bond-summary

分子構造間の共有結合の変化を検出・報告します。bond-summary は連続する入力構造のペアを比較し、生成または切断された結合を出力します。反応経路に沿った反応物・中間体・生成物の構造間で結合の生成／切断を確認したり、IRC 終点の連結性を検証したり、--bond-factor を調整して境界領域にあり判定が微妙な配位（例: 2.0–2.4 Å の金属配位）を確認したりする際に役立ちます。N 個の入力ファイルに対して N - 1 個の比較ブロック（A->B, B->C, …）を出力します。結合の認識には元素ごとの共有結合半径と設定可能な許容値を使用します。距離はオングストローム単位で表示されます。

実行例

反応物と生成物を比較します。

mlmm bond-summary -i 1.R.xyz -i 3.P.xyz

複数構造の経路を比較します（連続するペアごとにレポートされます）。

mlmm bond-summary -i 1.R.xyz -i 3.IM1.xyz -i 5.IM2.xyz -i 7.P.xyz

位置引数としてのファイル指定も受け付けます（-i と位置引数の混在も可能）。

mlmm bond-summary A.xyz B.xyz
mlmm bond-summary -i R.xyz TS.xyz P.xyz

対応フォーマット: XYZ, PDB, GJF（拡張子で自動検出）。

出力

bond-summary はファイルを書き出しません。連続するペアごとに 1 つの比較ブロックを標準出力へ表示し、それぞれ生成・切断された結合とその前後の距離をオングストローム単位で示します。レポートを保存するには標準出力をリダイレクトしてください。--json を指定すると、レポートは機械可読な JSON 形式で表示されます。

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  1.R.xyz  →  3.P.xyz
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Bond formed (2):
  - O14-H106 : 1.502 Å --> 1.011 Å
  - P95-O107 : 3.477 Å --> 1.523 Å
Bond broken (2):
  - P95-O97 : 1.585 Å --> 3.270 Å
  - H106-O107 : 1.034 Å --> 1.673 Å

-i 1.R.xyz -i 3.IM1.xyz -i 5.IM2.xyz -i 7.P.xyz のような複数構造の実行では、R->IM1, IM1->IM2, IM2->P の 3 つの比較ブロックを出力します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input FILE

入力構造ファイル（各ファイルごとに繰り返し指定、2 個以上必須）

–

--device TEXT

計算デバイス（cpu, cuda）

cpu

--bond-factor FLOAT

共有結合半径の和に対するスケーリング係数

1.20

--one-based / --zero-based

出力の原子インデックスの規約

--one-based

--json / --no-json

テキストレポートの代わりに機械可読 JSON を標準出力へ表示（ファイルは書き出さない。保存するには標準出力をリダイレクト）。

--no-json

全フラグの一覧は生成された command reference を参照してください。

注記

  • すべての入力構造は同一の原子数と元素順序を持つ必要があります。

  • 結合検出は all ワークフローの IRC 終点検証で使用される内部 bond_changes モジュールと同じアルゴリズムを使用します。

  • 境界線上の結合（例: 2.0–2.4 Å の金属配位）に対する感度を調整するには、--bond-factor を大きくしてください（例: 1.30）。

関連項目