クイックスタート: mlmm tsopt

目的

TS 候補を最適化し、一次鞍点（first-order saddle point）であることを確認します。

事前に必要なファイル

• TS 候補構造: ts_guess.pdb

• MM トポロジー: real.parm7

• ML 領域定義: ml_region.pdb

1. TS 最適化

mlmm tsopt -i ts_guess.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -m 1 --out-dir ./result_tsopt

tsopt は最適化の最後に自動でヘシアン行列（Hessian）の計算と虚振動数の確認を実行します。ターミナル出力で以下のような行を確認してください。

[Imaginary modes] n=1  ([-593.1])

まず確認する出力

• result_tsopt/final_geometry.pdb — 最適化済み TS 構造

• result_tsopt/vib/ — 虚振動モード（変位ベクトル）のアニメーションファイル（final_imag_mode_*.xyz, .pdb）

• ターミナル出力: n=1 かつ十分な大きさの虚振動数（|ν| >= 100 cm⁻¹）であれば良好な TS 候補です。虚振動数が複数残る場合は --flatten の適用を検討してください

2.（任意）個別の振動解析

全振動モードの一覧や熱化学補正（零点エネルギー (ZPE)、ギブズ自由エネルギーなど; all コマンドの --thermo に相当）が必要な場合は、別途 freq を実行してください。虚振動数の確認だけであれば、上記の tsopt の出力で十分です。

mlmm freq -i ./result_tsopt/final_geometry.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 -q 0 -m 1 --out-dir ./result_freq

補足

• VRAM に余裕がある場合は --hessian-calc-mode Analytical を推奨します（デフォルトは FiniteDifference）。

• 別の MLIP バックエンドを使用するには -b orb（または mace、aimnet2）を追加します。デフォルトは uma です。

• --embedcharge を追加すると、MM から ML への環境補正として xTB 点電荷埋め込みが有効になります。

• 全オプションは mlmm tsopt --help-advanced と mlmm freq --help-advanced を参照してください。

次の導線

• 反応経路追跡は irc、一括実行は all を参照してください。