クイックスタート: scan

目的

単一構造に対して、YAML で定義した距離ターゲットへ段階的にスキャンします。

事前に必要なファイル

• 入力構造: pocket.pdb

• MM トポロジー: real.parm7

• ML 領域定義: ml_region.pdb

これらは通常、mlmm all / mlmm extract / mlmm mm-parm で生成します。

1. scan.yaml を作成

one_based: true
stages:
 - [[12, 45, 2.20]]
 - [[10, 55, 1.35], [23, 34, 1.80]]

2. 実行

mlmm scan -i pocket.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -s scan.yaml --print-parsed -o ./result_scan

まず確認する出力

• result_scan/stage_01/result.pdb

• result_scan/stage_02/result.pdb

• scan_trj.xyz / scan.pdb（常に出力）

補足

• 詳細オプションは mlmm scan --help-advanced で確認できます。

インラインリテラル入力（YAML ファイルなし）

YAML スペックファイルの代わりに、スキャンターゲットをコマンドラインで直接指定できます:

mlmm scan -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 \
  --scan-lists "[(1,5,1.4)]" --no-preopt --no-endopt

PDB 原子セレクタも使用可能です:

mlmm scan -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 \
  --scan-lists "[('TYR 285 CA','MMT 309 C10',2.20)]" --no-preopt --no-endopt

1-based の原子インデックスと PDB 原子名文字列の両方が使用できます。詳細は scan.md を参照してください。

次の導線

• 経路精密化は all または path-search を参照してください。