oniom-import

Gaussian/ORCA の ONIOM 入力ファイルを読み込み、XYZ と B-factor 層付き PDB のペアとして再構築することで、外部で用意した ONIOM 入力を ML/MM ツールチェーンに戻します。XYZ のコメント行に QM 領域の電荷と多重度（q=<charge> m=<multiplicity>）を記録し、層付き PDB は ML/Movable-MM/Frozen-MM 層を B-factor 列にエンコードします。インポートモードは --mode または入力拡張子から決定します。--ref-pdb を渡すと、層付き構造を再構築する際に参照 PDB から原子/残基メタデータを復元します。

実行例

mlmm oniom-import -i ts_guess.inp -o ts_guess_imported

拡張子からモード自動判定（.gjf/.com -> g16, .inp -> orca）:

mlmm oniom-import -i model.gjf -o model_imported

モードを明示:

mlmm oniom-import -i model.inp --mode orca -o model_imported

参照 PDB の命名/残基情報を保持（原子数一致が必要）:

mlmm oniom-import -i model.inp --ref-pdb complex_layered.pdb -o model_imported

処理の流れ

  1. --mode または入力拡張子からインポートモードを決定します。

  2. 座標と層情報を解析します。

  • Gaussian モード: ONIOM 座標行（H/L の層マーカー）を使用。

  • ORCA モード: %qmmm（QMAtoms/ActiveAtoms）と * xyz ブロックを使用。

  1. QM 領域の電荷と多重度を解析し（Gaussian: ONIOM の電荷/多重度行、すなわち整数6個の行。ORCA: * xyz <charge> <mult> ヘッダ）、XYZ のコメント行に q=<charge> m=<multiplicity> として出力します。

  2. <out_prefix>.xyz を出力します。

  3. <out_prefix>_layered.pdb を出力します。

  • --ref-pdb 未指定: 汎用的な原子/残基名で生成。

  • --ref-pdb 指定: 命名/残基メタデータを保持しつつ座標/B-factor を更新。

出力

<out_prefix>.xyz
<out_prefix>_layered.pdb

  • <out_prefix>.xyz が生成され、原子数が元 ONIOM 入力と一致する。

  • <out_prefix>_layered.pdb が生成され、B-factor が 0/10/20 で層を表す。

  • ログに mode、原子数、QM/Movable/Frozen の件数が表示される。

CLI オプション

コマンド形式:

mlmm oniom-import -i INPUT.[gjf|com|inp] [--mode g16|orca] \
  [-o OUT_PREFIX] [--ref-pdb REF.pdb]

オプション

説明

デフォルト

-i, --input FILE

入力 ONIOM ファイル（g16: .gjf/.com, ORCA: .inp）。

必須

`–mode [g16

orca]`

入力モード。未指定時は拡張子から推定。

-o, --out-prefix PATH

出力プレフィックス。

カレントディレクトリ上の入力 stem

--ref-pdb FILE

原子名/残基メタデータ保持用の参照 PDB（原子数一致必須）。

None

高度なオプションを含む全フラグ一覧は、生成されるコマンドリファレンスを参照してください。

関連項目