bond-summary¶

連続する分子構造間の共有結合の変化を検出・レポートします。

書式¶

mlmm bond-summary -i R.xyz -i P.xyz
mlmm bond-summary -i R.xyz -i TS.xyz -i P.xyz
mlmm bond-summary -i R.pdb -i IM1.pdb -i IM2.pdb -i P.pdb

説明¶

bond-summary は連続する入力構造のペアを比較し、生成または切断された結合をレポートします。N 個の入力ファイルに対して N - 1 個の比較ブロック（A->B, B->C, …）を出力します。

結合の認識には元素ごとの共有結合半径と設定可能な許容値を使用します。距離はオングストローム単位で表示されます。

対応フォーマット: XYZ, PDB, GJF（拡張子で自動検出）。

オプション¶

オプション	説明	デフォルト
`-i, --input FILE`	入力構造ファイル（各ファイルごとに繰り返し指定、2 個以上必須）	–
`--device TEXT`	計算デバイス（`cpu`, `cuda`）	`cpu`
`--bond-factor FLOAT`	共有結合半径の和に対するスケーリング係数	`1.20`
`--one-based / --zero-based`	出力の原子インデックスの規約	`--one-based`

使用例¶

2 構造の比較¶

mlmm bond-summary -i 1.R.xyz -i 3.P.xyz

出力:

============================================================
  1.R.xyz  →  3.P.xyz
============================================================
Bond formed (2):
  - O14-H106 : 1.502 Å --> 1.011 Å
  - P95-O107 : 3.477 Å --> 1.523 Å
Bond broken (2):
  - P95-O97 : 1.585 Å --> 3.270 Å
  - H106-O107 : 1.034 Å --> 1.673 Å

複数構造の比較（反応経路）¶

mlmm bond-summary -i 1.R.xyz -i 3.IM1.xyz -i 5.IM2.xyz -i 7.P.xyz

R->IM1, IM1->IM2, IM2->P の 3 つの比較ブロックを出力します。

注記¶

すべての入力構造は同一の原子数と元素順序を持つ必要があります。
結合検出は all ワークフローの IRC 終点検証で使用される内部 bond_changes モジュールと同じアルゴリズムを使用します。
境界線上の結合（例: 2.0–2.4 A の金属配位）に対する感度を調整するには、--bond-factor を大きくしてください（例: 1.30）。