all

mlmm all は全系構造から ML/MM 機構パイプライン全体を 1 コマンドで実行します。内部では、活性部位抽出、MM トポロジー準備、ML/MM レイヤー割り当て、任意のスキャン、MEP 探索（デフォルトは単一パス path-opt、--refine-path で再帰 path-search）、任意の後処理（TS 最適化、EulerPC IRC、熱化学、DFT 一点計算、DFT//MLIP/MM ダイアグラム）を順に管理します。ML 領域のデフォルト MLIP バックエンドは UMA で、-b/--backend で他のバックエンドを選択できます。

この順序は all が内部管理するステージを示します。単独で再利用するファイルを 作る場合は、mm-parm に明示的な出力接頭辞を与え、その出力 PDB に対して extract と define-layer を実行します。この PDB は生成された parm7 と原子の 同一性・順序が一致し、空の元素記号列は mm-parm が補完します。

mlmm mm-parm -i input.pdb -l 'LIG:0' --out-prefix system
mlmm extract -i system.pdb -c LIG -l 'LIG:0' -o model.pdb
mlmm define-layer -i system.pdb --model-pdb model.pdb -o system_layered.pdb

all は渡す入力に応じて 3 つのモードのいずれかで動作します:

• 複数構造 MEP – 反応順に 2 つ以上の完全構造を提供し、複数構造にまたがる GSM（デフォルト）または DMF の MEP 探索を実行する。

• 単一構造 + スキャン定義 – 1つの完全構造と--scan-listsを提供する。1リテラルが1ステージとなり、同一リテラル内の複数tupleは協奏的に駆動する。複数リテラルは多段階scanとして順次実行し、緩和済み端点をMEPの入力列とする。

• TSOPT のみ – 1 つの完全構造を提供し --tsopt を設定（--scan-lists なし）して、MEP 探索なしで TS 最適化を直接実行する。

Important

--tsopt は TS 候補を生成し、数値optimizer収束と終端鞍点次数を別々に記録します。all がIRCへ進むのは、数値最適化が収束し、終端PHVAが完了し、負の反応方向を選べる場合です。収束済み高次停留点は警告付きの診断的IRCへ進むことがありますが、一次TS認定ではありません。実際のoptimizer非収束、虚振動0本、PHVA失敗/未実施、または有効な負rootなしでは、TS成果物を保持したままIRC前で停止します。--skip-final-freqでも反応方向を検証できないためIRC前で停止します。機構解釈の前にmodeと端点接続を必ず確認してください。

実行例

コマンド形式:

mlmm all -i INPUT1 [INPUT2...] [-c SUBSTRATE] [--parm TOPOLOGY] [options]

コアオプションは mlmm all --help、全オプション一覧は mlmm all --help-advanced で確認できます。

完全な後処理付きのマルチ構造 MEP:

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c "SAM,GPP" -l "SAM:1,GPP:-3" \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir ./result_all

単一構造 + 段階的スキャン（2 ステージ）:

mlmm all -i A.pdb -c "308,309" --scan-lists "[(12,45,1.35)]" "[(10,55,2.20)]" \
 --multiplicity 1 --out-dir ./result_scan_all
# 1 つのリテラルで複数の結合を同時に駆動可能: '[(10,55,2.20),(23,34,1.80)]'

TSOPT のみの検証（単一入力、MEP 探索なし）:

mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
 --tsopt --thermo --dft --out-dir result_tsopt_only

ORB バックエンド:

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c "SAM,GPP" -l "SAM:1,GPP:-3" \
 --backend orb --out-dir ./result_all_orb

CPU 実装の DMF（DMF バックエンドのデフォルトは GPU）:

mlmm all -i R.pdb P.pdb -c "SAM,GPP" -l "SAM:1,GPP:-3" \
 --mep-mode dmf --dmf-backend cpu --out-dir ./result_all_dmf

trajectory/structureを変換したPDB companionはテンプレートが利用可能な場合に生成され、 --convert-files/--no-convert-files（デフォルト有効）で制御されます。後述する確認用の ML領域PDB pairは別の成果物であり、PDB入力では常に出力されます。

処理の流れ

1. 活性部位抽出と ML 領域定義（複数入力時はマルチ構造の和集合）

   • 基質を定義します（-c/--center、PDB、残基 ID、または残基名で指定）。

   • 任意で --ligand-charge を総数値（分配）またはマッピング（例: GPP:-3,MMT:-1）として提供します。

   • 抽出器は入力ごとのポケット PDB を <out-dir>/_work/pockets/ に書き出します。最初のポケットが <out-dir>/ml_region.pdb（--model-pdb として再利用可能な成果物）としてコピーされ、後続の全 ML/MM 計算の ML 領域を定義します。

   • <out-dir>/ml_region_without_linkH.xyz と ml_region_with_linkH.xyz に、リンク H 挿入前後のモデル系を出力します。PDB 入力では対応する .pdb companion も出力します。自動リンクペアは ML/MM 選択を横切る parm7 結合から決まり、距離による結合認識は行いません。

   • 抽出器の最初のモデルの ML 領域の総電荷が後続ステップの総電荷として使用され、丸め処理が発生した場合はコンソールに通知されます。

   • -c/--center を省略した場合は抽出をスキップし、完全入力構造をそのまま使用します。

2. ML/MM 準備（parm7 + レイヤー割り当て）

   • 最初の完全入力 PDB に対して mm_parm を一度実行し、<out-dir>/mm_parm/<input_basename>.parm7 / .rst7（--parm として再利用可能な成果物）を構築します。これは自動的に --parm として渡されます。

   • 各完全系 PDB に対して define-layer を実行し、ML 領域定義に基づく 3 層 B 因子（ML=0.0、MovableMM=10.0、FrozenMM=20.0）を付与します。レイヤード全系 PDB は <out-dir>/layered/ に書き出されます。

3. 任意の段階的スキャン（単一入力のみ）

   • 完全入力 PDB が 1 つのみで --scan-lists が指定された場合、レイヤード全系 PDB に対して ML/MM calculatorを使用した段階的な結合距離駆動スキャンを実行します。

   • 各ステージの最終緩和構造（stage_XX/result.pdb）が中間体/生成物候補として収集されます。

   • 経路探索の入力系列は [初期レイヤード PDB, stage_01/result.pdb, stage_02/result.pdb,...] となります。

4. 全系レイヤード PDB での MEP 探索

   • すべての MEP 計算は全系レイヤード PDB（--parm + --detect-layer）上で実行されます（ポケット上ではありません）。

   • --refine-path: 自動精密化を含む再帰的 path_search を実行し、多段階反応を自動検出して各素反応の詳細な MEP を構築します。複雑な多段階反応では手動での試行錯誤が必要な場合があります。両モードとも Stage 5 後処理に対応。

   • --mep-mode で GSM（デフォルト）または DMF を選択します。--dmf-backend gpu は dmf.torch、--dmf-backend cpu は NumPy 実装を使用します。GPU メモリ不足時は CPU を選択してください。

   • --no-refine-path（デフォルト）: 隣接ペアごとに選択した最適化法で単一パス path-opt を実行後、軌跡を結合、セグメントごとの HEI 抽出、結合変化検出、summary.json 書き出しまで行い、Stage 5 後処理（TSOPT、thermo、DFT）が利用可能。

   • マルチ入力実行では、元の完全 PDB がマージ参照として自動的に供給されます。スキャン由来の系列（単一構造の場合）では、元の完全 PDB 1 つがすべての入力の参照テンプレートとして再利用されます。

5. サマリーと任意の後処理

   • MEP エンジン生出力（セグメントごとの軌跡、全 MEP 軌跡、エンジンの summary.json）は <out-dir>/_work/path_opt/（--refine-path 使用時は <out-dir>/_work/path_search/）に書き出され、マージ済み成果物（mep.pdb、bridge 入力時の mep.cif、mep_trj.xyz、mep_plot.png、energy_diagram_MEP.png）は <out-dir>/ へ移動され、summary.{json,log} はコピーされます。

   • --tsopt: 各 HEI で TS を最適化します。TS 判定を通過した後、EulerPC IRC とセグメントエネルギーダイアグラムへ進みます。

   • --thermo: (R, TS, P) で ML/MM 熱化学を計算し、Gibbs ダイアグラムを追加します。

   • --dft: (R, TS, P) のモデル領域で DFT 一点計算を実行し、モデル DFT 電子エネルギーダイアグラムを追加します。--thermo と組み合わせると、subtractive DFT//MLIP/MM 全エネルギーに ML/MM 熱補正を加えた DFT//MLIP/MM Gibbs ダイアグラムも生成されます。

   • TS 最適化、IRC、振動解析、flatten PHVA は固定の constrained 処理を使用します。これは凍結 anchor を動かさない全系剛体運動だけを除去し、実用的な ML/MM 境界では有効 rank は通常 0 です。

   • --hessian-calc-mode は、対応するバックエンドで解析 Hessian または有限差分 Hessian を選択します。速度とメモリはバックエンドと系に依存するため、対象系の小規模試行で比較してください。

6. TSOPT のみモード（単一入力、--tsopt、--scan-lists なし）

   • MEP 探索をスキップし、レイヤード全系 PDB で tsopt を実行します。TS 判定を通過した後、EulerPC IRC、両端の極小化、任意の熱化学、DFT、DFT//MLIP/MM ダイアグラムへ進みます。

   • IRC を実行した場合、経路や参照構造による向きがないため、両端は化学的に未割当の E1 と E2 として出力します。サマリーは各端点から TS への障壁を報告し、R/P 反応エネルギーは報告しません。構造を確認してから化学的役割を割り当ててください。

出力

ツリーは 3 つのゾーンで構成されます: ルート直下の成果物、segments/seg_NN/ 配下のセグメント別成果物、_work/ 配下のパイプライン作業領域（結果を取り出したあとは削除して構いません）。最初に確認する 3 つは summary.log、summary.json、mep.pdb（連結した反応経路。ルートへ移動）です。CIF/mmCIF bridge 入力では、元の識別子を復元した mep.cif もルートへ移動します。

<out-dir>/
 summary.json                          # トップレベルサマリーのミラー（MEP ステージ実行時）
 summary.log
 mep.pdb · mep.cif                     # CIF は bridge 入力で元の ID を復元
 mep_trj.xyz
 mep_plot.png                          # MEP 生エネルギープロファイル
 energy_diagram_MEP.png                # 全セグメント MEP 障壁
 energy_diagram_MLIP_all.png           # 集約後処理ダイアグラム（有効時）
 energy_diagram_G_MLIP_all.png
 energy_diagram_DFT_all.png
 energy_diagram_G_DFT_plus_MLIP_all.png
 irc_plot_all.png
 ml_region.pdb                         # ML 領域定義（--model-pdb として再利用可能）
 ml_region_without_linkH.xyz           # リンク H 挿入前の ML モデル
 ml_region_with_linkH.xyz              # parm7 結合由来リンク H 挿入後の ML モデル
 ml_region_without_linkH.pdb           # PDB 入力時の topology 付き companion
 ml_region_with_linkH.pdb              # 生成した HL/LKH を含む PDB companion
 mm_parm/<input1>.parm7,.rst7          # 最初の完全酵素入力 PDB から生成した MM トポロジー（--parm として再利用可能）
 layered/                              # レイヤード全系 PDB（B 因子アノテーション付き、再利用可能な入力）
 segments/                             # 反応セグメント別の成果物
  seg_NN/                              # 2 桁インデックス (1 始まり)、例: seg_01, seg_02
   reactant.{pdb,cif} · ts.{pdb,cif} · product.{pdb,cif} # MEP 実行の R/TS/P
   e1.{pdb,cif} · ts.{pdb,cif} · e2.{pdb,cif}            # TSOPT のみの未割当端点
   ts/...                              # TS 最適化（--tsopt）
   irc/...                             # TS 判定通過後の EulerPC IRC
   freq/...                            # --thermo の場合
   dft/...                             # --dft の場合
   structures/{reactant,ts,product}.pdb  # MEP 実行の入れ子コピー
   structures/{endpoint_1,ts,endpoint_2}.pdb # TSOPT のみの入れ子コピー
   energy_diagram_{MLIP,G_MLIP,DFT,G_DFT_plus_MLIP}.png
 _work/                               # パイプライン作業領域（削除可）
  pockets/                             # 入力ごとのポケット PDB（複数構造は統合）
  scan/                                # 単一構造+スキャンモードの場合のみ（stage_01/result.pdb …）
  path_opt/                            # MEP エンジン生出力（--refine-path 時は path_search/）
   summary.{json,log} · seg_NN_mep/    # セグメント別の生 MEP 軌跡（マージ済み成果物はルートへ移動）

TSOPT のみモード（単一入力 + --tsopt、--scan-lists なし）では MEP ステージがなく、ts/ は segments/seg_01/ 配下に生成されます。TS 判定通過後は E1/TS/E2 と irc/、続いて指定した freq/ と dft/ が追加されます。_work/path_opt/ は存在しません。

-v 2 ではコンソールに抽出、MM 準備、スキャンステージ、MEP の進捗、ステージごとの所要時間が要約されます。ログ詳細度 (verbosity) を参照してください。

summary.log の読み方

ヘッダーでは all の入口を MEP、Scan、TS-only のいずれかで示し、 ルート出力ディレクトリを絶対パスで表示します。MEP / Scan では内部 path module ディレクトリも絶対パスで表示し、TS-only では - とします。 path-opt / path-search などの内部 engine 名は machine-readable metadata に保持し、ユーザー向け pipeline mode には使用しません。

ログは番号付きセクションで構成されています:

• [1] グローバル MEP 概要 – イメージ/セグメント数、MEP 軌跡プロットパス、集約 MEP エネルギーダイアグラム。

• [2] セグメントレベル MEP サマリー（MLIP 経路） – セグメントごとの障壁、反応エネルギー、結合変化サマリー。

• [3] セグメントごとの後処理（TSOPT / Thermo / DFT） – セグメントごとの TS 虚振動数チェック、判定通過後の IRC 出力、エネルギーテーブル。

• [4] エネルギーダイアグラム（概要） – MEP/MLIP/Gibbs/DFT シリーズのダイアグラムテーブルと任意のクロスメソッドサマリーテーブル。

• [5] 出力ディレクトリ構造 – インラインアノテーション付きの生成ファイルのコンパクトツリー。

summary.json の読み方

summary.json はコンパクトな機械可読サマリーです。主なトップレベルキー:

• out_dir、n_images、n_segments – 実行メタデータと総数。

• segments – index、tag、kind、barrier_kcal、delta_kcal、bond_changes を持つセグメントごとのエントリリスト。

• energy_diagrams（任意）– labels、energies_kcal、energies_au、ylabel、image パスを持つダイアグラムペイロード。

stage の result.json または thermoanalysis.yaml が書き出される場合、 rigid_projection ブロックに treatment、有効 rank、Hessian source、Hessian shape が 記録されます。全原子凍結はアクティブ自由度が残らないためエラーになります。

CLI オプション

注意: 表示されるデフォルト値はオプション未指定時に使用されます。完全なフラグ一覧は生成された command reference（reference/commands/）にあり、以下の表は説明が必要なオプションを扱います。

入出力オプション

オプション	説明	デフォルト
-i, --input PATH...	反応順の 2 つ以上の完全構造。PDB/mmCIF は直接、XYZ は --ref-pdb と併用（--scan-lists（段階的スキャン）または --tsopt（TSOPT のみ）の場合のみ単一入力可）。	必須
-c, --center TEXT	基質指定（PDB パス、残基 ID（308,309）、または残基名（SAM,GPP））。省略時は抽出をスキップし完全構造をそのまま使用。	None
-l, --ligand-charge TEXT	非標準残基の総電荷または残基別マッピング（例: GPP:-3,MMT:-1）。	None
-q, --charge INT	ML 領域/model system の正味電荷を強制指定（最優先の上書き）。	None
--freeze-atoms TEXT	全系の1始まり原子indexをカンマ区切りで指定し、scan/MEP/TSOPT/IRC/振動解析を通して固定。YAML geom.freeze_atoms および自動検出されたFrozen-MM layerとマージする。	None
-o, --out-dir PATH	トップレベル出力ディレクトリ。	./result_all/
--parm FILE	全系の AMBER parm7 トポロジーファイル。省略時は mm_parm で自動生成。	None
--model-pdb FILE	構築済み ML 領域 PDB。指定時は ML 領域決定をスキップし、このファイルで ML 領域を直接定義。	None
--ref-pdb FILE	XYZ 入力用の参照 PDB。入力が XYZ の場合に PDB メタデータ（残基、鎖、B 因子）を復元するために必要。	None
--convert-files/--no-convert-files	テンプレート利用可能時に XYZ/TRJ から対応する PDB の生成を切り替えるグローバルトグル。	True
--dump/--no-dump	任意のオプティマイザ軌跡・リスタートを保存。親で明示したトグルは path-search/path-opt と scan/tsopt に転送し、省略時は各子が YAML/default を解決します。--thermo 時は Gibbs 集約を欠損させないため、必須の子 thermoanalysis.yaml handoff を --no-dump でも保持します。	False
--config FILE	先に適用するベース YAML。	None
--show-config/--no-show-config	実行前に解決済み設定を表示。	False
--dry-run/--no-dry-run	一時ディレクトリで抽出/setup と電荷・parity 検証を実行し、計画を表示して計算 stage は省略。--help-advanced に表示。	False

抽出オプション

オプション	説明	デフォルト
-r, --radius FLOAT	ポケット包含カットオフ (Å)。0 は受理し、内部では 0.001 Å（通常の半径近傍を実質OFF）として評価	2.6
--radius-het2het FLOAT	独立したヘテロ-ヘテロカットオフ (Å)。	0.0
--include-h2o/--no-include-h2o	水分子（HOH/WAT/H2O/DOD/TIP/TIP3/SOL）を含める。	True
--exclude-backbone/--no-exclude-backbone	非基質アミノ酸の主鎖原子を除去。	False
--add-linkh/--no-add-linkh	切断結合にリンク水素を付加。	False
--selected-resn TEXT	123、A:123A、SAM、A:SAM、A:SAM:123などのID/名前を強制包含（カンマ/空白区切り）	""
--modified-residue TEXT	修飾アミノ酸残基名をカンマ区切りで指定。未知残基は整数電荷が必須（例: HD1:0,HD2:-1）。catalog 登録済み残基は bare name（例: SEP）も可。	""

MM 準備オプション

オプション	説明	デフォルト
--auto-mm-ff-set {ff19SB|ff14SB}	mm_parm 用の力場セット（ff19SB は OPC3、ff14SB は TIP3P を使用）。	ff19SB
--auto-mm-add-ter/--auto-mm-no-add-ter	リガンド/水/イオンブロック周囲の TER 挿入を制御。	True
--auto-mm-disulfide/--auto-mm-no-disulfide	mm_parm に転送：CYS/CYM/CYX にわたり SG-SG 幾何からジスルフィドを検出して結合（結合された CYS は CYX にリネーム）。--auto-mm-no-disulfide では既に CYX の残基のみを結合。	True
--auto-mm-keep-temp	mm_parm の一時作業ディレクトリを保持（デバッグ用）。	False
--auto-mm-ligand-mult TEXT	mm_parm に転送するスピン多重度マッピング（例: GPP:2,SAM:1）。省略時は全リガンドに 1 を使用。	None

MEP 探索オプション

Note

--max-cycles-gsm と --max-cycles-dmf は選択したMEP childだけを制御し、 いずれもデフォルト300です。scan、TS最適化、IRCなどは各stage固有のcycle optionと デフォルトを使用します。

オプション	説明	デフォルト
-m, --multiplicity INT	スピン多重度 (2S+1)。	1
-b, --backend CHOICE	ML バックエンド: uma（デフォルト）、orb、mace、aimnet2。全計算サブコマンドに転送。	uma
--cmap/--no-cmap	REAL と MODEL の両 MM 層で CMAP を保持します。	--cmap
--mep-mode [gsm|dmf]	path-opt と再帰的 path-search の両方へ転送する MEP 最適化法。	gsm
--dmf-backend [gpu|cpu]	DMF 実装。明示指定時だけ子コマンドへ転送するため、省略時は子コマンドの YAML 設定 dmf.backend が有効。	gpu
--max-nodes INT	GSM/DMF セグメントの内部ノード数。	20
--gsm-param [equi|energy]	完全成長後のGSMノード配置。energy は高エネルギー領域へノード密度を寄せる。等間隔経路がHEI近傍の反応座標領域を飛び越える場合の試行用であり、TSを同定する機能ではない。	equi
--max-cycles-gsm INT	MEP childのGSMストリング最適化サイクル上限。	300
--max-cycles-dmf INT	MEP childのDMF IPOPT反復上限。	300
--climb/--no-climb	選択した最適化法が対応する場合に climbing-image TS 精密化を有効化。	True
--opt-mode [grad|hess]	TSOPT と IRC 後の端点最適化に使う予備プリセット（grad → Dimer/L-BFGS、hess → RS-P-RFO/RFO）。--opt-mode-post が優先されます。	grad
--opt-mode-post [grad|hess]	TSOPT/IRC 後端点最適化向けのプリセット上書き（grad → Dimer/L-BFGS、hess → RS-P-RFO/RFO）。	hess
--thresh TEXT	単一構造最適化と scan 緩和の収束プリセット（gau_loose、gau、gau_tight、gau_vtight、baker、never）。	gau
--thresh-gsm TEXT	MEP 段の GSM ストリング最適化の収束プリセット（--thresh と同じプリセット群）。	gau_loose
--thresh-dmf TEXT	DMF MEP 段の IPOPT dual-infeasibility 許容値。tight(0.04)、middle(0.10)、loose(0.20) または正の float。Gaussian プリセットではない。	tight
--thresh-post TEXT	IRC 後端点最適化の収束プリセット。	baker
--preopt/--no-preopt	セグメント化前に端点を事前最適化。	True
--refine-path/--no-refine-path	--no-refine-path（デフォルト）= 単一パス path-opt（軌跡結合 + HEI 抽出 + 結合変化検出 + summary.json）、--refine-path = 再帰的 path-search。どちらも --mep-mode の選択と Stage 5（TSOPT/thermo/DFT）に対応。	False
--hessian-calc-mode CHOICE	ML/MM Hessian モード（Analytical または FiniteDifference）。	FiniteDifference
--precision [fp32|fp64]	バックエンド精度。省略時は UMA/AIMNet2 fp32、ORB/MACE fp64。AIMNet2 は fp64 を拒否。	バックエンド依存
--workers INT	UMA predictor worker 数。2 以上は fairchem-core[extras] が必要で、解析 Hessian と併用不可。	1
--workers-per-node INT	UMA 並列 predictor のノード当たり worker 数。	None
--detect-layer / --no-detect-layer	B 因子レイヤー（B=0/10/20）を自動的に読み取ります。--model-pdb を明示した場合は MM 側のレイヤーだけを保持し、明示しない場合は B 因子が ML 原子集合も定義します。	有効

TSOPT の最適化モード選択順: --opt-mode-post（設定時）-> --opt-mode（明示指定時のみ）-> TSOPT デフォルト（hess → RS-P-RFO）。

スキャンオプション（単一入力実行）

オプション	説明	デフォルト
-s, --scan-lists TEXT...	インライン(i,j,target_A)リテラル。1リテラル=1ステージ、同一リテラル内の複数tupleは同期。YAML/JSONと双方向4-tupleはstandalone scanで使用	None
--scan-out-dir PATH	スキャン出力ディレクトリの上書き。	<out-dir>/_work/scan
--scan-one-based/--scan-zero-based	スキャン原子インデックスを 1 始まりまたは 0 始まりとして解釈。	None
--scan-max-step-size FLOAT	最大ステップサイズ (Å)。	0.20
--scan-bias-k FLOAT	調和バイアス強度 (eV/Å^2)。	300.0
--scan-relax-max-cycles INT	ステップごとの緩和最大サイクル。	100000
--scan-preopt/--no-scan-preopt	スキャン事前最適化トグルの上書き。	None
--scan-endopt/--no-scan-endopt	スキャンステージ終端最適化の上書き。	None

後処理 + freq / DFT 上書きオプション

オプション	説明	デフォルト
--tsopt/--no-tsopt	反応セグメントごとに TS 最適化を行い、TS 判定通過後に EulerPC IRC を実行。	False
--tsopt-from-mep-tan/--no-tsopt-from-mep-tan	Hessian TS optimizerでCPU/file cacheしたHEI接線候補から反応root identityを追跡。OFFではcache作成・利用を止め初期Hessian modeから選択。Dimerには適用外	True
--thermo/--no-thermo	MEP 実行では R/TS/P、TS-only 実行では E1/TS/E2 で振動解析 (freq) を実行。	False
--dft/--no-dft	MEP 実行では R/TS/P、TS-only 実行では E1/TS/E2 で DFT 一点計算を実行。	False
--flatten/--no-flatten	tsopt で余分な虚振動数モードのflatteningを有効化。	False
--reject-uphill/--no-reject-uphill	IRC 後のエンドポイント再最適化のみで RFO の上り坂ステップ拒否を明示的に有効化（許容値 1e-4 Hartree、opt 子へ転送。低エネルギー形状へロールバックして trust radius を縮小）。TS 最適化では拒否を常に無効化し、経路探索には影響しない。emergency floor 到達時は、保持したエンドポイントを通常の収束条件で最終確認。	False
--irc-step-size FLOAT	TS 後の各 IRC に EulerPC 最大ステップ（Bohr）を転送。数フレームで停止する場合は 0.05 など小さい値で再試行。	IRC デフォルト 0.10
--irc-never-stop/--no-irc-never-stop	IRCのgradient・energy端点判定を無視して各branchを最大cycleまで追跡。数値／integration失敗や外部中断では停止。	False
--tsopt-max-cycles INT	tsopt --max-cycles の上書き。	100000
--tsopt-out-dir PATH	tsopt サブディレクトリのカスタマイズ。	None
--freq-out-dir PATH	freq 出力ディレクトリの上書き。	None
--freq-max-write INT	出力する最大モード数。	10
--freq-amplitude-ang FLOAT	モード軌跡の振幅 (Å)。	0.8
--freq-n-frames INT	モード軌跡のフレーム数。	20
--freq-sort TEXT	モードソート方法。	value
--freq-temperature FLOAT	熱化学温度 (K)。	298.15
--freq-pressure FLOAT	熱化学圧力 (atm)。	1.0
--dft-out-dir PATH	DFT 出力ディレクトリの上書き。	None
--dft-func-basis TEXT	汎関数/基底関数ペア。	wb97m-v/def2-tzvpd
--dft-max-cycle INT	SCF反復上限。	100
--dft-conv-tol FLOAT	SCF 収束閾値。	1e-9
--dft-grid-level INT	PySCF グリッドレベル。	3
--dft-engine [gpu|cpu]	DFT エンジン（GPU or CPU PySCF）。	gpu

YAML 設定

all は YAML 設定をサポートします:

• --config FILE: ベース設定。

defaults < config < 明示指定 CLI

解決後の YAML が下流サブコマンドへ転送されます。各ツールは独自ドキュメントに記載されたセクションを読み取ります:

サブコマンド	YAML セクション
path-search	geom, calc/mlmm, gs, opt, lbfgs, bond, search
scan	geom, calc/mlmm, opt, lbfgs
tsopt	geom, calc/mlmm, opt, hessian_dimer, rsirfo
freq	geom, calc/mlmm, freq, thermo
dft	dft

明示指定した CLI 値だけが --config の値を上書きします。

最小の YAML 例:

geom:
 tr_projection: constrained      # 固定の内部 PHVA 処理
calc:
 model_charge: 0
 model_mult: 1
 backend: uma                    # ML バックエンド (uma/orb/mace/aimnet2)
 uma_model: uma-s-1p2            # uma-s-1p2 | uma-m-1p1
 hessian_calc_mode: Analytical     # 代表的な pilot で FiniteDifference と比較
gs:
 max_nodes: 20
 climb: true
dft:
 grid_level: 6

すべての YAML オプションの完全なリファレンスは YAML 設定リファレンス を参照してください。

固定の constrained 剛体モード処理と tsopt --ref-mode は別の機能です。 後者は鞍点回復で使う内部的な MEP 接線 handoff を制御します。 geom.tr_projection の古い非constrained値は明示的に拒否されます。

注記

入力形式は抽出の有無に依存します:

• PDB/mmCIF 入力はそのまま使用できます。

• XYZ 入力には --ref-pdb が必要です。座標は XYZ、抽出および後続 stage の残基・鎖・B 因子メタデータは参照 PDB から取得します。

• マルチ構造実行には 2 つ以上の構造が必要。

電荷の優先度は、明示的な -q/--charge → workflow で導出した電荷（抽出、または --ligand-charge を使う選択 model の導出）→ YAML calc.model_charge → error です。多重度の優先度は、明示的な --multiplicity → YAML calc.model_mult → 1 です。非標準基質には --ligand-charge を指定してください。最初の model の ML 領域電荷は最も近い整数へ丸め、console に通知します。

関連項目

• extract – 単独の ML 領域決定（all が内部で呼び出し）

• mm-parm – AMBER トポロジー構築（all が内部で呼び出し）

• path-search – 単独の再帰的 MEP 探索

• tsopt – 単独の TS 最適化

• freq – 振動解析と熱化学

• dft – DFT 一点計算

• trj2fig – 軌跡からエネルギープロファイルをプロット

• 典型エラー別レシピ – 症状起点の切り分け

• トラブルシューティング – よくあるエラーと対処法

• YAML リファレンス – 完全な YAML 設定オプション

• 用語集 – MEP、TS、IRC、GSM の定義