Contents Menu Expand Light mode Dark mode Auto light/dark, in light mode Auto light/dark, in dark mode
pdb2reaction pdb2reaction v0.5.0
Home Getting Started Installation
/
GitHub
EN | JA
pdb2reaction pdb2reaction
  • Home

Introduction

  • Getting Started
  • Installation

Quickstart

  • Endpoint mode
  • Scan-list mode
  • TS-only mode

Guides

  • Building the cluster model
  • Small-molecule reactions
  • Tips for studying reaction mechanisms
  • Refine an MLIP TS with DFT
  • Troubleshooting
  • Skills for AI Agents

Commands

  • all(end-to-end workflow)
  • fix-altloc(resolve PDB alternate locations)
  • add-elem-info(repair PDB element columns)
  • extract(cut out the active-site cluster model)
  • opt(geometry optimization)
  • scan(restrained coordinate scan)
  • scan2d(2D restrained grid scan)
  • scan3d(3D restrained grid scan)
  • path-opt(MEP between two structures)
  • path-search(recursive MEP through two or more structures)
  • tsopt(transition-state optimization)
  • irc(intrinsic reaction coordinate)
  • freq(vibrational analysis and thermochemistry)
  • dft(DFT single point)
  • sp(single point)
  • bond-summary(bond changes between structures)
  • trj2fig(energy profile of a trajectory)
  • energy-diagram(state energy diagram)

Reference

  • Common options and selectors
  • CLI Command Reference
    • pdb2reaction add-elem-info
    • pdb2reaction all
    • pdb2reaction bond-summary
    • pdb2reaction dft
    • pdb2reaction energy-diagram
    • pdb2reaction extract
    • pdb2reaction fix-altloc
    • pdb2reaction freq
    • pdb2reaction irc
    • pdb2reaction opt
    • pdb2reaction path-opt
    • pdb2reaction path-search
    • pdb2reaction scan
    • pdb2reaction scan2d
    • pdb2reaction scan3d
    • pdb2reaction sp
    • pdb2reaction trj2fig
    • pdb2reaction tsopt
  • YAML Reference
  • JSON Output Reference
  • Output Directory Layout
  • MLIP Backends
  • HPC example: PBS + Open MPI + Ray
  • Glossary
  • Architecture: pdb2reaction

導入

  • はじめに
  • インストール

クイックスタート

  • Endpoint モード
  • Scan-list モード
  • TS-only モード

ガイド

  • クラスターモデルの組み方
  • 小分子の反応機構解析
  • 反応機構を調べるコツ
  • MLIP の TS を DFT で確かめる
  • トラブルシューティング
  • AI エージェント向けスキル

コマンド

  • all（一気通貫ワークフロー）
  • fix-altloc（PDB の代替位置の解決）
  • add-elem-info（PDB の元素欄の修復）
  • extract（活性部位モデルの切り出し）
  • opt（構造最適化）
  • scan（拘束付き座標スキャン）
  • scan2d（2 次元の拘束付きグリッドスキャン）
  • scan3d（3 次元の拘束付きグリッドスキャン）
  • path-opt（2 構造間の MEP 探索）
  • path-search（2 つ以上の構造を通る再帰的な MEP 探索）
  • tsopt（遷移状態の構造最適化）
  • irc（固有反応座標）
  • freq（振動解析・熱化学計算）
  • dft（DFT 一点計算）
  • sp（一点計算）
  • bond-summary（構造間の結合変化）
  • trj2fig（軌跡のエネルギープロファイル）
  • energy-diagram（状態エネルギー図）

参照資料

  • 共通オプションと残基・原子の指定
  • YAML 設定の一覧
  • JSON 出力の一覧
  • 出力ディレクトリのレイアウト
  • MLIP バックエンド
  • HPC 実行例: PBS + Open MPI + Ray
  • 用語集
  • アーキテクチャ: pdb2reaction
Back to top
Copyright © 2026, Takuto Ohmura
Made with Sphinx and @pradyunsg's Furo