クイックスタート: 単一構造スキャンワークフロー（`--scan-lists`）¶

目的¶

pdb2reaction all のフルワークフローを、-s/--scan-lists で原子間距離を駆動して単一構造から実行します。段階的スキャン → MEP 精密化 → （任意）TS 最適化 + IRC が自動で連鎖します。

事前に必要なもの¶

入力構造: .pdb
対象状態に対応した電荷（-q/--charge または -l/--ligand-charge）・多重度（-m）

方法 A: YAML スペックファイル（推奨）¶

1. `scan.yaml` を作成¶

ステージごとの目標距離（単位: Å）を順番に定義します。

one_based: true
stages:
 - [["TYR,285,CA", "SAM,309,C10", 1.35]]
 - [["TYR,285,CA", "SAM,309,C10", 2.20], ["TYR,285,CB", "SAM,309,C11", 1.80]]

2. 実行¶

pdb2reaction -i input.pdb -q 0 -m 1 -s scan.yaml -o ./result_scan

ステージは順番に実行され、各ステージは前ステージの緩和結果から開始します。

方法 B: `-s/--scan-lists` インラインリテラル（簡易ワンライナー向け）¶

-s/--scan-lists はコマンドライン上で Python リテラル文字列を直接受け取ります。原子セレクタの構文（残基/原子トークン、区切り文字、順序）と外側/内側のクォーティングルールについては、CLI 規約: スキャンリスト仕様を参照してください。

基本構文¶

各リテラルは 3 要素タプル (atom1, atom2, target_distance_Å) のリストです。3 番目の要素は必ず ångström 単位の目標距離で、ちょうど 3 要素が必要です。1 リテラル = 1 ステージ。

# 単一ステージ、整数原子インデックス（デフォルトで1-based）
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 \
 -s '[(1, 5, 1.35)]' -o ./result_scan

# 単一ステージ、PDBセレクタ文字列
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 \
 -s '[("TYR,285,CA", "SAM,309,C10", 1.35)]' -o ./result_scan

タンパク質–リガンド複合体 PDB を入力とする場合は -c/--center の指定が必須です。低分子 .pdb / .xyz では -c を省略し、-l の代わりに -q を直接渡してください。-m/--multiplicity のデフォルトは 1（一重項）ですが、例ではここでも明示的に示しています。

複数ステージ¶

複数のリテラルを渡すと、各リテラルが順番に1ステージとして実行されます:

# ステージ1: 1つの結合を 1.35 Å に駆動
# ステージ2: 2つの結合を同時に駆動
pdb2reaction -i input.pdb -c 'SAM,GPP,MG' -l 'SAM:1,GPP:-3' -m 1 -s \
  '[("TYR,285,CA","SAM,309,C10",1.35)]' \
  '[("TYR,285,CA","SAM,309,C10",2.20),("TYR,285,CB","SAM,309,C11",1.80)]' \
  -o ./result_scan

ステージは順番に実行され、各ステージは前ステージの緩和結果から開始します。

期待される出力¶

result_scan/
├── summary.log
├── summary.json
├── scan/
│   ├── preopt/                    # 事前最適化構造
│   ├── stage_01/                  # スキャンステージ 1
│   │   ├── scan_trj.xyz
│   │   └── scan.pdb
│   └── stage_02/                  # ステージ 2（マルチステージ時）
└── path_search/                   # MEP 探索（デフォルト、再帰的）; --refine-path False 時は path_opt/
    ├── mep.pdb
    └── energy_diagram_UMA_all.png

確認ポイント:

scan/stage_01/scan_trj.xyz — 結合距離の変化を PyMOL で確認
path_search/mep.pdb — 最適化後の MEP 軌跡
summary.log — 障壁高さと結合変化

ヒント: --print-parsed を付けて (Ctrl-C で中断する形で) スキャン設定を事前確認:

pdb2reaction scan -i input.pdb -q 0 -s '[(1, 5, 1.35)]' --print-parsed

補足¶

-s/--scan-lists は YAML/JSON ファイルパスまたはインライン Python リテラルを受け付けます（両方を同時に指定することはできません）。
pdb2reaction all --help-advanced で全オプション（スキャン制御を含む）を確認できます。
単独の scan サブコマンド（MEP 精密化なし）については scan を参照してください。

次の導線¶

全オプション: all
TS 最適化と検証: クイックスタート: pdb2reaction tsopt

クイックスタート: 単一構造スキャンワークフロー（--scan-lists）¶

目的¶