クイックスタート: scan

目的

単一構造を起点に、YAMLで定義した距離ターゲットへ拘束付きスキャンを行い、端点構造と軌跡を生成します。

事前に必要なファイル

  • 入力構造: pocket.pdb

  • MM トポロジー: real.parm7

  • ML 領域定義: ml_region.pdb、明示的model index、または有効なB-factor layer

これらは通常、mlmm all / mlmm extract / mlmm mm-parm で生成します。

YAMLの1つのstages要素が1ステージです。同一要素内の複数距離tupleは 協奏的に駆動し、複数要素は多段階scanとして順次実行されます。2距離を独立なグリッド軸と する場合はscan2dを使用します。

1. scan.yaml を作成

one_based: true
stages:
 - [[12, 45, 2.20]]
 - [[10, 55, 1.35], [23, 34, 1.80]]

2. 実行

mlmm scan -i pocket.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -s scan.yaml -o ./result_scan

出力の検証

  • result_scan/stage_01/result.pdb

  • result_scan/stage_02/result.pdb

  • result_scan/scan_trj.xyz（常に出力）。result_scan/scan.pdb は変換と参照トポロジーを利用できる場合

補足

  • 実行せずに（GPU 不要で）スペックを検証したい場合は --print-parsed を付けます。解析されたターゲットを表示して計算を実行する前に終了するため、上記のスキャン出力は生成されません。

  • 詳細オプションは mlmm scan --help-advanced で確認できます。

インラインリテラル入力（YAML ファイルなし）

YAML スペックファイルの代わりに、スキャンターゲットをコマンドラインで直接指定できます:

mlmm scan -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 \
  --scan-lists '[(1,5,1.4)]' --no-preopt --no-endopt

PDB 原子セレクタも使用可能です:

mlmm scan -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 \
  --scan-lists '[("TYR,285,CA","MMT,309,C10",2.20)]' --no-preopt --no-endopt

1-based の原子インデックスと PDB 原子名文字列の両方が使用できます。詳細は scan.md を参照してください。

次の導線

  • 経路精密化は all または path-search を参照してください。