`bond-summary`¶

連続する分子構造間の共有結合変化を検出・報告します。

書式¶

pdb2reaction bond-summary -i R.xyz P.xyz
pdb2reaction bond-summary -i R.xyz TS.xyz P.xyz
pdb2reaction bond-summary -i R.pdb IM1.pdb IM2.pdb P.pdb

説明¶

bond-summary は入力構造の連続ペアを比較し、形成または切断された結合を報告します。N 個の入力ファイルに対して N − 1 個の比較ブロック（A→B, B→C, …）を生成します。

結合認識は元素固有の共有結合半径とスケーリングファクターを使用します。距離はオングストローム（Å）で報告されます。

対応フォーマット: XYZ、PDB、GJF（拡張子から自動検出）。

オプション¶

オプション	説明	デフォルト
`-i, --input FILE`	入力構造ファイル（2つ以上必須）	—
`--device TEXT`	計算デバイス（`cpu`, `cuda`）	`cpu`
`--bond-factor FLOAT`	共有結合半径の和に対するスケーリングファクター	`1.20`
`--one-based / --zero-based`	出力の原子インデックス規約	`--one-based`
`--out-json / --no-out-json`	機械可読な JSON を標準出力へ出力（テキストレポートの代わり）。このサブコマンドは `result.json` ファイルを書き出しません（永続化したい場合は stdout をリダイレクトしてください）。このオプションは `pdb2reaction bond-summary --help` には表示されません（`--help-advanced` で確認できます）。スキーマは JSON 出力スキーマ → bond-summary を参照。	`False`

例¶

2構造の比較¶

pdb2reaction bond-summary -i 1.R.xyz 3.P.xyz

出力:

============================================================
  1.R.xyz  →  3.P.xyz
============================================================
Bond formed (2):
  - O14-H106 : 1.502 Å --> 1.011 Å
  - P95-O107 : 3.477 Å --> 1.523 Å
Bond broken (2):
  - P95-O97 : 1.585 Å --> 3.270 Å
  - H106-O107 : 1.034 Å --> 1.673 Å

多構造比較（反応経路）¶

pdb2reaction bond-summary -i 1.R.xyz 3.IM1.xyz 5.IM2.xyz 7.P.xyz

R→IM1, IM1→IM2, IM2→P の3つの比較ブロックが出力されます。

注意事項¶

すべての入力構造は同一の原子数と元素順序である必要があります。
結合検出は all ワークフローの IRC 端点検証で使用される内部 bond_changes モジュールと同じアルゴリズムを使用します。
境界的な結合（例: 金属配位 2.0–2.4 Å）の感度を調整するには、--bond-factor を大きくしてください（例: 1.30）。

Python API¶

結合変化検出関数は Python から直接利用できます:

from pdb2reaction.bond_changes import compare_structures, has_bond_change, summarize_changes

Function	Description
`compare_structures(geom1, geom2, device="cuda", bond_factor=1.20)`	Detect covalent bonds formed or broken between two pysisyphus geometries. Returns a `BondChangeResult` with `formed_covalent` and `broken_covalent` (sets of 0-based index pairs).
`has_bond_change(geom_start, geom_end, bond_cfg)`	Convenience wrapper: returns `(has_changes: bool, summary_text: str)`. `bond_cfg` accepts keys: `device`, `bond_factor`, `margin_fraction`, `delta_fraction`.
`summarize_changes(geom, result, one_based=True)`	Format bond changes as a text report with distances in Angstrom.

例¶

from pysisyphus.helpers import geom_loader
from pdb2reaction.bond_changes import has_bond_change

geom_r = geom_loader("R.xyz")
geom_p = geom_loader("P.xyz")

changed, summary = has_bond_change(geom_r, geom_p, {"device": "cpu", "bond_factor": 1.20})
if changed:
    print(summary)

bond-summary¶

書式¶

説明¶