Gaussian ONIOM モード（oniom-export --mode g16）

Amber parm7 トポロジーを用いて、ML/MM システムを Gaussian ONIOM（.com/.gjf）入力へエクスポートします。oniom-export の Gaussian 向け詳細ページです。--parm からトポロジー情報（ParmEd 経由）を読み、必要に応じて -i/--input の座標を使い、method・レイヤー・結合情報を含む Gaussian ONIOM 入力ファイルを書き出します。エクスポート全体像や Gaussian/ORCA モードの選択は oniom-export を参照してください。

実行例

電荷・多重度を明示した最小構成のエクスポート:

mlmm oniom-export --mode g16 --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.com -q 0 -m 1

# メソッドを明示して出力。
mlmm oniom-export --mode g16 --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.com --method "wB97XD/def2-TZVPD"

# 元素順チェックを無効化。
mlmm oniom-export --mode g16 --parm real.parm7 -i pocket.xyz --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.gjf --no-element-check

# 実行環境パラメータを調整。
mlmm oniom-export --mode g16 --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.com --nproc 16 --mem 32GB --near 5.0

処理の流れ

  1. parm7 から原子・結合・電荷情報を取得。

  2. -i/--input がある場合は読み込み、--element-check で元素順を検証。

  3. --model-pdb がある場合は QM 領域をマッピング。

  4. QM/MM 境界を検出し、リンク原子情報を付与。

  5. %nprocshared/%mem/method/座標/レイヤー/結合情報を含む入力を生成。

出力

  • system.com または system.gjf

  • コンソールに QM 原子数や境界処理の要約

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

--parm PATH

Amber parm7 トポロジー。

必須

-i, --input PATH

座標ファイル（PDB/XYZ）。原子順は parm7 と一致必須。

None

--element-check / --no-element-check

入力と parm7 の元素順を検証。

True

--model-pdb PATH

QM 領域原子を定義する PDB。

None

-o, --output PATH

出力 Gaussian 入力（.com/.gjf）。

必須

--method TEXT

QM メソッド/基底。

wB97XD/def2-TZVPD

-q, --charge INT

QM 領域電荷。

必須

-m, --multiplicity INT

QM 領域多重度。

1

--near FLOAT

可動 MM 原子を決める距離カットオフ (Å)。

6.0

--nproc INT

使用コア数。

8

--mem TEXT

メモリ指定。

16GB

関連項目