出力ディレクトリのレイアウト

各コマンドが出力ディレクトリに書く主なファイルの名前と、デフォルトの出力ディレクトリ、all の中での置き場所を引くページです。各コマンドが書くファイルの一覧は、そのコマンドのページの「主な出力ファイル」にあります。

ファイル名の規約

ファイル名

書き出し元

用途

summary.json

all / path-search

集約ワークフローの JSON 結果（JSON 出力の一覧）。

summary.json

--out-json（デフォルト: --no-out-json）を指定した個別計算・レポートのコマンド

そのコマンドの result.json の写し。書き込みが正常に終われば同一内容です。fix-altloc、add-elem-info、bond-summary は書き出しません。

result.json

--out-json を指定した opt、tsopt、freq、irc、sp、scan / scan2d / scan3d、path-opt、dft、extract、trj2fig、energy-diagram

個別計算・レポートの JSON 結果。収束せずに終わった場合も書き出します。extract、trj2fig、energy-diagram は、最初の出力ファイルと同じ場所に書きます。

run.log

出力ディレクトリが作られた後の CLI / Colab 実行

シェルでそのまま使える形の実行コマンドと、コマンド実行中の標準出力・標準エラー。実行がどう終わったかを示す行も入り、その行は各コマンドのページにあります（例：opt の収束の判定）。ヘルプ、バージョン、dry-run の呼び出しと、出力ディレクトリを持たないコマンド（extract、fix-altloc、add-elem-info、bond-summary、trj2fig、energy-diagram）では生成しません。

summary.log

path-search、all

テキストの要約。ヘッダーに Scientific status があり、番号付きの節にセグメントごとの障壁と結合の変化、出力のツリーが入ります（all の実行結果の判定）。

final_geometry.xyz / final_geometry.pdb

opt、tsopt

最適化された構造で、次のコマンドに渡す構造です。最適化が収束しなかった場合も書きます。.xyz は常に書き、.pdb は PDB/mmCIF 入力のとき（Gaussian 入力では .gjf）に書きます。

mep_trj.pdb / mep_trj.cif / mep_trj.xyz

path-search

反応経路のフレーム。mmCIF・大きな PDB の入力でファイル変換が有効なときは .cif も書き出します。

final_geometries_trj.xyz / hei.xyz

path-opt

反応経路のフレーム（全イメージ）と最高エネルギーイメージ。入力の形式に応じ、ファイル変換が有効なときは .pdb / .cif / .gjf の写しも書き出します。

mep_plot.png / energy_diagram_MEP.png

path-search

最小エネルギー経路（MEP）のエネルギー。mep_plot.png は経路に沿った図、energy_diagram_MEP.png は状態エネルギー図です。この 2 つのうち、all はルートに energy_diagram_MEP.png だけを置きます。

finished_irc_trj.xyz / forward_irc_trj.xyz / backward_irc_trj.xyz

irc

IRC（固有反応座標）の軌跡（経路全体と各方向）。参照トポロジーがあれば .pdb の写し、mmCIF・大きな PDB の入力では .cif の写しも書き出します。

finished_first.xyz / finished_last.xyz

irc

2 つの分岐の端で、opt で最適化する端点の候補です。

frequencies_cm-1.txt

freq

振動モードの一覧。

*.pdb / *.cif / *.gjf

--convert-files（デフォルト。--no-convert-files で無効）を持つコマンドと extract

入力の形式に応じた出力の写しで、元の出力の横に書き出します。PDB/mmCIF 入力では PDB、mmCIF・大きな PDB の入力ではさらに元の chain ID・残基番号・挿入コードを保つ .cif、Gaussian 入力では GJF です。extract には変換の切り替えがなく、mmCIF・大きな PDB の入力では常に .cif を書き出します。

デフォルトの --out-dir

サブコマンド

デフォルトの --out-dir

all

./result_all/

opt

./result_opt/

tsopt

./result_tsopt/

freq

./result_freq/

irc

./result_irc/

dft

./result_dft/

scan

./result_scan/

scan2d

./result_scan2d/

scan3d

./result_scan3d/

path-opt

./result_path_opt/

path-search

./result_path_search/

sp

./result_sp/

extract

./（model.pdb を書き出し。入力が複数の場合は model_<input>.pdb）

ほかのディレクトリに書くには -o/--out-dir <path> を指定します。extract だけは -o/--output <file> に 1 つ以上のファイルパスを取ります。

単独実行と all の違い

単独実行では result_<subcmd>/ にファイルが並び、segments/ や _work/ はありません。all では、後処理の各段階が同じファイル構成で segments/seg_NN/ の下の ts/・irc/・freq/・dft/ に配置されます。

  • path-search / path-opt は配置が異なります。 all の中の MEP 探索は、デフォルトでは path-opt、--refine-path を付けると再帰的な path-search で行います。生の出力は _work/path_opt/ か _work/path_search/ に残り、mep_trj.* と energy_diagram_MEP.png だけがルートに置かれます。

下のツリーは主な項目だけで、すべてのファイルは all の主な出力ファイル にあります。

result_all/
├─ summary.log · summary.json                 # 実行の要約
├─ mep_trj.pdb · mep_trj.cif · mep_trj.xyz           # MEP座標
├─ mep_w_ref.{pdb,cif}                               # 確認用に MEP を全系の入力に重ねた構造（--write-ref-merge）
├─ energy_diagram_MEP.png · energy_diagram_*_all.png · irc_plot_all.png
├─ segments/
│  └─ seg_NN/                                  # 反応の 1 段: seg_01, seg_02, ...
│     ├─ reactant.{pdb,cif,xyz,gjf} · ts.* · product.* # 最適化した R・TS・P（--tsopt）
│     └─ ts/ · irc/ · freq/{R,TS,P}/ · dft/         # ステージ別の作業ファイル（--tsopt / --thermo / --dft）
└─ _work/                                      # 途中のファイル（TS 候補の HEI を含む）
   ├─ models/ · scan/ · add_elem_info/ · fix_altloc/
   └─ path_opt/                                # MEP 探索と hei_seg_NN.*（--refine-path のときは path_search/）

TS-only モードは、TS の候補 1 つに --tsopt を付け、-s/--scan-lists を付けない実行です。MEP ステージがないため、_work/path_opt/ は存在せず、成果物は segments/seg_01/ 下に置かれます。

使用上の注意点

  • 早い段階で止まった実行: 引数や入力の検査で止まった実行は、出力ディレクトリができる前に終わるため、上のファイルを 1 つも書かないことがあります。

  • --out-json なしの summary.json / result.json: 正常終了した個別計算のコマンドがこれらを書くのは、--out-json 指定時だけです。出力ディレクトリを用意した後に例外で実行が止まった場合は、フラグが無くても "execution_status": "failed" と "error_type" を含む両方を書き出します。

関連ドキュメント