AI エージェント向けスキル

pdb2reaction には、AI エージェント（Claude Code、Codex、Cursor など）向けの手順書（スキル）が skills/ ディレクトリに同梱されています。skills/ をエージェントに読み込ませることで、自然言語による指示で計算の実行と解析を行えます。

最初の例

導入するときは、AI エージェントに次のように指示してください。

https://github.com/t-0hmura/pdb2reaction/tree/main/skills をスキルとして取り込み、pdb2reaction-install の手順に従って pdb2reaction をインストールして

GitHub のリポジトリを clone 済みなら、URL の代わりに手元の skills/ の path を渡しても構いません。導入後は、たとえば次のように指示できます。

〈論文〉を読んで、〈PDB ID〉の構造からモデルを作成し、〈反応段階〉の経路について、pdb2reaction のスキルを用いて反応機構解析を行ってください。

スキルの一覧

skills/ 内の各フォルダが 1 つのスキル（<名前>/SKILL.md）に対応します。

スキル

内容

pdb2reaction-overview（最初に参照）

pdb2reaction の概要、all の 3 つの入力モードの選択、段階的な実行、TS 探索の方針、出力の解釈

pdb2reaction-cli

各サブコマンドの用途、成否の判定、注意点

pdb2reaction-model-setup

PDB・mmCIF・XYZ・GJF の取り扱い、電荷とスピン多重度の決定、クラスターモデルの構築

pdb2reaction-install

pdb2reaction 本体・MLIP バックエンド・DFT・xTB の導入、計算環境（スケジューラ・GPU・CUDA・conda）の確認

pdb2reaction-hpc

PBS・SLURM のジョブスクリプト、walltime の目安、ジョブの監視、動的なジョブ割り当て

colab-local-gpu-runtime

WSL2 と Docker Desktop を用いた、ローカルの NVIDIA GPU 上での Colab インターフェースの実行（Windows）

手動で導入する場合

スキルのフォルダを、使用するエージェントのスキル用ディレクトリにコピーします。

  • Claude Code：プロジェクト単位では .claude/skills/、全プロジェクト共通では ~/.claude/skills/

  • Codex：リポジトリ単位では .agents/skills/、全リポジトリ共通では ~/.agents/skills/

例として、リポジトリのルートで次のコマンドを実行します。

mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/pdb2reaction-* skills/colab-local-gpu-runtime ~/.claude/skills/

オプションの詳細と既定値は、インストールした CLI の pdb2reaction <subcommand> --help-advanced とコマンドリファレンスで確認してください。

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