add-elem-info

Biopython を使用して PDB の元素記号（カラム 77-78）を追加または修復します。元素カラムを持たない PDB へ追加する場合や、それを必要とする下流ツールに渡す前に既存のカラムを修正する場合に使用します。既存の元素フィールドが信頼できない場合は、再推定して上書きすることもできます（--overwrite）。入力 PDB を Biopython（PDBParser）で解析し、残基の種類と原子名のヒューリスティクスから atom.element を割り当て、PDBIO でカラム 77-78 を書き込みます。座標を変更せず、全モデル/鎖/残基にわたって ATOM・HETATM レコードを処理します。

実行例

コマンド形式:

mlmm add-elem-info -i INPUT [-o OUTPUT] [--overwrite]

元素カラムを追加または修復し、入力ファイルをその場で上書きする:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb

結果を別の出力ファイルに書き出す:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

既存の元素フィールドを再推定して上書きする:

mlmm add-elem-info -i 1abc.pdb --overwrite

処理の流れ

  1. Bio.PDB.PDBParser で入力 PDB を解析します。extract.py と同じ残基定義（AMINO_ACIDS、WATER_RES、ION）を用います。

  2. 各原子について、原子名、残基名、レコードが HETATM かどうかを組み合わせて元素を推定します:

  • イオン残基: 残基由来の元素を優先します。多原子イオン（例: NH4、H3O+）は原子ごとに割り当て（H/N/O）。

  • タンパク質、核酸、水: H/D は H に、水素・酸素原子は H/O に、P/N/O/S は先頭文字から、Se は専用判定で、炭素ラベル（CA/CB/CG/…）は C に割り当てます。

  • リガンド/補因子: 原子名接頭辞（C*/P*、CL を除く）と 2 文字/1 文字の正規化を使用。ハロゲン（Cl/Br/I/F）を認識。

  1. PDBIO で構造を書き出します:

  • -o/--out 未指定: 入力ファイルを上書き。

  • -o/--out 指定: 指定パスに書き出し。

  1. 処理結果のサマリーを出力します: 総原子数、新規割り当て数、既存保持数、上書き数（--overwrite 時）、元素ごとのカウント、未解決原子（最大 50 件、モデル/鎖/残基/原子/シリアル番号）。

出力

  • 元素カラム（77-78）が正しく設定された PDB ファイル

  • コンソールに処理/割り当て済み原子の合計、元素ごとのカウント、未解決原子（最大 50 件）を報告

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB ファイル。

必須

-o, --out PATH

出力 PDB パス。省略時は入力ファイルを上書き。

None（入力を上書き）

--overwrite/--no-overwrite

既存の元素フィールドがあっても再推定して上書き（デフォルトでは既存値を保持）。

False

すべてのフラグの一覧は生成された コマンドリファレンス を参照してください。

関連項目