クイックスタート: mlmm all

目的

2 つの完全系 PDB から、end-to-endのワークフローを 1 回実行します。

最小コマンド

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c 'SAM,GPP' -l 'SAM:1,GPP:-3' --out-dir ./result_all

後処理（TS 最適化、熱化学、DFT）まで同時に実行する場合:

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c 'SAM,GPP' -l 'SAM:1,GPP:-3' \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir ./result_all

まず確認する出力

  • result_all/summary.log

  • result_all/summary.yaml

  • result_all/path_search/mep.pdb（または result_all/path_search/seg_*/）

補足

  • --dry-run（--help-advanced に表示）で引数と実行計画を確認できます。

  • mlmm all --help は主要オプション、mlmm all --help-advanced は --dry-run 等を含む全オプションを表示します。

  • 別の MLIP バックエンドを使用するには、-b orb（または mace、aimnet2）を追加します。デフォルトは uma です。

  • --embedcharge を追加すると、MM 環境から ML 領域への静電影響を考慮する xTB ポイントチャージ埋め込み補正が有効になります。

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