Contents Menu Expand Light mode Dark mode Auto light/dark, in light mode Auto light/dark, in dark mode
pdb2reaction
pdb2reaction

Guides

  • Getting Started
  • Installation
  • Quickstart: pdb2reaction all (Endpoint mode)
  • Quickstart: pdb2reaction all --scan-lists (Scan mode)
  • Quickstart: pdb2reaction all --tsopt (TS-only mode)
  • Frozen Atoms
  • Common Error Recipes
  • Troubleshooting
  • CLI Conventions
  • Reproducibility and determinism

Commands

  • all
  • extract
  • fix-altloc
  • add-elem-info
  • opt
  • tsopt
  • path-opt
  • path-search
  • scan
  • scan2d
  • scan3d
  • freq
  • irc
  • dft
  • sp
  • trj2fig
  • energy-diagram
  • bond-summary

Reference

  • CLI Command Reference
    • pdb2reaction add-elem-info
    • pdb2reaction all
    • pdb2reaction bond-summary
    • pdb2reaction dft
    • pdb2reaction energy-diagram
    • pdb2reaction extract
    • pdb2reaction fix-altloc
    • pdb2reaction freq
    • pdb2reaction irc
    • pdb2reaction opt
    • pdb2reaction path-opt
    • pdb2reaction path-search
    • pdb2reaction scan
    • pdb2reaction scan2d
    • pdb2reaction scan3d
    • pdb2reaction sp
    • pdb2reaction trj2fig
    • pdb2reaction tsopt
  • YAML Reference
  • JSON Output Reference
  • MLIP Calculator
  • MLIP Backends
  • Architecture: pdb2reaction
  • Output Directory Layout
  • pdb2reaction MCP server
  • HPC example: PBS + Open MPI + Ray
  • Glossary

ガイド

  • pdb2reaction ドキュメント
  • はじめに
  • インストール
  • クイックスタート: pdb2reaction all（Endpoint モード）
  • クイックスタート: pdb2reaction all --scan-lists（Scan モード）
  • クイックスタート: pdb2reaction all --tsopt（TS-only モード）
  • 凍結原子（Frozen Atoms）
  • 典型エラー別レシピ
  • トラブルシューティング
  • CLI 規約
  • 再現性と決定性

コマンド

  • all
  • extract
  • fix-altloc
  • add-elem-info
  • opt
  • tsopt
  • path-opt
  • path-search
  • scan
  • scan2d
  • scan3d
  • freq
  • irc
  • dft
  • sp
  • trj2fig
  • energy-diagram
  • bond-summary

リファレンス

  • YAML 設定リファレンス
  • JSON 出力リファレンス
  • MLIP 計算機
  • MLIP バックエンド
  • アーキテクチャ: pdb2reaction
  • 出力ディレクトリのレイアウト
  • pdb2reaction MCP サーバー
  • HPC 実行例: PBS + Open MPI + Ray
  • 用語集
Back to top
EN | JA
Copyright © 2025, Takuto Ohmura
Made with Sphinx and @pradyunsg's Furo