クイックスタート: `pdb2reaction all --scan-lists`（Scan モード）¶

目的¶

pdb2reaction all のフルワークフローを、-s/--scan-lists で 1 つ以上の原子間距離を駆動して単一構造から実行します。これにより、段階的スキャン → 最小エネルギー経路（MEP）精密化 → （任意）遷移状態（TS）最適化 + 固有反応座標（IRC）が自動で連鎖します。

事前に必要なもの¶

入力構造: .pdb
対象状態に対応した電荷（-q/--charge または -l/--ligand-charge）・多重度（-m）

方法 A: `-s/--scan-lists` インラインリテラル（デフォルト）¶

-s/--scan-lists はコマンドライン上で Python リテラル文字列を直接受け取ります。原子セレクタの構文（残基/原子トークン、区切り文字、順序）と外側/内側のクォートのルールについては、CLI 規約: スキャンリスト仕様を参照してください。

基本構文¶

各リテラルは 3 要素タプル (atom1, atom2, target_distance_Å) のリストです。3 番目の要素は必ず ångström 単位の目標距離で、ちょうど 3 要素が必要です。1 リテラル = 1 ステージ。

# 単一ステージ、整数原子インデックス（デフォルトで1-based）
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 \
 -s '[(1, 5, 1.35)]' -o ./result_scan

# 単一ステージ、PDBセレクタ文字列
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 \
 -s '[("TYR,285,CA", "SAM,309,C10", 1.35)]' -o ./result_scan

タンパク質–リガンド複合体 PDB を入力とする場合は -c/--center の指定が必須です。低分子 .pdb / .xyz では -c を省略し、-l の代わりに -q を直接渡してください。-m/--multiplicity のデフォルトは 1（一重項）ですが、ここでは例として明示的に指定しています。

複数ステージ¶

複数のリテラルを渡すと、各リテラルが順番に 1 ステージとして実行されます:

# ステージ1: 1つの結合を 1.35 Å に駆動
# ステージ2: 2つの結合を同時に駆動
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 -s \
  '[("TYR,285,CA","SAM,309,C10",1.35)]' \
  '[("TYR,285,CA","SAM,309,C10",2.20),("TYR,285,CB","SAM,309,C11",1.80)]' \
  -o ./result_scan

ステージは順番に実行され、各々は前ステージの緩和結果から開始します。

期待される出力¶

result_scan/
├── summary.log
├── summary.json
├── mep.pdb                        # MEP 全体パス（ルートへ配置）
├── energy_diagram_MEP.png         # MEP エネルギー図（ルートへ配置）
├── segments/
│   └── seg_01/                    # 反応セグメントごとの成果物
└── _work/                         # パイプラインの作業領域（削除可）
    ├── scan/
    │   ├── preopt/                # 事前最適化構造
    │   ├── stage_01/              # スキャンステージ 1
    │   │   ├── scan_trj.xyz       # スキャン軌跡
    │   │   └── scan.pdb
    │   └── stage_02/              # スキャンステージ 2（マルチステージ時）
    └── path_opt/                  # MEP 探索（--refine-path True 時は path_search/）

確認ポイント:

_work/scan/stage_01/scan_trj.xyz — 結合距離の変化を PyMOL で確認
mep.pdb — 最適化後の MEP 軌跡（出力ルートへ配置）
summary.log — 障壁高さと結合変化

ヒント: --print-parsed を付けて（Ctrl-C で中断して）スキャン設定を事前確認:

pdb2reaction scan -i input.pdb -q 0 -s '[(1, 5, 1.35)]' --print-parsed

補足¶

-s/--scan-lists は all ではインライン Python リテラルのみを受け取ります。単独の scan サブコマンドはこれに加えて YAML/JSON スペックファイルパスも受け取れます（scan を参照）。

スキャンステップのデフォルトは両コマンドで同じで、フラグ名のみが異なります（all では prefix 付き、単独の scan では prefix なし）:

コマンド	距離ごとの step 幅	調和バイアス強度
`pdb2reaction all`	`--scan-max-step-size 0.20 Å`	`--scan-bias-k 300 eV/Å²`
単独の `pdb2reaction scan`	`--max-step-size 0.20 Å`	`--bias-k 300 eV/Å²`

どちらの形式でも、または YAML の bias ブロックで上書き可能です（scan / yaml-reference 参照）。

各スキャンステージは、最終緩和構造に対する結合変化チェック（has_bond_change）で終了します。ステージごとの結果は scan ログに記録され、--out-json 指定時には scan 出力ディレクトリに書き出される集約 result.json（その stages 配列内）にも記録されます。
再帰的 MEP refinement（path-search）は scan の端点を無条件に入力として取り込みます。実行されるかどうかのゲートは、scan stage の bond-change フラグ（has_bond_change）ではなく --refine-path です。
pdb2reaction all --help-advanced で全オプション（スキャン制御を含む）を確認できます。
単独の scan サブコマンド（MEP 精密化なし）については scan を参照してください。

次のステップ¶

全オプション: all
TS 候補の検証: クイックスタート: TS のみモード

クイックスタート: pdb2reaction all --scan-lists（Scan モード）¶

目的¶