mm-parm

概要

要約: PDB から Amber prmtop/rst7 トポロジーファイルを構築します。GAFF2 リガンドの自動パラメータ化、ジスルフィド結合検出、PDBFixer による任意の水素付加に対応。

mlmm mm-parm は PDB から Amber トポロジー/座標ファイルを生成します。入力 PDB はデフォルトでは構造修正なしにそのまま使用されます。不明な残基は antechamber（GAFF2、AM1-BCC 電荷）と parmchk2 で自動的にパラメータ化されます。--ligand-charge に明示した残基は ligand/cofactor 定義として扱われ、GAFF2 パラメータ化が最優先されます。ジスルフィド結合は SG-SG（または S-S）距離が 2.3 Å 以内であることから幾何学的に推定されます。AMINO_ACIDS に載っているアミノ酸系残基で、選択された力場に認識されないものは自動処理されません。手動でパラメータ化するようメッセージを表示してビルドを中断します。

--add-h の場合、指定された --ph で PDBFixer を使用して tleap 処理前に水素が付加されます。他の構造修正は行われません。--ff-set ff14SB を使用すると、力場は ff14SB（タンパク質）+ TIP3P（水）（+ phosaa14SB）に切り替わります。

最小例

mlmm mm-parm -i input.pdb --out-prefix complex \
 -l "GPP=-3,MMT=-1" --ligand-mult "GPP=1,MMT=1"

出力の見方

  • <prefix>.parm7 – Amber prmtop トポロジー

  • <prefix>.rst7 – Amber ASCII inpcrd 座標

  • <prefix>.pdb – LEaP savepdb 出力（下記の命名規則を参照）

よくある例

  1. 水素付加付きの基本的なトポロジー構築。

mlmm mm-parm -i input.pdb --out-prefix complex \
 -l "GPP=-3,MMT=-1" --ligand-mult "GPP=1,MMT=1" \
 --add-ter --ff-set ff19SB --add-h --ph 7.0

  1. 水素付加なしのビルド。

mlmm mm-parm -i input.pdb --out-prefix complex \
 -l "GPP=-3" --no-add-h

ワークフロー

  1. 入力準備 – 入力 PDB はそのまま読み込まれます（構造修正なし）。--add-h が設定されている場合、PDBFixer で指定 --ph にて水素が付加されます。

  2. TER 挿入 – --add-ter（デフォルト）の場合、リガンド/水/イオン残基の連続ブロックの前後に TER レコードが挿入されます。

  3. 不明残基のパラメータ化 – 力場で認識されない残基は antechamber（GAFF2、AM1-BCC）と parmchk2 で自動パラメータ化されます。--ligand-charge に名前を列挙した残基はこの経路が最優先されます。形式電荷とスピン多重度は --ligand-charge と --ligand-mult で制御されます。

  4. ジスルフィド検出 – CYS/CYM/CYX ペアで SG-SG（または S-S）距離が 2.3 Å 以下のものが自動的に結合されます。

  5. トポロジー構築 – tleap が選択された力場セットを使用して parm7/rst7/pdb ファイルを生成します。

CLI オプション

オプション

説明

デフォルト

-i, --input PATH

入力 PDB（--add-h でない限りそのまま使用）。

必須

--out-prefix TEXT

parm7/rst7/pdb ファイルの出力接頭辞。

入力 PDB のファイル名幹

-l, --ligand-charge TEXT

残基名と形式電荷のマッピング（例: "GPP=-3,MMT=-1"）。

None

--ligand-mult TEXT

残基名とスピン多重度（-m）のマッピング（例: "HEM=1,NO=2"）。

None

--keep-temp/--no-keep-temp

作業ディレクトリの中間ファイル/ログを保持（デバッグ用）。

False

--add-ter/--no-add-ter

リガンド/水/イオンブロックの前後に TER を挿入。

True

--add-h/--no-add-h

PDBFixer で --ph に基づいて水素を付加。

False

--ph FLOAT

PDBFixer の水素付加用 pH（--add-h の場合のみ使用）。

7.0

--ff-set {ff19SB|ff14SB}

力場セット: ff19SB（デフォルト）または ff14SB。

ff19SB

関連項目