイルに非空白の altLoc 文字（列 17）が含まれているかチェック。

  • altLoc が見つからず --force が設定されていない場合、ファイルをスキップ。

  1. ラベル付き ATOM/HETATM record を残基 identity（chain ID、残基番号、 insertion code、segID。残基名は key に含めない）で group 化する。

  2. 各残基で一つの非空白ラベルを選択:

  • ラベル内の解析可能な occupancy（列 55–60）の平均が最大

  • parsed occupancy がない label は、parsed mean のある全 label より下位

  • score が同じ場合（すべて missing の場合を含む）は file 内の初出順

  1. 空白（共通）原子と選択したラベルの原子を残し、残る重複を occupancy と 出現順で解決する。

  2. 出力を書き込み:

  • 空白（共通）原子と選択 conformer のみを保持

  • altLoc 列（17）を空白（スペース 1 文字）に置換

  • ANISOU レコードは保持された原子に一致するもののみフィルタリング

処理対象レコード

  • ATOM / HETATM: altLoc の選択とブランク化

  • ANISOU: 対応する ATOM/HETATM レコード（同じシリアル番号）が保持される場合のみ保持

altLoc 状態間で原子数が異なる場合の処理

異なる altLoc 状態で原子集合が異なる場合（例：A に N, CA, CB, CG、B に N, CA, CB, CD）も、選択した残基ラベルの原子のみを残します。非選択ラベルに しか無い原子は削除されます。これにより、A/B を混合した実在しないハイブリッド 残基の生成を防ぎます。

例:

入力:
 ATOM 1 N AALA A 1... 0.50 # altLoc A
 ATOM 2 CA AALA A 1... 0.50 # altLoc A
 ATOM 3 CG AALA A 1... 0.50 # altLoc A のみ
 ATOM 4 N BALA A 1... 0.40 # altLoc B
 ATOM 5 CA BALA A 1... 0.40 # altLoc B
 ATOM 6 CD BALA A 1... 0.40 # altLoc B のみ

出力:
 ATOM 1 N ALA A 1... 0.50 # A から（占有率が高い）
 ATOM 2 CA ALA A 1... 0.50 # A から（占有率が高い）
 ATOM 3 CG ALA A 1... 0.50 # 保持（Aのみ）

出力

  • 代替位置が削除された PDB ファイル:

  • 入力がファイル: デフォルトは <input>_clean.pdb（-o/--out が省略された場合）

  • 入力がディレクトリ: デフォルトは <input>_clean/（サブパスを保持）

  • -o/--out 指定時: OUTPUT.pdb

  • --inplace 設定時: 元のファイルを上書き（バックアップは <input>.pdb.bak として保存）

Python API

プログラムから利用する場合、モジュールは以下をエクスポートします:

from pathlib import Path

from pdb2reaction.io.pdb_fix import has_altloc, fix_altloc_file

# ファイルにaltLocがあるかチェック
if has_altloc(Path("input.pdb")):
 # altLocを修正
 was_processed = fix_altloc_file("input.pdb", "output.pdb", overwrite=True)

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイルまたはディレクトリ

必須

-o, --out PATH

出力ファイル（入力がファイルの場合）またはディレクトリ（入力がディレクトリの場合）

入力がファイル: <input>_clean.pdb、入力がディレクトリ: <input>_clean/

--recursive/--no-recursive

入力がディレクトリの場合、*.pdb ファイルを再帰的に処理

False

--inplace/--no-inplace

入力ファイルをその場で上書き（.bak バックアップを作成）

False

--overwrite/--no-overwrite

既存の出力ファイルの上書きを許可

False

--force/--no-force

altLoc が検出されなくてもファイルを処理

False

すべてのフラグの一覧は、生成されるコマンドリファレンスにあります。

注記

  • デフォルトでは、ファイルにaltLoc 文字が含まれていない場合（列 17 がすべて空白）、ファイルはスキップされ、出力は書き込まれません。altLoc の有無に関わらず処理を行うには --force を使用してください。

  • 原子シリアル番号は再番号付けされません（重複削除後にギャップが残る場合があります）。

  • CONECT およびその他の接続/注釈レコードは更新されません。

  • 生存したレコードの座標、occupancy、B 因子、電荷、挿入コード、相対順は保持します。 非選択 altLoc レコードは削除し、生存レコードの列 17 は空白にします。

  • MODEL/ENDMDL ブロックは独立して処理されます。

  • 残基単位の occupancy 規則もヒューリスティックです。活性部位の接触や機構に基づいて conformer を選ぶ必要がある場合は、構造エディタで明示選択し、目視確認してください。

  • all とstandalone geometry commandは共通bridgeでaltLocを残基単位に解決します。fix-altloc commandはcleaned PDBを別fileとして保持したい場合に使います。

関連項目