oniom-import

概要

要約: Gaussian/ORCA の ONIOM 入力ファイルを読み込み、XYZ と B-factor 層付き PDB を再構築します。

最小例

mlmm oniom-import -i ts_guess.inp -o ts_guess_imported

出力の見方

  • <out_prefix>.xyz が生成され、原子数が元 ONIOM 入力と一致する。

  • <out_prefix>_layered.pdb が生成され、B-factor が 0/10/20 で層を表す。

  • ログに mode、原子数、QM/Movable/Frozen の件数が表示される。

よくある例

# 拡張子からモード自動判定（.gjf/.com -> g16, .inp -> orca）
mlmm oniom-import -i model.gjf -o model_imported

# モードを明示
mlmm oniom-import -i model.inp --mode orca -o model_imported

# 参照 PDB の命名/残基情報を保持（原子数一致が必要）
mlmm oniom-import -i model.inp --ref-pdb complex_layered.pdb -o model_imported

使用法

mlmm oniom-import -i INPUT.[gjf|com|inp] [--mode g16|orca] \
  [-o OUT_PREFIX] [--ref-pdb REF.pdb]

ワークフロー

  1. --mode または入力拡張子からインポートモードを決定します。

  2. 座標と層情報を解析します。

  • Gaussian モード: ONIOM 座標行（H/L レイヤー）を使用。

  • ORCA モード: %qmmm（QMAtoms/ActiveAtoms）と * xyz ブロックを使用。

  1. <out_prefix>.xyz を出力します。

  2. <out_prefix>_layered.pdb を出力します。

  • --ref-pdb 未指定: 汎用的な原子/残基名で生成。

  • --ref-pdb 指定: 命名/残基メタデータを保持しつつ座標/B-factor を更新。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input FILE

入力 ONIOM ファイル（g16: .gjf/.com, ORCA: .inp）。

必須

`–mode [g16

orca]`

入力モード。未指定時は拡張子から推定。

-o, --out-prefix PATH

出力プレフィックス。

カレントディレクトリ上の入力 stem

--ref-pdb FILE

原子名/残基メタデータ保持用の参照 PDB（原子数一致必須）。

None

出力

<out_prefix>.xyz
<out_prefix>_layered.pdb

関連項目