ORCA QM/MM モード（oniom-export --mode orca）

Amber parm7 でトポロジーを記述した ML/MM 系について、ORCA QM/MM（.inp）入力を生成します。これは oniom-export の ORCA 詳細モード（mlmm oniom-export --mode orca）です。parm7 ファイルからトポロジー情報を読み込み、model 領域の PDB を QM 原子へ対応付け、ORCAFF パラメータを解決し、ORCA 6.0 実行向けの単一 ORCA QM/MM 入力ファイルを書き出します。

実行例

基本的なエクスポート:

mlmm oniom-export --mode orca --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.inp -q 0 -m 1

全 QM+MM 系の総電荷/総多重度を明示的に指定:

mlmm oniom-export --mode orca --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.inp -q 0 -m 1 --total-charge -1 --total-mult 1

ORCAFF のパスを明示し自動変換を無効化:

mlmm oniom-export --mode orca --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 -o system.inp --orcaff ./ORCAFF.prms --no-convert-orcaff

処理の流れ

ORCA モード（mlmm oniom-export --mode orca）は --parm からトポロジー情報を取得し、ORCA QM/MM 入力を書き出します。

  1. parm7 から原子・結合・電荷情報を取得。

  2. -i/--input がある場合は読み込み、--element-check で元素順を検証。

  3. --model-pdb から QM 領域原子を同定。

  4. --orcaff 指定または自動生成ルールで ORCAFF を解決。

  5. method、並列設定、QM 選択、総電荷/総多重度を含む .inp を生成。

出力

  • system.inp

  • <parm7名>.ORCAFF.prms（自動生成時）または指定パス（既存利用）

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

--parm PATH

Amber parm7 トポロジー。

必須

-i, --input PATH

座標ファイル（PDB/XYZ）。原子順は parm7 と一致必須。

None

--element-check / --no-element-check

入力と parm7 の元素順を検証。

True

--model-pdb PATH

QM 領域原子を定義する PDB。

None

-o, --output PATH

出力 ORCA 入力（.inp）。

必須

--method TEXT

QM メソッド/基底。

B3LYP D3BJ def2-SVP

-q, --charge INT

QM 領域電荷。

必須

-m, --multiplicity INT

QM 領域多重度。

1

--total-charge INT

全 QM+MM 系の総電荷（Charge_Total）。

トポロジー由来

--total-mult INT

全 QM+MM 系の総多重度（Mult_Total）。

--multiplicity と同じ

--nproc INT

使用コア数。

8

--near FLOAT

ActiveAtoms 判定カットオフ (Å)（層タグなし時）。

6.0

--orcaff PATH

ORCAFF.prms のパス。

None（自動で <parm7名>.ORCAFF.prms を解決）

--convert-orcaff/--no-convert-orcaff

ORCAFF 未検出時の orca_mm -convff -AMBER 実行可否。

True

関連項目