sp¶
pdb2reaction sp は、単一の構造に対して MLIP のエネルギー + 原子間力（オプションで完全な Hessian）を評価します。用途は次のとおりです。
最適化の実行前に、構造のエネルギー / 原子間力 / Hessian を手早くサニティチェックする
バックエンド同士を直接比較する
optimizer のループ外で参照値 / Hessian を生成する
実行例¶
コマンド形式:
pdb2reaction sp -i FILE -q INT -m INT [-b uma|orb|mace|aimnet2] [--hess] [options]
エネルギー + 原子間力（UMA バックエンド、中性閉殻）:
# energy + forces (UMA backend, neutral closed-shell)
pdb2reaction sp -i structure.pdb -q 0 -m 1
完全な Hessian も計算（UMA → 解析的、その他のバックエンド → 有限差分）:
# also compute the full Hessian (UMA → analytical; other backends → finite-difference)
pdb2reaction sp -i structure.pdb -q 0 -m 1 --hess
出力¶
sp はデフォルトで出力を result_sp/ 以下に書き出します。エネルギー（スカラー値）と |force|_max は stdout に出力され、forces.npy（--hess 指定時は hessian.npy も）は常にそこへ書き出されます。
ファイル |
内容 |
書き出し |
|---|---|---|
stdout |
エネルギー（スカラー値）(a.u.) と ` |
force |
|
原子単位 (Hartree / Bohr) の |
常に |
|
質量重みなしの |
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機械可読なエネルギー (a.u.)、バックエンド、電荷/スピン、npy 出力へのパス、経過時間 |
|
sp は人間可読な summary.log を書き出しません。
Hessian バックエンド¶
--hess を設定すると、バックエンドの選択が Hessian の計算戦略を決めます。
--backend uma（デフォルト）→ UMA の torch autograd 経路によるAnalyticalHessian--backend orb/mace/aimnet2→FiniteDifferenceにフォールバック（上流に解析的 Hessian の実装がないため）
解析的実装とのサニティチェックを行いたい場合は、--hessian-calc-mode で UMA でも FiniteDifference を強制できます。一方、非 UMA バックエンドで Analytical を強制しても効果はなく、それらのバックエンドは常に FiniteDifference にフォールバックします。
CLI オプション¶
フラグの完全な一覧は自動生成された コマンドリファレンス にあります。下表では説明が必要なオプションを扱います。
フラグ |
デフォルト |
意味 |
|---|---|---|
|
— |
PDB / XYZ / GJF の構造ファイル（必須） |
|
— |
系の総電荷（非 GJF では必須；GJF はテンプレートから継承） |
|
— |
残基別の電荷マッピング（例: |
|
|
スピン多重度、2S+1（任意；省略時は 1。GJF はテンプレートから継承） |
|
|
MLIP バックエンドの選択 |
|
|
|
|
auto |
特定の Hessian モードを強制（ |
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|
出力ディレクトリ |
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|
バックエンドに渡す数値精度 |
|
— |
|
|
|
機械可読な |
|
off |
実効的なマージ済み設定を出力 / 実行せずに検証 |
完全な一覧（workers、溶媒補正など）を見るには pdb2reaction sp --help-advanced を実行してください。
注記¶
一点 DFT（gpu4pyscf / PySCF）のベンチマークには、代わりに
dftを使用してください。