`fix-altloc`¶

概要¶

要約: PDB ファイルから代替位置（altLoc）指示子を削除します。各原子について占有率に基づいて最良のコンフォーマーを選択し、重複を除去します。

機能¶

PDB の altLoc カラム（列 17、1-based）を空白（スペース 1 文字）に置換。

1 文字の置換のみで、フォーマットのシフトや再構成は行いません。

代替位置（A/B/… やカスタムラベル H/L など）により同じ原子が複数回出現する場合、「最良」のものを保持:

占有率（occupancy）が最も高いものを優先
同点の場合（または占有率が欠損している場合）、ファイル内で最初に出現したものを保持

処理対象レコード¶

ATOM / HETATM: altLoc の選択とブランク化
ANISOU: 対応する ATOM/HETATM レコード（同じシリアル番号）が保持される場合のみ保持

自動スキップ動作¶

デフォルトでは、ファイルに altLoc 文字が含まれていない 場合（列 17 がすべて空白）、ファイルは スキップ され、出力は書き込まれません。altLoc の有無に関わらず処理を行うには --force を使用してください。

最小例¶

mlmm fix-altloc -i 1abc.pdb

出力の見方¶

<input>_clean.pdb – altLoc カラムがブランク化され重複が除去された PDB
元のファイルは変更されません（--inplace が設定されていない限り）

よくある例¶

出力ファイルを指定。

mlmm fix-altloc -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb

ディレクトリを再帰的に処理。

mlmm fix-altloc -i ./structures -o ./cleaned --recursive

入力ファイルをその場で上書き（.bak バックアップを作成）。

mlmm fix-altloc -i ./structures --inplace --recursive

altLoc が検出されなくても強制的に処理。

mlmm fix-altloc -i 1abc.pdb -o 1abc_fixed.pdb --force

ワークフロー¶

入力ファイルに非空白の altLoc 文字（列 17）が含まれているかチェック。

altLoc が見つからず --force が設定されていない場合、ファイルをスキップ。

各 ATOM/HETATM レコードについて、altLoc フィールドを無視した同一性キーを構築:

レコード名、原子名、残基名、チェーン ID、残基番号、挿入コード、segID

同じ同一性キーを持つ原子の中から、以下の基準で選択:

最高の占有率（列 55-60）
同点の場合、ファイル内で最初に出現したもの

出力を書き込み:

選択された原子のみを保持
altLoc カラム（17）を空白（スペース 1 文字）に置換
ANISOU レコードは保持された原子に一致するもののみフィルタリング

CLI オプション¶

オプション	説明	デフォルト
`-i, --input PATH`	入力 PDB ファイルまたはディレクトリ	必須
`-o, --out PATH`	出力ファイル（入力がファイルの場合）またはディレクトリ（入力がディレクトリの場合）	入力がファイル: `<input>_clean.pdb`、入力がディレクトリ: `<input>_clean/`
`--recursive/--no-recursive`	入力がディレクトリの場合、`*.pdb` ファイルを再帰的に処理	`False`
`--inplace/--no-inplace`	入力ファイルをその場で上書き（`.bak` バックアップを作成）	`False`
`--overwrite/--no-overwrite`	既存の出力ファイルの上書きを許可	`False`
`--force/--no-force`	altLoc が検出されなくてもファイルを処理	`False`

出力¶

代替位置が削除された PDB ファイル:
入力がファイル: デフォルトは <input>_clean.pdb（-o/--out が省略された場合）
入力がディレクトリ: デフォルトは <input>_clean/（サブパスを保持）
-o/--out 指定時: OUTPUT.pdb
--inplace 設定時: 元のファイルを上書き（バックアップは <input>.pdb.bak として保存）

`all` ワークフローとの統合¶

mlmm all ワークフローを実行する際、fix-altloc は add-elem-info の後 （元素フィールドが欠損していた場合）、ポケット抽出の前 に自動的に実行されます。これにより:

まず元素記号が補完される
代替位置が単一のコンフォーマーに解決される
抽出ステップがクリーンで曖昧さのない座標を受け取る

altLoc 文字が検出された場合のみファイルが処理され、そうでない場合は元のファイルがそのまま渡されます。

altLoc 状態間で原子数が異なる場合の処理¶

異なる altLoc 状態で異なる原子が含まれている場合（例：altLoc A には N, CA, CB, CG、 altLoc B には N, CA, CB, CD がある場合）、fix-altloc は以下のように正しく処理します：

重複原子（複数の altLoc で同じ残基＋原子名、例：N, CA, CB）：占有率に基づいて最良のものを選択（最高値を優先、同点の場合はファイル内で最初のもの）
ユニーク原子（1 つの altLoc にのみ存在、例：A の CG、B の CD）： すべてのユニーク原子が出力に保持されます

これにより、出力構造にはすべての altLoc 状態の原子が含まれ、真の重複のみが単一のコンフォーマーに解決されます。

例:

入力:
 ATOM 1 N AALA A 1... 0.50 # altLoc A
 ATOM 2 CA AALA A 1... 0.50 # altLoc A
 ATOM 3 CG AALA A 1... 0.50 # altLoc A のみ
 ATOM 4 N BALA A 1... 0.40 # altLoc B
 ATOM 5 CA BALA A 1... 0.40 # altLoc B
 ATOM 6 CD BALA A 1... 0.40 # altLoc B のみ

出力:
 ATOM 1 N ALA A 1... 0.50 # A から（高 occupancy）
 ATOM 2 CA ALA A 1... 0.50 # A から（高 occupancy）
 ATOM 3 CG ALA A 1... 0.50 # 保持（A のみ）
 ATOM 6 CD ALA A 1... 0.40 # 保持（B のみ）

API 使用法¶

プログラム的な使用のために、モジュールは以下をエクスポートします:

from mlmm.fix_altloc import has_altloc, fix_altloc_file

# ファイルに altLoc があるかチェック
if has_altloc(Path("input.pdb")):
 # altLoc を修正
 was_processed = fix_altloc_file("input.pdb", "output.pdb", overwrite=True)

fix-altloc¶

概要¶

機能¶