energy-diagram

数値エネルギーだけを入力として状態エネルギーダイアグラムを描画します（構造ファイル不要、ML/MM 計算なし）。既にエネルギー値が手元にあり、構造ベースの ML/MM 計算が不要なときに使います。mlmm energy-diagram は与えられた数値を可視化するだけで、PDB/XYZ 構造を読み込まず、熱化学（--thermo）や DFT（--dft）の処理も実行しません。

実行例

相対エネルギーをリスト形式文字列で指定:

mlmm energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" -o energy.png

絶対エネルギー（任意の数値）:

mlmm energy-diagram -i "[-205.1, -190.4, -198.7]" -o energy.png

-i フラグの繰り返しで値を指定:

mlmm energy-diagram -i 0 -i 12.5 -i 4.3 -o energy.png

X 軸の状態ラベルと Y 軸ラベルを指定:

mlmm energy-diagram -i "[0, 12.5, 4.3]" --label-x R TS P --label-y "ΔE (kcal/mol)" -o energy.png

処理の流れ

  1. -i/--input から値を収集します（繰り返し指定、1 フラグ後の複数値、リスト文字列に対応）。

  2. 全値を float として解釈し、2 点未満の場合は即座にエラーを返します。

  3. 任意の --label-x を解釈します。未指定時は S1, S2,… を自動生成します。

  4. --label-x の個数と値の個数の一致を検証し、図を描画します。

  5. -o/--output に画像を保存し、保存先パスを表示します。

出力

  • OUTPUT.(png|jpg|jpeg|svg|pdf) – 描画されたエネルギーダイアグラム画像

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input TEXT...

数値入力（複数引数またはリスト形式文字列）。最低 2 点が必要。

必須

-o, --output PATH

出力画像パス（.png/.jpg/.jpeg/.svg/.pdf）

energy_diagram.png

--label-x TEXT...

X 軸状態ラベル（入力値と同じ個数が必要）

S1, S2,...

--label-y TEXT

Y 軸ラベル

ΔE (kcal/mol)

--out-json / --no-out-json

出力画像の隣に機械可読の result.json を書き出します。

--no-out-json

すべてのフラグの一覧は生成されたコマンドリファレンスを参照してください。

関連項目