define-layer

mlmm define-layer は、酵素系を ML 領域の周囲に 3 つのレイヤーに分割し、割り当てを PDB の B 因子として書き出します。ML 領域はモデル PDB、明示的な原子インデックス、またはその組み合わせで指定できます。単一構造最適化や一気通貫実行の前に、全系 PDB に対して 3 層 ML/MM システムを定義するために使用します。

3 つのレイヤーと B 因子エンコーディング:

レイヤー

名前

B 因子

説明

1

ML

0.0

ML 領域の原子

2

Movable-MM

10.0

--radius-freeze 以内の MM 原子/残基

3

Frozen

20.0

--radius-freeze より遠い MM 原子/残基

レイヤー割り当て戦略:

  • ML 原子を含まない残基: 残基全体が、いずれかの ML 原子と残基内のいずれかの原子との最小距離に基づいて単一のレイヤーに割り当てられます。

  • ML 原子を含む残基: 同じ残基内の非 ML 原子は距離に基づいて個別に分類されます。

実行例

コマンド形式（--model-pdb と --model-indices の少なくとも一方を指定）:

mlmm define-layer -i INPUT.pdb (--model-pdb PDB | --model-indices TEXT) [options]

モデル PDB から ML 領域を定義。

mlmm define-layer -i system.pdb --model-pdb ml_region.pdb -o labeled.pdb

明示的な原子インデックスを使用（デフォルトは 1 始まり。この例では --zero-based を使用）。

mlmm define-layer -i system.pdb --model-indices "0,1,2,3,4" --zero-based -o labeled.pdb

カスタム半径でカットオフを変更。

mlmm define-layer -i system.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 --radius-freeze 10.0 -o labeled.pdb

処理の流れ

  1. ML 領域の同定 – ML 領域は --model-pdb（入力 PDB との原子マッチング）または --model-indices（明示的な原子インデックス）で定義されます。--model-indices が指定された場合、--model-pdb より優先されます。

  2. 距離計算 – 各非 ML 原子（または残基）について、任意の ML 原子からの最小距離を計算します。

  3. レイヤー割り当て – 非 ML 原子/残基は --radius-freeze に基づいて Movable-MM または Frozen に割り当てられます。

  4. 出力 – 出力 PDB の B 因子がレイヤー値（0、10、20）に設定されます。レイヤー割り当てのサマリーがコンソールに出力されます。

出力

  • <output>.pdb – B 因子が 0 / 10 / 20 に設定された PDB

  • コンソールにレイヤー割り当てと原子数のサマリーテーブル

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

全系を含む入力 PDB ファイル。

必須

--model-pdb PATH

ML 領域の原子を定義する PDB ファイル。

None

--model-indices TEXT

ML 領域のカンマ区切り原子インデックス（例: "1,2,3,4" または "1-10,15,20-25"）。--model-pdb より優先。

None

--radius-partial-hessian FLOAT

3 層モードでは非推奨（無視されます）。

0.0

--radius-freeze FLOAT

ML 領域からの Movable-MM の距離カットオフ (Å)。これを超える原子は Frozen。

8.0

-o, --output PATH

B 因子がレイヤー値に設定された出力 PDB ファイル。

<input>_layered.pdb

--one-based / --zero-based

--model-indices を 1 始まりまたは 0 始まりとして解釈。

True（1 始まり）

すべてのフラグの一覧は、生成されるコマンドリファレンスに記載されています。

関連項目