クイックスタート: mlmm all

目的

2 つの完全系 PDB から、一気通貫のワークフローを 1 回実行します。

最小コマンド

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c 'SAM,GPP' -l 'SAM:1,GPP:-3' --out-dir ./result_all

後処理（TS 最適化、熱化学、DFT）まで同時に実行する場合:

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c 'SAM,GPP' -l 'SAM:1,GPP:-3' \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir ./result_all

まず確認する出力

  • result_all/summary.log

  • result_all/summary.json

  • result_all/mep.pdb（ルートに移動）と生出力 result_all/_work/path_opt/（--refine-path 時は _work/path_search/）

補足

  • --dry-run で引数と実行計画を確認してから実行できます。

  • mlmm all --help は主要オプション、mlmm all --help-advanced は詳細オプションも含めた全オプションを表示します。

  • 別の MLIP バックエンドを使用するには、-b orb（または mace、aimnet2）を追加します。デフォルトは uma です。

  • --embedcharge を追加すると、MM 環境から ML 領域への静電影響を考慮する xTB 点電荷埋め込み補正が有効になります。

次のステップ