mmCIF と大規模構造¶
pdb2reaction は PDB を受け付ける座標workflowで .cif / .mmcif も
受け付けます。複数文字chain ID、4桁を超える残基番号、5桁を超える
atom serial、または10,000残基以上のmodelではmmCIFを使用してください。
内部変換¶
計算coreはPDBのままです。入力時に、最初のcoordinate modelを読み、 残基単位でaltLocを解決し、一時的な1文字chainと1–9999の残基番号へ 再割当てします。元のauth chain、残基番号、挿入code、残基名、原子名、 occupancy、B-factor、元素、formal chargeは保持します。
10,000残基以上、99,999原子以上、hybrid-36、または認識可能な固定幅 overflowを持つPDBにも同じbridgeを使用します。内部PDBのIDは実装詳細で、 解析・報告には使用しないでください。
出力¶
--convert-files が有効（デフォルト）の場合、座標を生成するworkflowは
stage間で必要なPDBを保持し、元IDを復元したCIF companionも生成します。
--no-convert-files では companion 変換を行いません。
extract は例外で、conversion toggle を持たず、bridge input では retained-template CIF companion を自動出力します。
final_geometry.pdb # pipeline stage間で使う正規化表現
final_geometry.cif # 元のchain/residue identityを復元
multi-frame trajectoryは _atom_site.pdbx_PDB_model_num を使います。
source CIFの結晶学的refinement categoryは複製せず、計算座標に必要な
atom-site tableを出力します。
selector¶
# LONG_CHAIN内のSAMをすべて選択
pdb2reaction extract -i complex.cif -c 'LONG_CHAIN:SAM' -o model.pdb
# 残基番号10001のSAMだけを選択
pdb2reaction extract -i complex.cif -c 'LONG_CHAIN:SAM:10001' -o model.pdb
# chainと残基番号だけでも指定可能
pdb2reaction extract -i complex.cif -c 'LONG_CHAIN:10001' -o model.pdb
CHAIN:RESNAME はそのchain内の全matchを選び、複数match時に警告します。
1残基だけを意図する場合は :RESSEQ を追加します。scan原子selectorは
CHAIN:RESNAME:RESSEQ[ICODE]:ATOM の4fieldでchainを指定できます。挿入codeが必要な場合は
残基番号に続けます（例: A:SAM:12B:C1）。chain IDは大文字・小文字を
区別します（A と a は別chainとして扱われます）。
制約¶
内部bridgeは最大619,938残基。
R/IM/P入力のatom identity/order一致は引き続き必須。format変換はatom mappingを推定しません。
入力は最初のcoordinate modelのみ計算します。
fix-altloc/add-elem-infoはPDB utilityです。mmCIFのaltLocとtype_symbolは変換時に処理します。