trj2fig

概要

要約: XYZ 軌跡のコメント行からエネルギーを抽出（または UMA で再計算）し、相対または絶対エネルギープロファイルを計算して Plotly 図と CSV テーブルとしてエクスポートします。

クイックリファレンス

  • 入力: 2 行目に Hartree エネルギーが格納された XYZ 軌跡、または -q/--charge や -m/--multiplicity でエネルギーを再計算。

  • 基準モード: 最初のフレーム（init）、基準なし（None）、または明示的な 0 始まりフレームインデックス。

  • 出力形式: PNG（デフォルト）、JPEG、HTML、SVG、PDF、CSV。

  • 単位: kcal/mol（デフォルト）または Hartree。

  • X 軸反転: --reverse-x で軸を反転し、最後のフレームが左側に表示されます。

使用法

mlmm trj2fig -i TRAJECTORY.xyz [-o OUTPUTS...] [-r REFERENCE] [--unit {kcal|hartree}] \
 [-q CHARGE] [-m MULTIPLICITY] [--reverse-x]

例

# デフォルト PNG、最初のフレームを基準とした相対エネルギー
mlmm trj2fig -i traj.xyz

# 基準フレーム #5 の CSV + SVG、Hartree で報告
mlmm trj2fig -i traj.xyz -o energy.csv energy.svg -r 5 --unit hartree

# X 軸反転付きの複数出力を一度に生成
mlmm trj2fig -i traj.xyz -o energy.png energy.html energy.pdf --reverse-x

ワークフロー

  1. XYZ 軌跡を解析します。デフォルトでは各フレームのコメント行から Hartree エネルギーを抽出します。-q/--charge または -m/--multiplicity が指定された場合は UMA（uma-s-1p1）で再計算します。

  2. 基準仕様を正規化します:

  • init – フレーム 0（--reverse-x が有効な場合は最後のフレーム）。

  • None/none/null – 絶対エネルギー（基準なし）。

  • 整数リテラル – 対応する 0 始まりフレームインデックス。

  1. エネルギーを kcal/mol（デフォルト）または Hartree に変換し、基準が有効な場合は基準値を減算して delta-E を生成します。

  2. Plotly 図（太字目盛り、スプライン補間、マーカー、タイトルなし）を構築し、要求されたすべての拡張子にエクスポートします。

  3. 任意で frame、energy_hartree、および要求された単位の適切な delta-E または絶対 E カラムを含む CSV テーブルを出力します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

2 行目にエネルギーが格納された XYZ 軌跡。

必須

-o, --out PATH

繰り返し可能な出力ファイル名。.png、.jpg/.jpeg、.html、.svg、.pdf、.csv をサポート。

energy.png

追加引数

オプション後に列挙された位置ファイル名。-o リストとマージ。

None

--unit {kcal,hartree}

プロット/エクスポートされる値のターゲット単位。

kcal

-r, --reference TEXT

基準仕様（init、None、または 0 始まり整数）。

init

-q, --charge INT

UMA 再計算に使う総電荷。指定時に再計算を実行。

None

-m, --multiplicity INT

UMA 再計算に使うスピン多重度 (2S+1)。指定時に再計算を実行。

None

--reverse-x/--no-reverse-x

X 軸を反転し、最後のフレームが左側に表示されます（init は最後のフレームになります）。

False

出力

<output>.[png|jpg|jpeg|html|svg|pdf] # 要求された拡張子ごとの Plotly エクスポート（デフォルトは energy.png）
<output>.csv # CSV 要求時のオプションエネルギーテーブル

  • -o も位置出力も提供されない場合、カレントディレクトリに energy.png が 1 つ書き出されます。

  • CSV エクスポートには frame、energy_hartree、および delta-E カラム（delta_kcal/delta_hartree）または絶対カラム（基準適用なし時の energy_kcal/energy_hartree）が含まれます。

  • PNG は高解像度のため scale=2 で Plotly の PNG エクスポートを使用します。

関連項目