出力ディレクトリのレイアウト

各コマンドが出力ディレクトリに書く主なファイルの名前と、デフォルトの出力ディレクトリ、all の中での置き場所を引くページです。各コマンドが書くファイルの一覧は、そのコマンドのページの「主な出力ファイル」の節にあります。

ファイル名の規約

ファイル名	書き出し元	用途
summary.json	all / path-search	集約ワークフローの JSON 結果（JSON 出力の一覧）。
summary.json	--out-json（デフォルト: --no-out-json）を指定した個別計算・レポートのコマンド	そのコマンドの result.json の写し。書き込みが正常に終われば同一内容です。mm-parm、define-layer、fix-altloc、add-elem-info、bond-summary、oniom-export、oniom-import は書き出しません。
result.json	--out-json を指定した opt、tsopt、freq、irc、sp、scan / scan2d / scan3d、path-opt、dft、extract、trj2fig、energy-diagram	個別計算・レポートの JSON 結果。収束せずに終わった場合も書き出します。extract、trj2fig、energy-diagram は、最初の出力ファイルと同じ場所に書きます。
run.log	出力ディレクトリが作られた後の CLI / Colab 実行	シェルでそのまま使える形の実行コマンドと、コマンド実行中の標準出力・標準エラー。実行がどう終わったかを示す行も入り、その行は各コマンドのページにあります（例：opt の収束の判定）。ヘルプ、バージョン、dry-run の呼び出しと、出力ディレクトリを持たないコマンド（extract、mm-parm、define-layer、add-elem-info、fix-altloc、bond-summary、trj2fig、energy-diagram、oniom-export、oniom-import）では生成しません。
summary.log	path-search、all	テキストの要約。ヘッダーに Scientific status があり、番号付きの節にセグメントごとの障壁と結合の変化、出力のツリーが入ります（all の実行結果の判定）。
final_geometry.xyz / final_geometry.pdb	opt、tsopt	最適化された構造で、次のコマンドに渡す構造です。最適化が収束しなかった場合も書きます。.xyz は常に書き、.pdb は PDB/mmCIF 入力のときに書き、B-factor に層を持ちます。
mep_trj.pdb / mep_trj.cif / mep_trj.xyz	path-search	反応経路のフレーム。mmCIF・大きな PDB の入力でファイル変換が有効なときは .cif も書き出します。
final_geometries_trj.xyz / hei.xyz	path-opt	反応経路のフレーム（全イメージ）と最高エネルギーイメージ（HEI）。ファイル変換が有効なときは .pdb の写し（final_geometries.pdb、hei.pdb）と、mmCIF・大きな PDB の入力では .cif の写しも書き出します。
mep_plot.png / energy_diagram_MEP.png	path-search	最小エネルギー経路（MEP）のエネルギー。mep_plot.png は経路に沿った図、energy_diagram_MEP.png は状態エネルギー図です。all はこの 2 つをルートに置きます。
finished_irc_trj.xyz / forward_irc_trj.xyz / backward_irc_trj.xyz	irc	IRC（固有反応座標）の軌跡（経路全体と各方向）。参照トポロジーがあれば .pdb の写し、mmCIF・大きな PDB の入力では .cif の写しも書き出します。
forward_first.xyz / backward_last.xyz	irc	2 つの分岐の端で、opt で最適化する端点の候補です。
frequencies_cm-1.txt	freq	振動モードの一覧。
ml_region_without_linkH.xyz / ml_region_with_linkH.xyz	dft	DFT 計算が見る ML 領域の、リンク水素を付ける前と後の構造。PDB 入力では .pdb の写しも書きます。all の中では各 segments/seg_NN/dft/{R,TS,P}/ にあります。
*.pdb / *.cif	--convert-files（デフォルト。--no-convert-files で無効）を持つコマンドと extract	入力の形式に応じた出力の写しで、元の出力の横に書き出します。PDB/mmCIF 入力では PDB、mmCIF・大きな PDB の入力ではさらに元の chain ID・残基番号・挿入コードを保つ .cif です。複数フレームの軌跡は複数モデルの CIF になります。extract には変換の切り替えがなく、mmCIF・大きな PDB の入力では常に .cif を書き出します。

デフォルトの --out-dir

サブコマンド	デフォルトの --out-dir
all	./result_all/
opt	./result_opt/
tsopt	./result_tsopt/
freq	./result_freq/
irc	./result_irc/
dft	./result_dft/
scan	./result_scan/
scan2d	./result_scan2d/
scan3d	./result_scan3d/
path-opt	./result_path_opt/
path-search	./result_path_search/
sp	./result_sp/
extract	./（pocket.pdb を書き出し。入力が複数の場合は pocket_<input>.pdb）
mm-parm	./（<prefix>.parm7 と <prefix>.rst7 を書き出し。接頭辞のデフォルトは入力ファイル名から .pdb を除いたもの）
define-layer	入力ファイルと同じディレクトリ（<input>_layered.pdb を書き出し）

ほかのディレクトリに書くには -o/--out-dir <path> を指定します。準備のコマンドはファイルパスを取ります：extract は -o/--output <file> に 1 つ以上のパス、mm-parm は -o/--out-prefix <prefix>、define-layer は -o/--output <file> です。

単独実行と all の比較

単独実行では result_<subcmd>/ にファイルが並び、segments/ や _work/ はありません。all では、後処理の各段階が同じファイル構成で segments/seg_NN/ の下の ts/・irc/・freq/・dft/ に配置されます。

• path-search / path-opt は配置が異なります。 単独で実行すると、上の表のファイルを result_path_search/ か result_path_opt/ に書きます。all の中の MEP 探索は、デフォルトでは path-opt、--refine-path を付けると再帰的な path-search で行います。生の出力は _work/path_opt/ か _work/path_search/ に残り、MEP のファイル（mep_trj.*、mep_plot.png、energy_diagram_MEP.png）だけがルートに移されます。

all のツリーは、ルートの成果物・segments/・_work/ の 3 つに分かれます。下のツリーは主な項目だけで、seg_NN/ の中を含むすべてのファイルとエネルギー図の名前は all の主な出力ファイル にあります。

result_all/
├─ summary.log · summary.json                        # 実行の要約
├─ mep_trj.pdb · mep_trj.cif · mep_trj.xyz           # MEP 座標
├─ mep_plot.png · energy_diagram_MEP.png · energy_diagram_*_all.png · irc_plot_all.png
├─ ml_region.pdb                                     # ML 領域（--model-pdb で再利用できる）
├─ mm_parm/                                          # Amber トポロジー <input>.parm7 / .rst7（--parm7 で再利用できる）
├─ layered/                                          # B-factor に層を書いた全系の構造
├─ segments/
│  └─ seg_NN/                                        # 反応の 1 段: seg_01, seg_02, ...
│     ├─ reactant.{pdb,cif,xyz} · ts.* · product.*   # 最適化した R・TS・P（--tsopt）
│     └─ ts/ · irc/ · endpoint_opt/ · freq/{R,TS,P}/ · dft/{R,TS,P}/  # ステージ別の作業ファイル（--tsopt / --thermo / --dft）
└─ _work/                                            # 途中のファイル（TS 候補の HEI を含む）
   ├─ pockets/ · scan/
   └─ path_opt/                                      # MEP 探索と hei_seg_NN.*（--refine-path のときは path_search/）

TS-only モード（遷移状態の候補を 1 つだけ入力し、-s/--scan-lists なしで --tsopt を付けた実行）では MEP ステージがないため、_work/path_opt/ は存在せず、成果物は segments/seg_01/ 下に置かれます。

使用上の注意点

• 早い段階で止まった実行: 引数や入力の検査で止まった実行は、出力ディレクトリができる前に終わるため、上のファイルを 1 つも書かないことがあります。

• --out-json なしの summary.json / result.json: 正常終了した個別計算のコマンドがこれらを書くのは、--out-json 指定時だけです。出力ディレクトリを用意した後に例外で実行が止まった場合は、フラグが無くても "execution_status": "failed" と "error_type" を含む両方を書き出します。

• all の --no-convert-files: --tsopt・--thermo・--dft と一緒には使えません。

関連ドキュメント

• all — result_all/ のツリー全体とエネルギー図

• JSON 出力の一覧 — summary.json と result.json のキー、Python と jq の例

• 共通オプションと残基・原子の指定 — --out-dir、--convert-files、終了コード

• トラブルシューティング — よくあるエラーと対処法