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Quickstart

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Guides

  • Building the ML region and layers
  • Tips for studying reaction mechanisms
  • Refine an MLIP TS with DFT
  • Troubleshooting
  • Skills for AI Agents

Commands

  • all(end-to-end workflow)
  • fix-altloc(resolve PDB alternate locations)
  • add-elem-info(repair PDB element columns)
  • mm-parm(build the Amber topology)
  • extract(cut out the ML region)
  • define-layer(assign the ML and MM layers)
  • opt(geometry optimization)
  • scan(restrained coordinate scan)
  • scan2d(2D restrained grid scan)
  • scan3d(3D restrained grid scan)
  • path-opt(MEP between two structures)
  • path-search(recursive MEP through two or more structures)
  • tsopt(transition-state optimization)
  • irc(intrinsic reaction coordinate)
  • freq(vibrational analysis and thermochemistry)
  • dft(DFT single point)
  • sp(single point)
  • bond-summary(bond changes between structures)
  • trj2fig(energy profile of a trajectory)
  • energy-diagram(state energy diagram)
  • oniom-export(Gaussian ONIOM / ORCA QM/MM input)
  • oniom-import(ONIOM input back to XYZ and a layered PDB)

Reference

  • Common options and selectors
  • CLI Command Reference
    • mlmm add-elem-info
    • mlmm all
    • mlmm bond-summary
    • mlmm define-layer
    • mlmm dft
    • mlmm energy-diagram
    • mlmm extract
    • mlmm fix-altloc
    • mlmm freq
    • mlmm irc
    • mlmm mm-parm
    • mlmm oniom-export
    • mlmm oniom-import
    • mlmm opt
    • mlmm path-opt
    • mlmm path-search
    • mlmm scan
    • mlmm scan2d
    • mlmm scan3d
    • mlmm sp
    • mlmm trj2fig
    • mlmm tsopt
  • Curated mlmm all Starter Snapshot
  • YAML Reference
  • JSON Output Reference
  • Output Directory Layout
  • MLIP Backends
  • ML/MM Calculator
  • Device Configuration & HPC Setup
  • Glossary
  • Architecture: mlmm-toolkit

導入

  • はじめに
  • インストール

クイックスタート

  • Endpoint モード
  • Scan-list モード
  • TS-only モード

ガイド

  • ML 領域と層の組み方
  • 反応機構を調べるコツ
  • MLIP の TS を DFT で確かめる
  • トラブルシューティング
  • AI エージェント向けスキル

コマンド

  • all（一気通貫ワークフロー）
  • fix-altloc（PDB の代替位置の解決）
  • add-elem-info（PDB の元素欄の修復）
  • mm-parm（Amber トポロジーの作成）
  • extract（ML 領域の切り出し）
  • define-layer（ML・MM の層の割り当て）
  • opt（構造最適化）
  • scan（拘束付き座標スキャン）
  • scan2d（2 次元の拘束付きグリッドスキャン）
  • scan3d（3 次元の拘束付きグリッドスキャン）
  • path-opt（2 構造間の MEP 探索）
  • path-search（2 つ以上の構造を通る再帰的な MEP 探索）
  • tsopt（遷移状態の構造最適化）
  • irc（固有反応座標）
  • freq（振動解析・熱化学計算）
  • dft（DFT 一点計算）
  • sp（一点計算）
  • bond-summary（構造間の結合変化）
  • trj2fig（軌跡のエネルギープロファイル）
  • energy-diagram（状態エネルギー図）
  • oniom-export（Gaussian ONIOM・ORCA QM/MM の入力の書き出し）
  • oniom-import（ONIOM 入力から XYZ と層付き PDB へ）

参照資料

  • 共通オプションと残基・原子の指定
  • YAML 設定の一覧
  • JSON 出力の一覧
  • 出力ディレクトリのレイアウト
  • MLIP バックエンド
  • ML/MM 計算機
  • デバイス設定 & HPC セットアップ
  • 用語集
  • アーキテクチャ: mlmm-toolkit
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