oniom-export

概要

要約: Amber トポロジーを持つ ML/MM 系を、外部 QM/MM 入力形式（Gaussian ONIOM または ORCA QM/MM）へエクスポートします。

統合コマンド

mlmm oniom-export --parm real.parm7 -i pocket.pdb --model-pdb ml.pdb \
 -o out.<gjf|com|inp> --mode <g16|orca> -q 0 -m 1

• --mode が最優先です。

• --mode 未指定時は -o から推定します。

  • .gjf / .com -> g16

  • .inp -> orca

• --mode 未指定かつ -o が未知拡張子の場合はエラーになります。

使い分け

必要なもの	推奨コマンド
リンク原子注釈付き Gaussian ONIOM 入力	mlmm oniom-export --mode g16
ORCAFF 連携込みの ORCA QM/MM 入力	mlmm oniom-export --mode orca

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関連項目

• 典型エラー別レシピ – 症状起点の切り分け

• トラブルシューティング – 詳細な対処ガイド

• oniom_gaussian – Gaussian モード詳細（--mode g16）

• oniom_orca – ORCA モード詳細（--mode orca）

• oniom_import – ONIOM 入力から XYZ/層付き PDB を再構築

• mm_parm – Amber トポロジー構築

• define_layer – レイヤー定義/確認