`bond-summary`（構造間の結合変化）¶

bond-summary サブコマンドは、反応物（R）→ 生成物（P）や、R → 中間体 IM1 → IM2 → P のような連続する構造の間で、どの共有結合ができ、どれが切れたかを報告します。入力 N 個に対して N − 1 個の比較ブロック（A → B、B → C、…）を表示し、変化した結合ごとに前後の距離（Å）を示します。ファイルは書き出しません。

主な用途¶

IRC 端点の確認: 固有反応座標（IRC）の両端が狙った結合だけ違うかを確かめる
多段機構のスクリーニング: 中間体の列で、各段に変わる結合を一覧する
ワークフローの結果の検算: all が segments/seg_NN/ に書き出した R・遷移状態（TS）・P を手で比べる

基本的な実行例¶

1. 2 つの構造を比べる¶

反応物と生成物を比べます。ファイル名は自分の構造に置き換えてください。

mlmm bond-summary -i reactant.xyz product.xyz

Bond formed (k): と Bond broken (k): の下に結合が並びます。Bond formed: None はできた結合が無いという意味です。

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  reactant.xyz  →  product.xyz
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Bond formed (2):
  - O14-H106 : 1.502 Å --> 1.011 Å
  - P95-O107 : 3.477 Å --> 1.523 Å
Bond broken (2):
  - P95-O97 : 1.585 Å --> 3.270 Å
  - H106-O107 : 1.034 Å --> 1.673 Å

2. 多段の構造列¶

4 つの構造から、R → IM1、IM1 → IM2、IM2 → P の 3 ブロックが出ます。

mlmm bond-summary -i reactant.xyz im1.xyz im2.xyz product.xyz

処理の仕組みと計算仕様¶

構造の読み込み: 渡した順にファイルを読みます。XYZ・PDB・GJF を拡張子で判別し、2 つ以上のファイルが必要です。
結合の判定: 2 つの原子の Cordero et al. (2008) の共有結合半径（H は 0.40 Å）の和に --bond-factor（デフォルト 1.20）を掛けた値を T とし、距離が 0.95 T 以下なら結合ありとします。
変化の数え方: 前の構造で結合なし（あり）、次の構造で結合あり（なし）で、距離の変化が 0.05 T 以上の組だけを、できた（切れた）結合として数えます。閾値をわずかにまたぐだけの変化は数えません。irc と all が報告する結合変化も同じ判定です。

主な出力ファイル¶

bond-summary はファイルを書き出しません。連続する組ごとのテキストブロックを、実行例 1 の形で標準出力に表示します。原子は元素と原子インデックス（デフォルトは 1 始まり）で示します。--json では代わりに JSON を標準出力に表示し、scientific_status（success・partial・failed）、execution_status、comparisons を持ちます。comparisons には組ごとに structure_a・structure_b、件数の bonds_formed・bonds_broken、原子インデックス・元素・前後の距離を並べた formed・broken が入ります。保存したいときは標準出力をリダイレクトしてください。

主な CLI オプション¶

オプション	引数の型	デフォルト	説明
`-i, --input`	パス	（必須）	順に並べた 2 つ以上の構造。1 つの `-i` の後に並べる（`-i` を繰り返してもよい）
`--bond-factor`	浮動小数点数	`1.20`	共有結合半径の和に掛ける係数
`--json/--no-json`	フラグ	`False`	テキストの代わりに JSON を標準出力に表示
`--one-based/--zero-based`	フラグ	`--one-based`	報告での原子の番号付け

全オプションは自動生成のオプションの一覧（英語のみ）を参照してください。

使用上の注意点¶

同じ原子が同じ順に並ぶこと: すべての構造で、原子の種類と並びが同じである必要があります。違う組では、標準エラーに ERROR: Atom types and ordering must be identical. が出ます。入力 / 抽出の問題を参照してください。
境目の結合: 2.0–2.4 Å の金属配位のような長めの接触も数えたいときは、--bond-factor を大きくしてください（例: 1.30）。
比較できなかった組: 1 組でも比較できないと終了コード 1 で終わり、JSON の scientific_status は partial か failed になります。
終了コード: 終了コードを参照してください。

bond-summary（構造間の結合変化）¶