add-elem-info

PDB の元素記号（列 77-78）を追加または修復します。固定列の原子名と残基情報から元素を推定し、ATOM/HETATM の元素列だけを置換します。それ以外の列とレコードは入力のまま保持されます。既存の元素フィールドも再推定する場合は --overwrite を指定します。

実行例

コマンド形式:

mlmm add-elem-info -i INPUT [-o OUTPUT] [--inplace] [--overwrite]

元素列を追加または修復し、安全なデフォルト出力へ書き出す:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb

このコマンドは 1abc_add_elem.pdb を書き出します。入力ファイルを明示的に 置換する場合は、次のように指定します:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb --inplace

結果を別の出力ファイルに書き出す:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

既存の元素フィールドを再推定して上書きする:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

処理の流れ

  1. PDB の生レコードを読み、extract.py と同じ残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）で分類します。

  2. 各原子について、原子名、残基名、レコードが HETATM かどうかを組み合わせて元素を推定します:

  • イオン残基: 残基由来の元素を優先します。多原子イオン（例: NH4、H3O+）は原子ごとに割り当て（H/N/O）。

  • タンパク質、核酸、水: H/D は H に、水素・酸素原子は H/O に、P/N/O/S は先頭文字から、Se は専用判定で、炭素ラベル（CA/CB/CG/…）は C に割り当てます。

  • リガンド/補因子: 原子名接頭辞（C*/P*、CL を除く）と 2 文字/1 文字の正規化を使用。ハロゲン（Cl/Br/I/F）を認識。

  1. ATOM/HETATM の列 77–78 だけを置換し、その他の列とレコードを変更せずに書き出します:

  • -o/--out 未指定: <input>_add_elem.pdb へ書き出し。

  • --inplace を指定し、-o/--out を省略: 入力ファイルを置換。

  • -o/--out 指定: 指定パスに書き出し。

  1. 処理結果のサマリーを出力します: 総原子数、新規割り当て数、既存保持数、上書き数（--overwrite 時）、元素ごとのカウント、未解決原子（最大 50 件、モデル/鎖/残基/原子/シリアル番号）。

出力

  • 元素列（77-78）が正しく設定された PDB ファイル

  • コンソールに処理/割り当て済み原子の合計、元素ごとのカウント、未解決原子（最大 50 件）を報告

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイル。

必須

-o, --out PATH

出力 PDB パス。--inplace より優先。

None → <input>_add_elem.pdb

--inplace/--no-inplace

-o/--out の省略時に入力ファイルを置換。

False

--overwrite/--no-overwrite

既存の元素フィールドがあっても再推定して上書き（デフォルトでは既存値を保持）。

False

修復対象の ATOM/HETATM レコードの列 77–78 を除き、各入力行はそのまま 保持されます。HEADER、REMARK、CONECT、ANISOU と従来形式の電荷列も 保持されます。

すべてのフラグの一覧は生成された コマンドリファレンス を参照してください。

関連項目