energy-diagram

概要

要約: 数値エネルギーだけを入力として状態エネルギーダイアグラムを描画します（構造ファイル不要、ML/MM 計算なし）。

mlmm energy-diagram は指定された数値のみを可視化します。PDB/XYZ 構造ファイルの読み込みは行わず、熱化学計算（--thermo）や DFT 計算（--dft）のステップも実行しません。

最小例

mlmm energy-diagram -i 0 12.5 4.3 -o energy.png

出力の見方

  • OUTPUT.(png|jpg|jpeg|svg|pdf) – 描画されたエネルギーダイアグラム画像

よくある例

  1. リスト文字列で入力。

mlmm energy-diagram -i "[-205.1, -190.4, -198.7]" -o energy.png

  1. X/Y ラベルを指定。

mlmm energy-diagram -i 0 12.5 4.3 --label-x R TS P --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

ワークフロー

  1. -i/--input から値を収集します（繰り返し指定、1 フラグ後の複数値、リスト文字列に対応）。

  2. 全値を float として解釈し、2 点未満なら早期にエラーを返します。

  3. 任意の --label-x を解釈します。未指定時は S1, S2,… を自動生成します。

  4. --label-x の個数と値の個数の一致を検証し、図を描画します。

  5. -o/--output に画像を保存し、保存先パスを表示します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input TEXT...

数値入力（複数引数またはリスト形式文字列）

必須

-o, --output PATH

出力画像パス（.png/.jpg/.jpeg/.svg/.pdf）

energy_diagram.png

--label-x TEXT...

X 軸状態ラベル（入力値と同じ個数が必要）

S1, S2,...

--label-y TEXT

Y 軸ラベル

ΔE (kcal/mol)

関連項目