mlmm pysis — pysisyphus YAMLワークフロー

概要: mlmm-toolkit calculatorを事前登録した状態でpysisyphus YAMLワークフローファイルを実行。v0.1.x YAMLベースのワークフローと互換。

概要

mlmm pysisサブコマンドは、mlmm calculator typeが自動登録された状態でpysisyphus YAMLワークフローファイルを実行します。v0.1.xでmlmm opt.yamlが主要インターフェースだったYAMLベースのワークフローとの後方互換性を提供します。

mlmm pysis opt.yaml
mlmm pysis tsopt.yaml
mlmm pysis irc.yaml

YAMLフォーマット

pysisyphus YAMLファイルは3つの主要セクション（geom、calc、ワークフローセクション（opt、tsopt、ircなど））で構成されます。

ジオメトリセクション

geom:
  type: cart          # 座標系（cart, redund, dlc）
  fn: complex_layered.pdb

凍結原子を指定する場合はfreeze_atoms（1始まりインデックス）を使用:

geom:
  type: cart
  fn: complex_layered.pdb
  freeze_atoms: [101, 102, 103, 200, 201]  # 1始まり

Calculatorセクション

calc:
  type: mlmm
  input_pdb: complex_layered.pdb
  real_parm7: real.parm7
  model_pdb: ml_region.pdb
  model_charge: 0
  model_mult: 1
  backend: uma
  embedcharge: false

MLMMCoreの全パラメータをYAMLキーとして使用可能です。v0.1.xのパラメータ名（real_pdbなど）も非推奨警告付きで受け付けます。

ワークフローセクション

構造最適化

opt:
  type: lbfgs
  max_cycles: 300
  thresh: gau_loose    # gau, gau_tight, gau_vtight, gau_loose, baker
  dump: true

遷移状態最適化

tsopt:
  type: dimer
  max_cycles: 100
  thresh: gau_loose
  dump: true

IRC

irc:
  type: eulerpc
  max_cycles: 75
  step_length: 0.15
  dump: true

完全なYAML例

構造最適化

geom:
  type: cart
  fn: complex_layered.pdb
  freeze_atoms: [101, 102, 200, 201]

calc:
  type: mlmm
  input_pdb: complex_layered.pdb
  real_parm7: real.parm7
  model_pdb: ml_region.pdb
  model_charge: 0
  backend: uma

opt:
  type: lbfgs
  max_cycles: 300
  thresh: gau_loose
  dump: true

実行: mlmm pysis opt.yaml

遷移状態最適化

geom:
  type: cart
  fn: ts_candidate.pdb
  freeze_atoms: [101, 102, 200, 201]

calc:
  type: mlmm
  input_pdb: ts_candidate.pdb
  real_parm7: real.parm7
  model_pdb: ml_region.pdb
  model_charge: 0

tsopt:
  type: dimer
  max_cycles: 100
  thresh: gau_loose
  dump: true

実行: mlmm pysis tsopt.yaml

TSからのIRC

geom:
  type: cart
  fn: ts_optimized.pdb

calc:
  type: mlmm
  input_pdb: ts_optimized.pdb
  real_parm7: real.parm7
  model_pdb: ml_region.pdb
  model_charge: 0

irc:
  type: eulerpc
  max_cycles: 75
  step_length: 0.15
  dump: true

実行: mlmm pysis irc.yaml

v0.1.xからの移行

v0.1.x	v0.2.x
mlmm opt.yaml	mlmm pysis opt.yaml
real_pdb: complex.pdb	input_pdb: complex.pdb（real_pdbも警告付きで使用可）
real_rst7: real.rst7	不要（警告付きで無視）

既存のv0.1.x YAMLファイルは変更なしで動作します — 非推奨パラメータ名は警告付きで受け付けます。

関連ドキュメント

• Python API — mlmm-toolkitをPythonライブラリとして使用

• ML/MM Calculator — Calculatorアーキテクチャ

• YAML Reference — YAML設定リファレンス