クイックスタート: mlmm tsopt

目的

TS 候補を最適化し、一次鞍点（first-order saddle point）であることを確認します。

事前に必要なファイル

  • TS 候補構造: ts_guess.pdb

  • MM トポロジー: real.parm7

  • ML 領域定義: ml_region.pdb

1. TS 最適化

mlmm tsopt -i ts_guess.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -m 1 --out-dir ./result_tsopt

tsopt は最適化の最後に自動で Hessian 行列（Hessian）の計算と虚振動数の確認を実行します。ターミナル出力で以下のような行を確認してください。

[Imaginary modes] n=1 ([-593.1])

出力の検証

  • result_tsopt/final_geometry.pdb — 最適化済み TS 構造

  • result_tsopt/vib/ — 虚振動モード（変位ベクトル）の軌跡（imag_*_trj.xyz, .pdb）

  • ターミナル出力: 一次鞍点の認定には虚振動が n=1 であることが必要です。モード変位と IRC 接続性も確認してください。虚振動が複数残る場合は --flatten の適用を検討してください

2.（任意）個別の振動解析

全振動モードの一覧や熱化学補正（零点エネルギー (ZPE)、ギブズ自由エネルギーなど; all コマンドの --thermo に相当）が必要な場合は、別途 freq を実行してください。虚振動数の確認だけであれば、上記の tsopt の出力で十分です。

mlmm freq -i ./result_tsopt/final_geometry.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -m 1 --out-dir ./result_freq

補足

  • 代表的な対象系の pilot で Analytical と FiniteDifference の runtime と memory を比較してください。

  • 別の MLIP バックエンドを使用するには -b orb（または mace、aimnet2）を追加します。デフォルトは uma です。

  • 全オプションは mlmm tsopt --help-advanced と mlmm freq --help-advanced を参照してください。

次の導線

  • 反応経路追跡は irc、一括実行は all を参照してください。