oniom-export

Amber トポロジーを持つ ML/MM 系を、外部 QM/MM 入力ファイル（Gaussian ONIOM = --mode g16、または ORCA QM/MM = --mode orca）へエクスポートします。mlmm oniom-export は Amber parm7 トポロジーと座標ファイル、ML 領域（QM 領域）定義を読み込み、そのまま実行できる入力ファイルを 1 つ書き出します。QM 領域は --model-pdb で指定し、周囲の MM 環境は対象プログラムのネイティブ形式で、QM/MM 切断面にリンク原子注釈を付けて出力します。

実行例

# Gaussian ONIOM 入力
mlmm oniom-export --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml.pdb \
 -o out.gjf --mode g16 -q 0 -m 1

# ORCA QM/MM 入力（.inp 拡張子からモード推定）
mlmm oniom-export --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml.pdb \
 -o out.inp -q 0 -m 1

# メソッド/基底とリソースを指定した Gaussian 入力
mlmm oniom-export --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml.pdb \
 -o out.gjf --mode g16 --method 'wb97xd/def2-svp' --nproc 16 --mem 32GB -q 0 -m 1

処理の流れ

  1. トポロジー + 座標 – parm7 と -i 座標ファイルを読み込みます（原子順序はトポロジーと一致が必須。--element-check が元素配列を検証）。

  2. QM 領域 – --model-pdb で QM（ML 領域）原子を定義し、--near で可動/活性 MM のカットオフ（Å）を設定します。

  3. リンク原子 – 切断された QM/MM 結合ごとに配置されます。--link-atom-method scaled（デフォルト）は Morokuma/Dapprich の g-factor（MLMMCore ランタイムと一致）、fixed は固定 1.09/1.01 Å を使用します。

  4. 書き出し – -o に対象形式の入力ファイルを出力します。ORCA モードでは ORCAFF.prms のパスを特定します（--convert-orcaff が有効なら Amber から orca_mm -convff -AMBER で自動変換）。

出力

  • <output>.{gjf,com}（g16）または <output>.inp（ORCA） – QM/MM 入力ファイル

  • ORCA モードでは出力ディレクトリの <parm7_stem>.ORCAFF.prms（力場パラメータ）も読み込み/生成します

CLI オプション

全フラグの一覧は生成済みのコマンドリファレンスにあります。以下の表は説明が必要なオプションを扱います。

オプション

説明

デフォルト

--parm FILE

Amber parm7 トポロジーファイル

必須

-i, --input FILE

現在構造の座標ファイル（.pdb / .xyz）

None

--model-pdb FILE

QM 領域原子を定義する PDB

None

-o, --output FILE

出力ファイルパス（g16 は .gjf / .com、ORCA は .inp）

必須

--mode [g16|orca]

エクスポートモード。未指定時は -o 拡張子から推定

推定

--method TEXT

QM メソッドと基底関数

モード依存

-q, --charge INT

QM 領域の電荷

必須

-m, --multiplicity INT

QM 領域の多重度

1

--near FLOAT

可動/活性 MM 原子の距離カットオフ（Å）

6.0

--nproc INT

プロセッサ数

8

--mem TEXT

メモリ割り当て（g16 モード）

16GB

--total-charge INT / --total-mult INT

全 QM+MM 系の総電荷/総多重度（ORCA Charge_Total / Mult_Total）

None

--orcaff PATH

ORCAFF.prms のパス（ORCA モード）。未指定時は出力ディレクトリに生成

None

--convert-orcaff / --no-convert-orcaff

ORCAFF.prms 欠損時に orca_mm -convff -AMBER で自動変換（ORCA モード）

True

--element-check / --no-element-check

--input の元素配列を parm7 トポロジーと照合

True

--link-atom-method [scaled|fixed]

リンク H 配置: scaled（g-factor、ランタイム一致）または fixed（1.09/1.01 Å）

scaled

mlmm oniom-export --help はコアオプション、mlmm oniom-export --help-advanced は全オプションを表示します。

注記

  • モード選択: --mode が最優先です。--mode 未指定時は -o から推定します。

    • .gjf / .com -> g16

    • .inp -> orca

  • --mode 未指定かつ -o が未知拡張子の場合はエラーになります。

関連項目